鸦片战争爆发后，耆英调署杭州将军，后被任命为钦差大臣，与伊里布同赴浙江与英军议和。1842年，耆英、伊里布与英国代表璞鼎查签订了中国近代史上第一个不平等条约——《南京条约》。翌年又与英国签订《中英五口通商章程》和《虎门条约》。
▲ 1842年第一次鸦片战争结束，清政府代表耆英与英军指挥官璞鼎查在英舰皋华丽号上签订《南京条约》
1844年，耆英任职两广总督时，分别与美国和法国签订了《望厦条约》和《黄埔条约》，成为名噪一时的“签约大臣”。道光皇帝却因其“抚夷”得力，退敌有功，赏赐耆英“有胆有识”“有守有为”两块匾额，以示嘉奖。
1850年道光病逝，咸丰即位，力图刷新朝政。咸丰万分厌恶这位议和大臣，斥责耆英“无耻”“无赖”，崇洋媚外，祸国殃民，并革职留任。耆英仰仗先帝隆恩，以讽刺性的对联来发泄自己的不满，联曰：
先皇奖励有守有为，今上申斥无才无能。
咸丰帝因为顾念耆英为先皇宠臣，未加罪责，但胸中不快由此燃生。
1858年第二次鸦片战争再起，清廷任命大学士桂良、户部尚书花沙纳为钦差大臣奔赴天津与英法联军谈判。由于很少接触洋务，二人办理外交事宜捉襟见肘，面对侵略者咄咄逼人态势，一筹莫展。
巡防大臣惠亲王绵愉、怡亲王载垣、郑亲王端华和大学士彭蕴章等，联名奏请咸丰帝保举起用曾参与道光朝外交、现已革职闲居的工部员外郎耆英前往天津与英法交涉。举目无人，无奈之下咸丰帝遂决定“弃瑕录用”，赏耆英侍郎衔，命其赴天津与桂良等一起与英法侵略者谈判。
耆英到达天津后，即速约见英法代表谈判，未料英法代表对耆英不怀好感，拒绝会见。原因是英法联军在攻陷广州后，从两广总督署衙内缴获了一些清廷官方档案，其中即有耆英向清帝报告如何欺蒙、辱骂“外夷”的奏折，这让英法联军很是恼火。
这次谈判期间，英法议和代表除了不与耆英会面外，还将耆英奏折交给花沙纳和桂良阅看，指责耆英不讲信用。耆英狼狈不堪，预料自己无法继续谈判，便擅自离津返京。
▲ 耆英(油画)
耆英擅离职守，咸丰帝龙颜大怒，斥责耆英“无耻无能”，并立即召集廷臣商议如何惩办。战时状态之下，钦差大臣擅自逃离前线，罪责之大，自难掩遁。绵愉、载垣、端华、彭蕴章等纷纷奏请惩处耆英。耆英则辩护认为对外议和，事关机密，不能以书面形式上奏，因此必须亲自赴京面禀。耆英此次受批后，回府再次撰联讥讽：
先帝褒奖有胆有识，时皇罪过无耻无能。
清末户部文选司郎中崇彝在其《道咸以来朝野杂记》记载，气急败坏的耆英受到批评之后，回家撰写了上述对联悬于自家客厅之上，故意令人见之。
桂良、花沙纳也认为英法对耆英颇表不满，他们对耆英的鄙视事关清廷尊严，奏请咸丰帝允准耆英进京面陈夷情。咸丰帝气急之下下令科尔沁郡王僧格林沁火速派员将耆英押解入狱，并责令恭亲王奕訢会同大学士共同审讯。同时咸丰帝下诏，对“赞襄无方”各亲王大臣予以不同程度处分。
围绕耆英量刑定罪之事，朝臣颇有分歧。恭亲王奕訢等从大清律例角度出发，认为耆英未奉谕旨擅自回京，确属冒昧糊涂，不合情理。但又认为耆英并非统兵将帅，而且其回京也是担心和局破裂。且查遍大清律例，并无相关的处分条文，建议从轻发落。其他大臣也奏请将耆英定为绞监侯，实际上是暗中为耆英寻找生机。按照一般常规，绞监侯不久即可开释复官。
与奕訢等主张保释相反，户部尚书、协办大学士肃顺则奏请咸丰帝将耆英立即就地正法。他坚持认为，如果不将耆英即行正法，迁延时日，耆英将会寻机生还，如此则“国法何申?官邪何儆?”对于肃顺奏请，咸丰帝一方面认为肃顺言论过当，另一方面表示不忍“弃之于世”，于是着令耆英自尽。
承平之世尚需恪守君臣之道，乱世之秋更需帝王权威。耆英未能审时度势而触犯龙颜，在崇尚君臣父子之道的封建时代，因联获刑只是个借口而已。肃顺力主处死耆英，是对鸦片战争以来昏暗官场的一次大肃清。
不少人认为，肃顺处死耆英，难免有挟嫌报复的成分。这种说法难以服众，因为肃顺与耆英之间并没有什么个人恩怨。1861年辛酉政变后，耆英之子企图为父翻案，慈禧依旧认为，虽然肃顺“奏过当”，但是耆英“罪当死”。咸丰、肃顺之所以要处死耆英，主要是救政以猛，希图借此振刷颓败的局势。当然力主处死耆英，也还包含着肃顺借此打击旧权贵，树植新势力的政治考量。
耆英虽死，但清廷“战和不定”的外交方针却就此定型，如此说来耆英之死毫无价值。
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