门巴族有自己的语言，但没有文字。过去，大多数地区门巴族使用藏文，解放以后，逐渐改用汉文。门巴族说两种不同的语言。分布在错那县勒布区和墨脱县德兴区文浪乡以及门达旺地区的门巴族，人数较多，语言使用较广，讲一种语言，他们自称为门巴语;分布在墨脱县境内和林芝县东久区的门巴族，人数较少，讲另一种语言，他们自称为仓拉语。
这两种语言各有自己的基本词汇和语法构造，经过初步比较研究，它们与藏语比较接近，都是属于汉藏语系藏缅语支。门巴族语言中的门巴语内部分歧不是很大，根据语音和词汇的差异和语法的异同情况，可以划分为南北两个方言。南部方言主要分布在错那县勒布区和错那县以南的门达旺地区，人口多而集中，语言通行范围较广。北部方言主要分布在墨脱县德兴区文浪公社，人口虽少，但为聚居区，语言通行不广。
以错那县勒布区麻玛乡的门巴语为代表的门巴语，其语音中包含声母、韵母、声调和语音的变化。其词汇中大多数是单音节词和由单音节词素组成的复合词，多音节的单纯词较少。此外，具体的名词多，抽象的、概括性的名词少。门巴语词汇是很丰富的，门巴族人民在日常生活用语中，有些词义分得非常细致。门巴语的词，根据它的意义和语法功能，可以分为名词、数词、量词、代词、动词、形容词、副词、连词、助词、叹词等十类。
门巴族语言中的仓拉语(也称仓洛门巴语)，在语音、词汇、语法各方面与藏语有不少共同之处，而有些词则与独龙语相同。仓洛门巴语有25个单辅音，它们都可以单独做声母。仓洛门巴语每个音节或读高调，或读低调，都有固定的音高。高调读高平或高降皆可，低调读低平而略升。仓洛门巴语除有高、低调外，还有轻声，而且多音节词在门巴语中有连续变调现象。
仓洛门巴语的词汇有三个主要特点，即：单音语素多，同音词多，藏语借助词多。除了西藏的墨脱、林芝两县以外，仓洛门巴语也通行在(门)达旺地区南部提朗一带和不丹王国的东部。从所见到材料来看，三处的门巴语差别不大，大体上可以听懂。由于不丹东部门巴语的材料不多，所以一般是提朗和墨脱两地的门巴语研究比较多。墨脱、提朗两地的门巴语在词汇上的差别很小，不同的词不多。
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