崔玄暐年轻时以学行著称，深受叔父秘书监崔行功器重。662年(龙朔二年)，崔玄暐考中明经科，累迁至库部员外郎，后授天官郎中、凤阁舍人。
担任宰相
701年(长安元年)，崔玄暐升任天官侍郎。他性情耿直，从不私下接受官员请托，因此受到权贵的忌恨，改任文昌左丞。不久，武则天对崔玄暐道：“你调职之后，官吏纷纷设斋庆贺，这会放纵他们的贪欲。所以现在我让你官复原职。”于是重新任命崔玄暐为天官侍郎。
703年(长安三年)，崔玄暐担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，兼太子左庶子，次年又改任凤阁侍郎，加银青光禄大夫。此前，来俊臣、周兴等酷吏贪图封赏，诬陷良善，抄没数百家。崔玄暐拜相后，上表皇帝，为他们陈述冤屈。武则天感悟，将这些人全部赦免。
政变封王
704年(长安四年)，宋璟弹劾张昌宗图谋不轨，崔玄暐也多次进言。不久，武则天患病，避居深宫，不肯召见宰相，只由张易之兄弟侍疾。崔玄暐进言道：“太子与相王足以侍奉汤药，宫廷禁地，不宜异姓人随意出入。”武则天道：“我十分感激您的厚意。”但却不肯采纳。
705年(神龙元年)，崔玄暐与桓彦范、敬晖、张柬之、袁恕己等人趁武则天病重，发动兵变，拥立皇太子李显登基，是为唐中宗，因功擢升中书令，封博陵郡公。武则天对崔玄暐道：“别人都是受人推荐，只有你是朕亲手提拔的，你为什么要这么做?”崔玄暐道：“这正是为了报答陛下。”
同年四月，唐中宗任命术士郑普思为秘书监，崔玄暐极力劝谏，但不被采纳。后来，武三思多次在中宗面前进谗。中宗采用明升暗降之计，封崔玄暐为博陵郡王，罢去其宰相之职，只让他在每月初一十五上朝面君。不久，崔玄暐又出任检校益州长史，并代理都督之职。
病死流途
706年(神龙二年)，唐中宗听信武三思谗言，贬崔玄暐为均州(今湖北丹江口)刺史。后来，武三思又诬陷崔玄暐等人与驸马王同皎同谋作乱。崔玄暐又被贬为白州(今广西博白)司马，削去封爵。七月，武三思暗中宣扬韦皇后淫乱后宫之事，并嫁祸给崔玄暐等人。唐中宗大怒，将崔玄暐流放古州。崔玄暐在流放途中病逝，时年六十九岁。
710年(景云元年)，崔玄暐被追复官爵，赐谥文献。718年(开元六年)，唐玄宗将崔玄暐的灵位放入唐中宗的宗庙中。782年(建中三年)，唐德宗又追赠崔玄暐为太子太师。
崔玄暐的妻子是谁 崔玄暐子女
在清光绪年间所修《获鹿县志》的“金石志”中，著录有“唐大理寺卿崔升妻荥阳县君郑氏墓志”(原石全名为“大唐大理卿崔公故夫人荥阳县君郑氏墓志铭并序”)一石，由于该墓志与获鹿本地名胜无涉，加之《县志》不载墓志铭文，所以这方墓志一直没有引起人们的重视。甚至研究唐史的专家、学者，对此墓志也没有加以“青眼”。然而，这方墓志却是目前了解有唐一代赫赫有名的名门望族——土门崔氏的唯一实证材料。
儿子：崔璩，官至礼部侍郎，袭博陵郡公。
儿子：崔珪，官至汾相等州刺史。
儿子：崔氏，官至主客郎中。
儿子：崔璆。
孙子：崔涣，官至宰相。
崔玄暐的故事
崔玄暐的母亲卢氏曾告诫他道：“我曾听姨兄辛玄驭道：‘儿子做了官，有人来说再不会贫穷了，这的确是喜事;但他钱财充足，这又是让人担忧了。’我认为这是很正确的看法。近来看见亲戚中做官的，多用钱物奉养双亲，而双亲却不问钱物从何而来。如果是自己的俸禄，这是好事;如果不是，那么与盗贼有什么区别呢?你如今作官，如果不能忠正清廉，怎能立足于天地?”因此崔玄暐为官以清白著称。
人物评价
刘昫：昔夫差入越，勾践保于会稽，不听子胥之言，而有甬东之叹。此五王除凶返正，得计成功。当是时，彦范、敬晖握兵全势，三思、攸暨其党半歼，若从季昶之言，宁有利贞之祸?盖以心怀不忍，遽失后图，黜削流移，理固然也。且芟蔓而不能拔本，建谋而尚欠防微，死即无辜，祸由自掇。失断召乱也，不亦宜哉!
宋祁：五王提卫兵诛嬖臣，中兴唐室，不淹辰，天下晏然，其谋深矣。至谓中宗为英王，不尽诛诸武，使天子藉以为威，何其浅耶?衅牙一启，为艳后，竖儿所乘，劫持戮辱，若放豚然，何哉?无亦神夺其明，厚韦氏毒，以兴先天之业乎?不然，安李之功，贤於汉平、勃远矣!
王化贞：张柬之等五王，合谋诛二张、迁武氏、反中宗之辟而复唐之，何其壮也。未久而妖韦蛊于内，诸武蛊于外，而五王者，厌厌不振以至于屠灭。千载之后，畴不痛之，而又惜之，且恨之。
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