文德天皇在位八年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。这位清和天皇被立为东宫的时候才九个月大，登基时也年仅九岁，什么都还不懂呢，朝政完全由外祖父良房说了算。天皇虽然还小，藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子。不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫。高子的情人，乃是号称当时第一风流美男子的在原业平。在原业平是平城天皇之孙，被赐“在原”氏而降为臣格，他擅长做诗，格调高雅，广受平安京内贵族女性的仰慕。据说在原业平曾经带着高子私奔，可是没能跑了，最终还是被堵截了回来。高子随即被送入宫中，在原业平则被远远地流放到东国去。然而这未必是个哀伤而动人的爱情故事，因为传说在原业平一生中先后与三千三百三十三位女性缔结情缘，彻头彻尾是个花花公子。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和我国唐太宗的年号相同。贞观八年(866年)闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却藉着这个因头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。当时朝中重臣除藤原良房外，还有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代?门伴氏、纪氏(823年以后，大伴氏避大伴皇子之讳而改称伴氏)，以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。首先，大纳言伴善男告发纵火犯乃是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。
藤原基经本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。然而事情并没有就此结束，到了当年八月三日，备中权史生大宅鹰取突然向朝廷告发，说伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯。朝中因此攻讦又起，人人自危，清和天皇就于十九日正式任命藤原良房为摄政，命其彻查此事。
藤原良房通过拷问伴善男的家臣生江恒山、伴清绳，而号称掌握了确凿的证据，开始藉此大肆排除异己。九月二十二日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共五人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，没收财产后流放到边远地区，另有十名从犯也陆续被处以流放之刑。
经此事件，累世名门的大伴氏和纪氏都被彻底从朝廷中驱逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的势力也受到了重大打击，藤原良房、基经父子的权势更为稳固。但更重要的是，前此摄政之位只授与皇后或东宫，从此落到了人臣手里。摄政就是“总摄庶政”之意，此后藤原氏的家长在天皇幼年时出任摄政，天皇成年后称为关白(“诸事关白”之意)，逐渐成为不成文的传统。
藤原良房死于贞观十四年(872年)九月，被谥为“忠仁”，他的权力由其养子藤原基经继承下来。藤原基经也不是一个善主，876年，清和天皇退位，传位给年仅九岁的东宫贞明亲王，是为阳成天皇，阳成天皇乃是藤原高子所生，基经作为天皇的舅舅，更加权倾朝野。元庆六年(882年)，阳成天皇十岁，举行了元服礼(成人礼)，然而据说这个孩子很不成器，成天飞鹰走马，耽于玩乐，甚至打开装神器的箱子，抽出草薙剑来舞弄。藤原基经屡次劝说，这个外甥就是不肯稍微象点人样，于是灰心丧气后逼迫天皇写下“朕近身发数病，动多疲顿，社稷事重，神器叵守，所愿速逊此位”的话，于884年二月宣布退位。
藤原基经的这种行为，也颇类似于我国西汉的权臣霍光废黜昌邑王刘贺，可见其权势就算比不上霍光，也相距不远了。而至于中国的昌邑王和日本的阳成天皇，所作所为是否真如史料记载的那么不堪，可就完全无从考证了。此后，藤原基经力排众议，拥立“容止闲雅、谦恭和润”同时也财政状况拮据、到处举债的时康亲王继位。时康亲王是仁明天皇的儿子，史称光孝天皇。光孝天皇在位仅四年就病死了，他没立东宫，还把二十九名子女全部降格，下赐源氏，最终也是在藤原基经的策划下，立其第七子源定省为东宫，随即将其扶上天皇宝座，是为宇多天皇。
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