此案一出，官场风波顿起，众臣几乎群表反对。反对主要来自两方面。
一方是以军机大臣铁良、荣庆等为主的满族亲贵。取消军机处，尽管他们可能另外任职，但权力毕竟要大大削弱。如果成立责任内阁，规定官员不得兼职，如荣庆便只能专任学部尚书，拟定身兼户部尚书与练兵处会办等要职的铁良出任内阁副总理后也要辞去兼职，其财政权和兵权将同时失去。而且，袁还设想，待上议院成立后，王公、贝勒、贝子等不实际干政，让他们充当议员。这使得这些公、子们愤怒异常。铁良坚称：“立宪非中央集权不可，实行中央集权非剥夺督抚兵权财权、收揽于中央政府则又不可”，其攻击矛头直接对准袁世凯、张之洞等地方督抚大员。满汉矛盾，隐然可现。
袁世凯则坚持己见，争辩道：“别无良策，仍不外赶紧认真预备立宪一法，若仍悠忽因循，则国势日倾，主权日削……”甚至赞同立宪的载泽也担心奕、尤其是袁世凯的权力因此过大，他在一道奏折中也指责他们是：“假立宪以粉饰虚文，借改官制以驱除异己。”双方一直激烈争辩。在一次会议上，醇亲王载沣竟拔出手枪直抵袁世凯胸前大声说：“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣!”经奕调解，方才作罢。由于传说内务府也要裁撤，所有太监都要裁去，有次袁世凯下朝时百余名太监将他团团围住大声谩骂，有的甚至挥拳要打，几成围殴之势。袁世凯招架不住，急忙大呼奕过来为其解围。经奕百般劝解，并保证绝不裁撤太监，这些太监才忿忿而去。为避免更大的动荡，清廷不得不宣布了官制改革中的“五不议”：第一，军机处之事不议;第二，内务府事不议;第三，八旗事不议;第四，翰林院事不议;第五，太监事不议。
另一个主要的反对力量来自以瞿鸿、岑春煊、王文韶、赵炳麟等为要角的汉族大臣、御史。他们有的一直与袁争权，有的对袁结党营私愤怒已久，因此纷纷上折慈禧，坚决反对。有的从中国传统观念出发，认为改官制是“用夷变夏，乱国法而害人心”;认为这样内阁权重，如果“用人偶失，必出权臣”，有人甚至明确指出袁的“责任内阁”实际为少数一二总理大臣专权，也就是袁世凯专权。
有的相反，从西方宪政制度对此进行批判，认为这次改制完全虚假，指出外国君主立宪国的责任内阁之所以不能专权是因为有议院监督、限制，中国议院一时恐难成立，所谓“责任内阁”既不对皇上负责又无议院负责，只是统揽了过去皇帝的权力。
御使赵炳麟指出：“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉!”他指出，袁之所以在没有成立议院时先成立“责任内阁”，使皇帝居于无权地位，主要考虑是即便慈禧去世，光绪复出，也将无法报戊戌之仇。赵的批判从“制度”和制度背后的“用心”两点出发，直击要害，因此传播甚广。据说，光绪就曾当面对袁冷冷说道：“你的心事我全知道。”袁则不敢答话。
这样，从王公亲贵、大小太监到大臣御史，尽管观点不同，但几乎全都反对袁世凯的改官制，不是到慈禧处哭诉哄闹就是不断上折，天天鸡飞狗跳。向来滥施淫威、杀伐决断的慈禧此时居然也寝食难安，向人诉苦道：“我如此为难，真不如跳湖而死。”
军机大臣、政务处大臣瞿鸿甚得慈禧信任，也是慈禧指定参与改官制的大臣之一。他与袁世凯、奕矛盾极深，在讨论官制方案时勉强同意，但又另上一道《复核官制说帖》反对军机处与内阁合并。他利用慈禧单独召见的机会，说责任内阁对太后不利，将大权旁落，而这一点最为太后担心、忌讳。慈禧太后最终“采鸿之议，仍用军机处制。”慈禧在11月6日颁布了以瞿鸿为主导的新官制。
袁世凯过高估计了慈禧对自己的信任，在双方斗争激烈之际，他在慈禧召见时竟面奏要求朝廷令守旧大臣退休，招致慈禧怒斥，并将参劾他与奕的大量弹章交二人同看。此时，袁才知道自己已成众矢之的，局势非常险恶。
朝廷在11月6日颁布了以瞿鸿为主导的新官制，使袁感到大势已去，慌忙在11月18日上奏请求将自己除直隶总督以外的八项兼职全部开去，还主动提出，他掌握的北洋六镇除第二、四镇因“直隶幅员辽阔，控制弹压须赖重兵”仍须由自己掌握，其余四镇均交归陆军部。朝廷有旨照准所请，袁以检阅新军南北秋操为名请调出京，以避锋芒。
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