冯异，字公孙，颍川父城人。喜欢读书，通晓《左氏春秋》、《孙子兵法》。
光武帝为司隶校尉时，经过父城，冯异打开家门用好酒好菜招待光武帝，光武帝因此让冯异当自己的主簿。
当王郎兴起时，光武帝从蓟东策马向南，休息时就住在草房子里，到了饶阳芜萎亭。当时天寒地冻，众人又是饥饿又是疲惫，冯异就奉上了豆粥。第二天早晨，光武帝对诸将说：“昨天得到冯异的豆粥，饥饿和寒冷的感觉都消失了。”等到了南宫，遇到了大的风雨，光武帝让车子到了道路旁边的空着的房子里，冯异抱着薪柴，邓禹点起了火，光武帝就对着这堆火烤着衣服。冯异此时又给光武帝奉上了小麦饭和披肩。
众人顺势又渡过滹沱河到了信都，光武帝让冯异到别处去收集河间兵马。等冯异回来，光武帝拜冯异为偏将军。后来冯异跟从大军打败王郎，因功被封为应侯。
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冯异为人谦虚，懂得退让，不会轻易和他人发生冲突。每当出行遇见其他将领的时候，冯异都会主动让自己的马车走在一旁。冯异进退有度，他的军中号令整齐。每逢大军停下来，诸将坐在一起夸耀自己的功劳时，冯异经常独自坐在树下，因此军中都称呼他为“大树将军”。
等到攻下邯郸，大军会重新部署，军中士兵都说希望自己能在“大树将军”手下当差。当时更始帝派遣舞阴王李轶、大司马朱鲔领兵三十万，和河南太守武勃共同守卫洛阳。光武帝领兵安抚燕地和代地，而魏郡、河内独独没有遇到兵事，因此这两个地方城墙完好，仓廪丰实，光武帝拜寇恂为河内太守，冯异为孟津将军，统帅此二郡的兵马到黄河上游，和寇恂合兵，以抗拒朱鲔等人。冯异就给李轶写信，上面说：
“我听说明察可以知道自己的本性，知道过往可以更清楚的了解现在。以前微子离开商朝而在周朝入仕，项伯背叛西楚而归顺汉朝，周勃迎立代王而废黜汉少帝，霍光尊崇汉孝宣皇帝而废黜昌邑王。这是因为他们都畏惧天命，因而顺应天命，目睹了存亡的关键，见到了废立兴起之事，因此能成功，立下了万世之功。如果长安的那位还能够辅佐，延长更始帝的寿命，疏不间亲，你还能偏安一隅吗?”
“现在长安治安极乱，赤眉军已经快攻入长安，大臣们都已经背弃了更始帝，更始朝廷的纲纪已乱。而刘秀刘公在河北经营已久，手下英才云集，百姓都归附，即使是当时的周文王也没有这样的。如果您能察觉成败，赶快商定大计，就能否极泰来，就是现在啊!如果我方长驱直入，精兵围困之下，到时候你后悔就来不及了。”
李轶就给冯异回信说：“我本来和刘秀刘公首先起事恢复汉室，我也很了解刘公，希望能够现出自己的愚笨的策略，以安定天下。”
李轶自从和冯异往来书信后，就不再和冯异交兵，而冯异趁机向北进军攻取了天井关，一路攻城拔寨。武勃领一万多人马和冯异在士乡发生战斗，冯异最终把武勃打败并且斩首了他的五千人，此时李轶是见死不救。冯异看见自己的书信起了效果，就把这件事上书告诉了刘秀。光武帝故意向天下宣告李轶的书信，让朱鲔知道。朱鲔大怒，就让人刺杀李轶。因此城中人心思乱，有不少人投降了光武帝这边。
建武二年春天，当时赤眉军、延岑在三辅叛乱，郡县里的大族各自拥兵自重，大司徒邓禹不能平定，于是光武帝就派冯异代替邓禹讨伐。光武帝告诉冯异：“三辅遭受王莽、更始的糟蹋，今天又遭受赤眉军和延岑的践踏，这里的百姓无所依从。现在的征讨，不是攻城略地，实行屠城之事，重点在安定民心。
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其他的将领不是不善于领兵，只不过他们都喜欢掳掠。爱卿你手下军士纪律性极强，所经过的郡县不会被军事所苦。”冯异叩头受命，领兵向西而去。
冯异和赤眉军在华阴相逢，相持六十多天，大战数十回合，最终让赤眉军将领刘始、王宣等五千人 投降。建武三年春天，光武帝派使者拜冯异为征西大将军。
当时邓禹率领车骑将军邓洪等人引兵回来，和冯异相逢，邓禹、邓洪让冯异一起进攻赤眉军。冯异说：“我和贼兵相持数十日，虽然屡次擒获对方的猛将，但是他们仍然保有相当的实力。现在您可以稍微给他们点好处，引诱他们，不宜硬碰硬。皇上现在让诸将在渑池屯兵，而我在西边出兵，一举拿下，这才是万全之计。”邓禹、邓洪不听。
邓洪于是在另一天和赤眉军发生战事，赤眉军佯装败走，放弃辎重。赤眉军的车子上都载着土，在土上用豆子盖上，邓洪这边军士饥饿，都争相去抢食。赤眉军趁机杀了个回马枪，邓洪军溃乱。冯异和邓禹合兵来救，赤眉军稍微退却。冯异因为士兵倦怠，劝邓禹让士兵休息，邓禹不听，再战，又被打败，死伤的有三千多人。邓禹最终逃到宜阳。冯异放弃马匹，步行道回溪，和几个帐下的回到军营。修正工事，收集失散的士兵，招募到了数万人，和赤眉军约定时间再战。
冯异让壮士穿着和赤眉军相同的衣服，埋伏在道路两旁。第二天早上，赤眉军的万余人攻打冯异的前部，冯异让一部分士兵出来援救。赤眉军见到自己的士气不行了，索性就倾全部兵力攻打冯异，冯异也全军出动，与之大战。等到下午，赤眉军不行了，此时早已埋伏在两旁的士兵去攻打赤眉军，这时赤眉军那边敌我难以分辨，大惊，于是溃退。冯异这边追击，大败赤眉军，俘虏了男女八万人。而其他余下的十多万人，向东逃，一直到宜阳才投降。
光武帝下诏慰劳冯异道：“赤眉军被平定，士兵劳苦，虽然开始失败，然而大军最终能奋勉，这可谓是失之东隅收之桑榆，要论功行赏，以答谢众位将士的辛苦。”
冯异因为自己在外领兵很久，感觉不踏实，就上书说自己想要到皇帝身边，希望能够在帐下效力，但是光武帝不允许。后来有人给皇帝打小报告说冯异在关中很专制，威望和权力都很高，百姓归心，外号叫“咸阳王”。光武帝把奏章让冯异看了，冯异十分惶恐，上书谢罪到：“我深受陛下信任，才能够建立尺寸之功，其他都是皇帝陛下的深谋远虑，而非臣等所能及的。臣私下想着：只是按照陛下的旨意行事，才能够每战必胜’臣幸亏投奔了明主，在国家危难之刻不能想着有所差池，况且天下平定，上尊下卑，而臣有爵位。现在诚心诚意希望自己能够有所善终。”
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皇帝又给冯异回书道：“将军之于我，在大义上讲是君臣，恩情犹如父子，有何嫌疑，又有什么可害怕的呢?”
建武六年春，冯异到了京师，上朝，皇帝对公卿说：“这位是我起兵时的主簿啊。”光武帝下诏说：“当我失落的时刻，那时的豆粥、小麦饭，我不会忘记的。”冯异叩头谢道：“臣听说管仲对齐桓公说：希望君上不要忘记射钩之事，臣也不忘。现在臣也希望陛下不要忘记当时在河北时的遭遇，而小臣也不敢忘记。”
后来，诸将都败于隗嚣，光武帝就让冯异领兵。大军还没到，隗嚣乘胜，让其将领王元、行巡领两万人攻打训邑。冯异就领兵救援，想要先占据训邑。诸将都说：“敌兵来势汹汹，不可与之争锋。应该让大军驻扎，再慢慢想策略。”冯异说：“敌兵兵临城下，只图小利，才想要攻打这个地方，如果训邑失守，三辅动摇，这是我忧虑的。现在我方是攻者不足，守卫是有余的。现在要据守城池，以逸待劳，不是争的时候。”
冯异下令偃旗息鼓。敌方将领不知，冯异就出其不意攻打他们，敌军受惊，大乱，四处奔逃，冯异追击了数十里，最终打败他们。冯异后来生病，死于军中。
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