十一月十六日这天的早晨，忽然有清兵开门，声称：”请瞿阁部、张大人议事。”二人自然知道是怎么一回事，于是瞿式耜神色不惊的对来人讲到：”稍等片刻，待我写完《绝命词》。”于是，瞿式耜提笔写道：”从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香!”然后，二人整肃衣冠，向南行五拜三叩头之礼(辞帝之礼)，置于几案诗稿之上，携手同步，出得门来。
瞿式耜笑着对张同敞说道：”我二人多活了四十天，今日，真是死得其所!”张同敞大声言道：”今天出去，死得痛快!我死后当为厉鬼，为国杀虏击贼!”说着，他从怀中掏出珍藏的网巾戴于头上，”服此于地下见先帝!”
瞿式耜二人行至桂林城北叠彩山，他眺望远处，目之所及，依旧满目风光，桂林山水，于是对刽子手说：”我生平最爱山水佳景，此地颇佳，可以去矣!”
张同敞心情却是激荡万千，他生平曾说过：”我听说忠臣孝子的德行会感动上天。”1650(顺治七年、永历四年)农历闰十一月十七日两人在仙鹤岩(风洞山南)，慷既就义。
瞿式耜、张同敞二人死后，已经出家为僧、法名性因的原明朝大臣，被瞿式耜营救下来的金堡出面安葬了二人。
瞿式耜殉国后，永历朝给谥”文忠”。1652年(顺治九年、永历六年)七月，联明抗清的原农民军将领李定国收复桂林，要为瞿式耜立祠纪念，并召见其孙瞿昌文，支持瞿昌文为祖父归葬故乡虞山拂水岩牛窝潭。1679年(康熙十八年)，迁葬于虞山拂水岩牛窝潭。1776年(乾隆四十一年)，乾隆帝下令编纂《贰臣传》，将凡是投靠清朝的原明朝官员均列入其中，就连开国重臣范文程也一并入选，而对为明室尽忠者则大肆褒扬，瞿式耜原先在永历朝被追谥为”文忠”，这时又被追谥为”忠宣”。
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