澶渊之盟固然值得称道，在这次战争中，宋军也给辽军以有力的反击，使辽朝统治者认识到宋军和中原地区的人民是不可轻侮的。从此以后，契丹就不敢发动大规模的入侵。澶渊之盟后，宋辽边境干戈宁息，贸易繁荣，人民生活安定。从积极抗敌到澶渊之盟，寇凖功冠朝臣，朝野上下有目共睹。但是有功之臣却由此招来不测之祸。寇凖对北宋王朝功重如山，宋真宗对寇凖十分敬重，引起妥协派官僚的嫉恨。
王钦若这个曾被寇凖斥之为“罪可斩首”的妥协派首领，对寇凖更是恨之入骨。一回到东宫，王钦若就开始对寇凖施展阴谋。在一次退朝之后，他乘机对真宗说：“陛下敬重寇凖，是因为他对国家有功吗?”宋真宗点头肯定。王钦若说：“我想不到陛下竟有这样的看法。澶渊之役，陛下不以为耻，反而说寇凖有功。”宋真宗一愣，问他原故。王钦若说：“《春秋》—书都把城下之盟当作一种耻辱。澶渊之盟实际上是城下之盟，陛下不以为耻吗?”王钦若见宋真宗不高兴，接着说：“陛下听说过赌博吧。那些赌徒在钱快要输完时，就尽其所有押了上去，输赢在此一着，这就叫‘孤注一掷’。陛下在澶州时不过是寇凖的‘孤注’罢了，真是危险啊!”这话让真宗听进去了。从此，宋真宗对寇凖就冷淡起来。
寇凖做宰相，选拔人才不讲门第，喜欢进用出身贫寒而有真才的人。御史台是专门批评朝政得失的机构，每当御史台官员有缺额时，他就让平时具有批评精神的人去担任。这样一来，他就更成为王钦若等人的眼中钉。在王钦若一伙不断的攻击下，景德三年(公元1006年)二月，寇凖被免去相职，到陕州去做知州。寇凖离开东京后，在河南、陕西等地作了多年的地方官。
丁谓与王钦若一样，都是善于奉迎之人，为了博得宋真宗的欢心与信任，丁谓他们大搞迷信活动，以伪造“天书”，编造祥异，来粉饰太平，迷惑视听。宋真宗晚年卧病不起，越发迷信和糊涂，对丁谓简直到了言听计从的地步。
天禧三年(公元1019年)，朝廷形势发生了变化，王钦若因事罢相，有人推举寇凖回朝，丁谓也主动邀请寇凖回朝再当宰相。丁谓此举别有一番用心。当时，无论从资历还是从声望上讲，丁谓实在不够宰相的资格，因而他请寇凖回朝为相，以便假借寇凖的资望为自己的权势服务。这一点，局外人是清楚的。寇凖的一个门生就曾十分恳切地对寇凖说，称病不去为上策，而“再入中书”当宰相为下策。然而寇凖不听劝阻，终于在六月间赴京上任了。
丁谓对寇凖先后施展了两套阴谋。起初他一心想把寇凖拉为同党。在一次宴会上，寇凖的胡须沾了些菜汤，丁谓马上起身为寇凖擦须。寇凖不但不领情，反而当场讥讽丁谓有失大臣之体。丁谓恼羞成怒，发誓要报复寇凖。
宋真宗得风湿病后，刘皇后参预朝政，凡事皆问丁谓。寇凖等元老重臣都上奏，建议应选择正大光明的大臣来辅佐太子监国。寇凖还特别指出：“丁谓、钱惟演是奸佞之人，不能辅佐少主。”其实是在反对刘皇后干政，反对丁谓专权。病中的宋真宗也意识到丁谓专权的严重局势，批准了寇凖等人的上奏。寇凖让知制诰杨亿秘密起草太子监国的诏旨，并且准备与杨亿一起辅政。
刘皇后因为娘家的人仗势犯法，寇凖认为必须按国法处置之事，与寇凖结下怨仇。不料，寇凖与杨亿密谋由太子监国一事，被杨亿的妻弟张演酒后泄漏，刘皇后先下手为强，罢寇凖相位，改封为太子太傅。正在此时，仇恨丁谓的太监周怀政联络同党，企图斩杀丁谓，复相寇凖，尊宋真宗为太上皇，拥立皇太子即位。这件事被客省使杨崇勋出卖，丁谓连夜化装乘牛车到同党那里商量对策。随即派兵包围周怀政的住处。周怀政被捕后自杀。丁谓想乘机告寇凖参与密谋。寇凖虽没被问成死罪，却再次罢相，被逐出京城。
寇凖遭贬，据说是丁谓等背着宋真宗干的。《宋史·寇凖传》记载，寇凖被贬，真宗卧病不知，问左右的人为什么多日没见寇凖，左右臣僚都不敢回答实情。寇凖离开京城那天，大臣们由于害怕丁谓，都不敢去送行，只有王曙以“朋友之义”为寇凖饯行。参知政事李迪十分愤懑，公然宣布自己与丁谓不共戴天，甚至持手板击打丁谓。李迪面奏皇帝痛斥丁谓之奸邪，力诉寇凖之蒙冤。
寇凖再次罢相后，丁谓当了宰相，将寇凖一贬再贬。乾兴元年(公元1022年)，寇凖含冤离开道州，去南海雷州赴任。到任后，连个像样的住房也没有。当地官员、百姓素来仰慕寇凖的为人，主动替他盖房，安排寓所。他在任上，除少数政务外，主要是读经释书，闲暇时写字、会友，每逢客至，则笑脸相迎，毫无权贵大官的样子。
在雷州时，寇凖指导当地居民学习中州音;传授农业技术、兴修水利，开渠引水灌溉良田;向群众解说天文地理，力避邪说;同时还修建真武堂，收徒习文学艺，传播中原文化，对雷州文明发展起到促进作用。
天圣元年(公元1023年)，寇凖在雷州任所忧病交加，卧倒在床。此时，他以《病中诗》为题，赋诗一首：“多病将经年，逢迎故不能。书惟看药录，客只待医僧。壮志销如雪，幽怀冷似冰。郡斋风雨后，无睡对青灯。”
天圣元年九月，寇凖病故于雷州竹榻之上，妻子宋氏奏乞归葬故里，宋仁宗准奏。但因费用有限，灵柩运至中途，钱已用完，只得寄埋洛阳巩县。明道二年(公元1033年)十一月，宋仁宗恢复寇凖太子太傅、莱国公，赠中书令，谥号“忠愍”，并归葬下邽。。皇祐元年(公元1049年)，宋仁宗又令翰林学士孙抃为寇凖撰写了《莱国寇忠愍公旌忠之碑》，并为碑首御书“旌忠”二字。
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