嘉隆交替之际的大明吏治，早已积弊丛生。嘉靖末年以来，官员考核流于形式，每到朝廷“大计”之年，主政者为求稳妥，往往照搬往年淘汰名额，随便搜罗些模糊不清的细碎过失凑数，真正贪腐渎职的大奸大恶反而游走于规则之外，庸官循吏占据要津，边务、民政诸事废弛。高拱复起兼掌吏部之后，立刻将吏治整顿视作刷新朝政的核心抓手，从制度根源上对运行百年的官吏考核体系动起了大手术。
高拱推行的第一项关键改革，是建立覆盖全体官员的人才档案制度。他下令吏部为全国所有品级官员统一造册，详细记录每个人的籍贯、出身、历任职务、任职期间的政绩优劣，甚至连性格特点、行事风格都逐一标注，按月汇总、按年度核验更新。这套体系彻底改变了此前吏部对全国官员情况“两眼一抹黑”的状态，哪怕遇到突发的边警、地方民变等紧急情况，也能立刻从档案里筛选出适配的干才，不会出现临事无人可用的窘境。这套由他首创的官员动态追踪机制，后来被明廷定为永制，一直沿用到万历末年。
针对当时考核制度“避重就轻、凑数应付”的沉疴，高拱在《掌铨题稿》中明确提出改革原则：考核绝不能拘泥于往年的固定淘汰人数，核心目标是严惩大奸大恶，而非随意处置小过小失。他下令取消此前“每届考察必汰若干人”的僵化惯例，要求各地上报的考核结果必须“惟求至当”，但凡查实有贪腐、渎职、盘剥百姓实据的官员，无论品级高低、人脉深浅，一律直接罢黜；而对于仅存在细微过失、平日官声尚可的循吏，则以训诫引导为主，不轻易剥夺其仕进之路，既扫清了官场的蛀虫，也避免了考核过度严苛导致的人人自危。
高拱的考核改革，还打破了明代延续百年的“唯科举论”用人壁垒。他明确提出选拔官员不能只看是否进士出身，吏员、举人中的实干之才同样可以破格提拔，尤其在边疆州县、水利、漕运等实务岗位，优先任用有基层履职经验的官员。同时他专门为兵部建立了边备官员储备轮换制度，规定边境地区的军政主官必须有明确的考核周期，任职满一定年限后根据实绩升降，既保障了边务人才的经验积累，也避免了边将久握权力形成地方势力，这套制度后来直接成为万历初年张居正吏治改革的核心蓝本。
这场雷厉风行的吏治整顿，仅用两年时间便让隆庆朝的官场风气为之一新。此前推诿拖沓、虚与委蛇的政务风气被彻底扭转，朝廷政令从中枢到州县的传导效率大幅提升，高拱主政期间推出的隆庆和议、边备整顿等重大举措，都依托这套高效的官吏体系落地执行。尽管高拱后来在权力斗争中被逐回乡，但他留下的官吏考核与人才选拔制度，并未随他的离去而废止，反而成为嘉隆万改革链条中承上启下的关键一环，为明代中后期的朝政振兴打下了坚实的吏治根基。
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