伦敦大瘟疫是指一场于1665年到1666年发生在英格兰的大规模瘟疫。在这场瘟疫中，有七万五千到十万人丧生，超过当时伦敦总人口的五分之一。它在历史上被确定为淋巴腺鼠疫(bubonic plague)引起的大面积黑死病，由人通过跳蚤感染了鼠疫耶尔森菌。1665年这场传染病是淋巴腺鼠疫在英格兰的最后一次大规模爆发。
瘟疫的来源有两种说法。一种说来自法国，1665年4月，两个法国海员昏倒在伦敦西区特鲁里街与朗埃克路口，后来他们身上携带的病毒引起了大范围的传染。另一种说法是说鼠疫病毒来自荷兰，这种疾病自1599年起就在荷兰当地传播了。瘟疫袭击的第一个地区是伦敦的圣吉尔斯教区。1664年底至1665年初的冬天，就已经有病例在那里出现，但直到1665年开春，由于人口的大量增加和卫生条件的急剧恶化，疾病才大规模迅速地传播开来。到了1665年7月，瘟疫已经遍布伦敦城。当时的国王查尔斯二世以及他的家人都被迫离开了伦敦前往牛津郡，但市长和参事仍在坚守岗位。而一部分神职人员、医生和药剂师也因此忙碌了整个夏天。满大街都是负责瘟疫的医生，虽然他们当中很多人都没有执照。
由于这场瘟疫的蔓延非常之快，人们不得不将患病者所住的房子都连人封死，在紧闭的大门外漆上红十字，上面写上“上帝保佑”的字样，严禁任何人出入。每天只是在限定的时间，由专人从窗口送进食物和水。成千上万的病人就是在这种恶劣的情况下凄惨地死去，最多时一周死去的就不下万人。时至9月上旬，原来熙熙攘攘的伦敦城竟然完全变成了一座寂静的死城。所有的店铺关了门，街上几乎看不到行人，路旁长满了茂盛的杂草。城内唯一能够不时打破沉寂的工作，便是运送尸体。每到夜晚，运尸车“咕隆，咕隆!”的车轮声和那哀婉的车铃声，让人听了毛骨悚然。最初，这项掩埋工作只是在深夜进行，后来死者人数太多了，不得已也在昼夜进行了。死者的尸体被横七竖八地装到运尸车，运到各处的埋尸坑。在那里，负责埋尸的工人们往往蒙面捂嘴，摇着铃，口中念着：“安息吧!”匆匆把尸体倒入坑内，掩上薄土后，匆忙离开。
记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升，到1665年九月，平均每周已经有7000人死亡。到深秋时候，状况得到了一定程度的控制。到1666年二月，城市被认为安全到可以迎接国王了。而同时，由于与欧洲大陆的商贸交流，瘟疫传到了法国。此后直到1666年九月，瘟疫仍在温和的流行。9月2日和3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分遭到感染了的房屋，这是状况好转的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死亡了。此后伦敦城在大火的基础上重建，在这场瘟疫过后又获得了的新生。
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