为了一劳永逸地击败奥地利，拿破仑决心占领维也纳。通往奥地利首都的战略走廊一共有两条：一条是多瑙河谷，另一条是波河河谷。拿破仑在1796月和1797年的战役中，曾成功地取道波河河谷进军维也纳。而180O年马伦哥之战击败梅拉斯也是在这条河谷之中进行的。为了防止他沿这条战略轴线再次胜利进军，奥地利最高当局集结了一支九万五千人的部队据守阿迪杰防线，由奥地利最优秀的军事将领，34岁的查理大公指挥。就政治意义而言，由于奥地利希望收复伦巴第，所以波河流域对于奥地利也是比较重要的一个地区。为了阻塞多瑙河谷这条战略通道，奥军在因河一线即奥地利与巴伐利亚边境还集结了另外一支六万人的部队，由涉世未深的费迪南大公指挥。费迪南大公年方二十四岁，不过其参谋长却是五十三岁的老将麦克。由于俄奥的联盟，这支部队在十月份还将得到十万俄军的增援，后者正通过波兰和摩拉维亚西进。
奥军的作战计划是这样的：查理大公对付法国的意大利军团，该军团当时正据守着阿迪杰河防线，即维罗纳至阿迪杰河与波河会合处一线。同时，费迪南大公则经上多瑙河谷前进到其支流伊勒河一线，以期谋取巴伐利亚选帝侯二万五千可用之兵的支援。奥军在那里应能牵制法军的任何进军直至俄国援兵到达，后者将使他们在数量上获得可观的优势以致足以入侵法国本土。
这是一个十分稳妥的计划，而拿破仑只有靠行动迅速和反应灵活才能挫败它。拿破仑的主要目标是在俄军到达之前进攻多瑙河谷里的费迪南大公;但同时又要设法牵制住波河河谷的查理大公，不让他增援多瑙河战线.1805年月23日，他决定实行五百英里强行军，把整个大军团十七万六千人从海峡沿岸转移到多瑙河这边来。同时还把已退休的四十七岁的马塞纳元帅也请了出来，要他指挥六万五千人的意大利军团，以在维罗纳战线对抗查理大公。
拿破仑思想敏捷，实施其计划不浪费一分钟。他所采取的第一个措施不仅是军事性的，也是政治性的。为了确保普鲁士在未来的战争中持中立立场，他于1805年8月24日派他的宫廷大总管迪罗克将军前往柏林，与普鲁士国王就一项密约进行谈判。作为交换条件，他愿意将刚兼并的汉诺威割让给普鲁士。接着，他又以个人名义写信给巴伐利亚、巴登和符腾堡三位选帝侯以及黑森-达姆斯塔特的伯爵，对他们威胁利诱，要求他们与之结盟，他们勉强接受了他的要求。这样，他就获得了利用他们的领土作战场的权利，而且还为自己的军队弄到了四万援军，不过，其中只有巴伐利亚的二万五千人尚有一定的战斗力。
处理完外交领域的事务的当天，拿破仑就要求贝尔蒂埃命令五个独立骑兵师(二万一千人)向莱茵河平行开进，扼守该河从纽夫布里沙赫到斯特拉斯堡之间的渡口。这些师将构成大军团的前卫。次日，他派其妹夫缪拉亲王以“包尔蒙”上校的假名，对巴拉丁纳、巴伐利亚和黑森林作一次快速侦察，并就道路状况和河川的宽度提出报告。缪拉拟于1805年月13日回到斯特拉斯堡，届时，他将暂行代理大军团总指挥，皇帝到达后再统领骑兵军。
拿破仑的工程兵高级军官贝特朗将军也被派往上述地区，对那里的一切桥梁、渡口以及徒涉场作更详细的侦察，特别注意了解多瑙河、因河、莱希河和伊萨尔河河岸的性质。皇帝的另一名亲信参谋萨瓦里将军则被派往符腾堡境内作类似的侦察。拿破仑指示贝尔蒂埃准备一种标示奥军各个部队及其所处位置的卡片索引，以便皇帝能逐日查看奥军的战斗序列。贝尔蒂埃在拿破仑尚未进军校之前就已经是一位训练有索的参谋军官，但这项命令典型地表明皇帝对参谋工作的每个细节都是关注的。
1805年8月26日，拿破仑指示贝尔蒂埃向大军团下达进军令。最北面的那个军是贝尔纳多特的第一军，当时正占据着汉诺威，他奉命1805年9月2日出发，1805年9月9日到达格丁根;马尔蒙的第二军从布鲁日出发，定于9月15日到达美因茨。然后两军均进至巴拉丁纳的维尔茨堡。在那里，他们将与符雷德将军指挥的巴伐利亚部队会合。第三、四、五、六军8月27日出发，定于9月26日，到达斯特拉斯堡和曼海姆之间八十英里正面上莱茵河各渡口。奥热罗的第七军在布勒斯特，因此，其行程也最远。他奉命在纽夫布里沙赫渡过莱茵河，占领弗赖堡地区以便封锁黑森林的出口。
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