科穆宁家族起家于帕弗拉戈尼亚，属于典型的小亚细亚军区大地产军事贵族家族。王朝的始祖伊萨克一世·科穆宁在1057年君士坦丁堡军队首领们发动的政变中被拥立为皇帝，但伊萨克·科穆宁的统治只维持了不到两年时间。由于企图抑制教会和官僚，结果被以米海尔·普塞尔乌斯为首的帝都贵族推翻。杜卡王朝取得了皇位，该家族对官僚阶层作出种种让步，使帝都贵族更加得势。杜卡王朝在被其将领尼基弗鲁斯·波塔尼亚特推翻。在这种混乱的政治斗争中，伊萨克一世的侄子阿历克塞一世·科穆宁扩大了势力，并在1081年推翻了尼基弗鲁斯三世，恢复了科穆宁王朝的统治。王朝在阿历克塞之孙曼努埃尔一世的统治下达到巅峰，恢复了东罗马东方霸主的地位。然而在其死后王朝却迅速的在昏庸的统治者，野心家，以及十字军手下衰落下来，最终伊萨克·安格洛斯结束了科穆宁的统治。
阿历克塞一世·科穆宁是科穆宁王朝的真正奠基人。在科穆宁王朝时期，拜占廷帝国已不具有马其顿王朝时代的在亚洲和欧洲同时发动大规模军事进攻的能力。此时拜占庭帝国封建制度形成一定规模，军事贵族对广大领地实行终身监领，承担向国家交纳租税和提供军队的义务。由于自由农民人数锐减，常备军兵源枯竭，帝国不得不更多地依赖外籍雇佣军。
为了使威尼斯人支持拜占廷帝国反对突厥人和诺曼人的战争，阿历克塞一世被迫给予威尼斯共和国以重大贸易特权，却极大程度上的损害了拜占廷的经济，也使帝国的海上霸权不复存在，又给予比萨以商业特权，部分抵消了威尼斯人的优势。(相应地，地中海的制海权转移到了意大利诸城邦，主要是威尼斯和热那亚手中)。由于首领罗贝尔·吉斯卡尔的暴亡，诺曼人对希腊的渗透戛然而止，使科穆宁王朝在许多年里都摆脱了西方的威胁。但是，更大的威胁是来自亚洲的塞尔柱突厥人和欧洲的意大利城邦。1090年，阿历克塞一世倾举国之力阻止了突厥人的西进，使帝国东部防线暂时稳定了下来。阿历克塞一世曾幻想借助西欧的军事力量从突厥人手中收复亚洲领土，向教皇发出了援助呼吁，结果导致西欧封建主发动了十字军东征。在整个科穆宁时代，拜占廷帝国都不得不努力控制前往亚洲的十字军大军，以及他们在叙利亚和巴勒斯坦地区建立的一群西欧式小国，这些小国只是偶尔臣服于拜占廷。
阿历克塞一世以后的科穆宁王朝诸帝除曼努埃尔一世以外大多政绩不显。约翰二世击败了已经在突厥人内斗中衰落的佩切涅格人(为此设立了"佩切涅格节")，但是在东方的失败政策和经济上的全面崩溃导致了帝国这一时期极度衰弱，并被迫屈服于实力逼人的威尼斯人。约翰二世之子曼努埃尔一世非常成功地复兴了帝国的经济，社会和政治系统，并征服和统治了亚洲以安条克为中心的十字军诸国以及全巴尔干半岛和克罗地亚地区，然而在企图征服塞尔柱突厥人时遭到了挫败(1176年密列奥塞法隆战役);他死后，由于继承人年幼而导致的政治动荡，拜占廷的力量开始再次全面下滑。自此，其衰落已经不可避免。1185年，科穆宁王朝的安德罗尼卡一世(他以激进而失败的统治著称)被其将领伊萨克二世·安格洛斯(此人是阿历克塞一世的女儿狄奥多拉的后代)推翻，后者建立了安格洛斯王朝，科穆宁王朝在拜占廷的统治宣告结束。
阿历克塞一世求助于十字军的想法最终被证明是引狼入室，1204年十字军推翻了由安格洛斯家族统治的拜占廷帝国。帝国各豪族在亡国后纷纷建立了独立国家，其中科穆宁家族也在小亚细亚建立了特拉比宗帝国。位于希腊的伊庇鲁斯专制君主国也是科穆宁家族的一个后代建立的。但是，拜占廷的众多继承国中的真正正统继承者尼西亚帝国与科穆宁王朝无关，而也是尼西亚帝国最后恢复了拜占廷帝国。
科穆宁王朝时期的拜占廷涌现了一批杰出的历史学家，其中最著名的是阿历克塞一世的女儿安娜·科穆宁。安娜·科穆宁的主要作品是《阿历克塞传》，这是研究阿历克塞一世统治时期拜占廷历史的头等史料。安娜·科穆宁娜的丈夫尼基弗鲁斯·布林尼乌斯也写了一些重要的历史文献，但未能完成。其他著名的历史编撰者包括约翰·金纳穆斯(曼努埃尔一世的私人秘书，他的作品深入记述了曼努埃尔的统治)和尼基塔·科尼亚特斯(写了科穆宁王朝结束后到十字军攻陷君士坦丁堡之间的历史)。
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