清康熙十六年(1677年)，河道总督衙门从山东济宁迁至江苏淮阴的清江。
你会问：黄河并不走江苏啊。
金章宗明昌六年(1195)，黄河夺淮入海。清咸丰五年(1855年)，黄河又回到山东入渤海。在咸丰以前，黄河是经两江总督辖区入海的。
这就产生一个问题：在两江辖区的黄河治理上，两江总督和衙门驻在两江辖区内的河道总督，谁的话语权更大?
如果按乾隆十八年(1753年)的定级，两江总督不加兵部尚书兼都察院右都御史衔，是正二品，加衔为从一品。而河道总督的加衔，只是兵部侍郎兼都察院右副都御史，加了衔也只是正二品。在此年之前，二者是平级的，河道总督也是兼兵部尚书兼都察院右都御史。
值得注意的是，雍正七年(1729年)，河道总督辖区一分为三，分别设置北河总督、东河总督、南河总督(江南河道总督)。与两江总督在职责权限上有交集的，是南河总督。
(以乾隆十八年以后为例)按理说，两江总督是可以管着南河总督的。事实上，此年之前，两江总督的职责中，就包括对黄河的管理。可是两江总督实在太忙了，苏、皖、赣三省的事务就多如牛毛，他无法分心再管河工上的事情。更重要的是，两江总督对黄河事务很多都是外行，而能出任南河总督(河道总督)的，都算是专业人士，比如康熙年间的河道总督靳辅，就是有名的治水专家。让两江总督写一本类似靳辅著的《治河方略》?还不如罢了他的官。
所以，江苏砀山(今属安徽)以下的黄河治理，直隶总督挂着兼辖河工的空衔，实际上并不怎么管理。何况，河工是苦差事，成天风吹日晒，万一黄河决了口子，还连累自己的仕途。
出于这种考虑，两江总督巴不得不管黄河事务，出了事，让南河总督顶雷扛包。乾隆朝时，黄河治理屡屡出现问题，南河总督没少挨批，这也吓到了两江总督。对于境内黄河的事务，两江总督能躲多远就躲多远，堪称万花丛中过，片叶不沾身。
两江总督不插手河工，这对南河总督来说当然是好事，少了外行插手。但也带着一个问题，南河总督的辖区在两江总督辖区内，如果没有两江总督的积极配合，很多工作无法开展。
嘉庆帝就注意到了这个问题。除掉和珅后的嘉庆五年(1800年)，嘉庆帝就驳斥了两江总督费淳的请求。
费淳说了什么?他说不想再管河工了。嘉庆帝很生气，说当官的都像你这样偷懒耍滑，南河总督什么事都干不了。不行!接着干，必须配合好南河总督。
其实倒不是费淳耍滑头撂挑子，实在是两江总督和南河总督在两江辖区内的职权划分不清楚。有时面对一个问题，两江总督和南河总督面对面，大眼瞪小眼，不知道这事该归谁管，很尴尬。
嘉庆帝扩大了河道总督(不是南河总督)的职权范围，两江总督既然不想管，那就一边呆着去。比如朝廷下拨的治河专款，应该以河道总督为主，两江总督给予配合。两江总督同时也要配合河道总督，给治河人员(包括专业官兵)发放工资。
嘉庆帝，以及之后的道光帝，都明确了南河总督和两江总督的职权边界。即河务上的事情，首先要听河道总督(南河总督)的，两江总督只是“兼管”，是个配角。
两江总督本来就不想管吃苦还捞不到好处的河工，他们想管的是盐政和漕务。但油水甚大的盐政和漕务都有专业官员管理，两江总督无法插手。
自此，河道总督(南河总督)才真正可以算得上把河工事务揽在手里。不像之前，南河总督简直就像是两江总督的跟班，大事都由两江总督定。甚至于两江总督可以“随意”弹劾南河总督。乾隆七年(1742年)，时任两江总督的德沛就向乾隆帝密告南河总督完颜伟私开邵关坝，导致黄河水暴涨。只不过，完颜伟早先一步把情况上报给了乾隆帝，才躲过德沛的弹劾。但为了照顾两江总督的面子，乾隆帝还是用不三不四的借口，撤销了完颜伟南河总督的职务。
不过，清朝自嘉、道年间开始衰落，天下汹汹，河务也几乎到了没人愿意管的程度。反而出现了河道总督(南河总督)偷懒耍滑，两江总督主动管河工的情况。无他，河道总督(南河总督)是苦差，相关河臣捞不到好处。两江总督主动接管，是考虑到给自己的仕途增加一抹亮色，将来好升迁。不仅是河务，就连漕务，漕运总督也差不多束手旁立，看着两江总督忙来忙去。
等到黄河在咸丰五年北徙后，南河总督更是无事可做，1861年撤销。而两江总督管不到黄河事务，也落了个清闲。
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