1645年5月，李自成在湖北通山被地方武装斩杀。由于李自成死的非常突然，对继承人没有任何的安排。以至于此时剩下的东西两路农民军立刻陷入群龙无首的局面，再加上核心人物刘宗敏被杀、牛金星投降，更是雪上加霜。在此之后，明清双方对这些农民军的拉拢就开始了。
一、东路农民军大半投靠了清廷
李自成意外被杀以后，他亲自率领的东路农民军立刻陷入了群龙无首的局面。当时农民军中的田见秀、郝摇旗、王进才、张鼎等人各有自己的势力，每个人手上都有那么两三万人的军队。这些人的军队加在一起达到了21万，但是这些人没有统一的指挥，各个将领谁也不服谁。这些人为了躲避清军的打击撤进了湖南地区，当时明朝的湖广总督何腾蛟在长沙，而清朝的湖广总督佟养和在武昌。农民军初入湖南时，被何腾蛟当成了地方流寇予以打击。可结果却是前去进剿的明军被暴打，逃回来的明军士兵报告说“看到了大顺的旗帜，而且人数铺天盖地。”20多万人不铺天盖地才怪。
此时何腾蛟手里只有2万多军队，根本不是农民军的对手，听到消息以后何腾蛟十分恐慌。不过此时的农民军已经什么都没有了，他们开始和何腾蛟商议联合抗清。当年的七月，何腾蛟和农民军达成了协议共同抗清。但处于崇祯皇帝之死和传统的教育偏见，何腾蛟、章旷等地方大员对农民军并不信任，对后勤补给也是一拖再拖。与此同时，清军在湖北的主力已经撤回北方，英亲王阿济格也回到北京避暑去了，此时的湖北地区只有佟养和指挥的7000清军和2万多明朝降军。这是收复湖北绝佳的机会，但是何腾蛟没有能把握住，反而让清廷掌握了主动权。佟养和以不必剃发为诱饵，引诱湖南的农民军前往湖北。结果除了王进才和郝摇旗继续留在湖南效忠南明之外，其余张鼎、田见秀等人全部开向了湖北，10多万农民军就这么成了伪军。东路的农民军解体，力量对比立刻发生了大逆转。
二、西路农民军开始效忠南明
李自成死了以后，驻守陕北和宁夏地区的农民军也开始南撤，这就是西路军。西路农民军的路线与东路军相仿也是进入了两湖地区，此时清廷的手先伸了出来，先后六次招降西路军。但西路军的李锦和高一功二人没有像东路军那样投降，他们选择了和南明隆武朝联合。此时西路军的兵力在15万左右，还是一直很有战斗力的军队。福建方面的南明朝廷又是吵翻了天，很多迂腐的文官说“李贼破北京，罪不可赦，其同党岂可封拜?”这都什么时候了!大明朝从北京败到南京，又从南京败到福建，这些文官想着剿灭流寇。最后还是隆武皇帝英明睿智，下诏封李锦为兴国侯，改名为李赤心，高一功改名为高必正，就这样南明历史上大名鼎鼎的忠贞营成立了。
既然效力了南明，为要为南明王朝干活。1646年正月，南明方面兵分两路准备收复湖北，何腾蛟出岳州进攻武昌，另一位明朝大员堵胤锡统帅忠贞营进攻荆州，最后两军会师在长江北岸。何腾蛟对大明朝忠心耿耿，但是能力确实不咋滴。他率领明军在途中遇到了明军败兵，败兵言到“满洲大军已到”，何腾蛟听后立刻下令撤退。其实这支清军只有2000多人，大队还距离很远，最后何腾蛟连军事重地岳州都丢了。这些事情，正在围攻荆州的军队毫不知情。二月初三，正在围攻荆州的忠贞营身后出现了大股清朝骑兵，由于忠贞营没有任何的防备，被清军里外合击大败而退。
三、南明朝廷控制的湖南地区丧失
在传统史料中一直把何腾蛟捧在一个很高的地位，都不相信忠臣也会误国，但是忠心耿耿但能力低下的官员在南明历史上屡见不鲜。1646年7月，湖北的清军主力又回北方避暑了，何腾蛟决定再次北伐收复湖北。此次准备的非常充分，明军水路并进、声势很大。只可惜明军遭到了几百清军骑兵的袭击，就以为是清军大队到了，开始疯狂的撤退。由于湖南方面的明军总在夏天清军北上避暑时北伐，搞得清廷疲于应付。1647年二月，清廷派出了恭顺王孔有德率领清军进攻湖南。其实孔有德率领的军队大多是都是明朝的降军，只有四分之一的八旗兵。
清军南下长沙，当时长沙的防御十分薄弱，王进才(原来的农民军将领)保护何腾蛟杀出重围，乘船向衡州撤退。一个月之后，衡州又被清军攻陷，何腾蛟再次撤退到了永州。截止当年八月，除了湖南南部还在南明的控制下外，湖南的北部、中部相继沦陷。从1645年开始，本来抓了一手好牌的何腾蛟却在两年不到的时间里，输得是干干净净，连老本湖南都搭进去了。在此以后南明在湖南的残余力量，有的撤往贵州，有的撤往广西。
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