众所周知，清承明制。清王朝的很多政体制度都继承与效仿明王朝，其中官僚系统亦是如此。尤其是这地方官僚系统，几乎与明王朝配置相同。但是就在这看似类似的官僚结构，对于同为地方高级行政长官的总督与巡抚，明清两朝却有着一个本质上的区别，感兴趣的读者可以跟着趣历史小编一起往下看。
这个区别就是：在明王朝总督与巡抚隶属于京官，也就是中央官员，而在清王朝，这两个官职可是名正言顺的地方大员。
为什么会出现这样的不同呢?这就要从明清两朝，巡抚与总督两个官职，在明王朝的起源说起了。
朱元璋在一统天下之后，对于如何统治这个国家也是费尽脑汁。起初，他建立明王朝的官僚体系，多少也是效仿元王朝，保留中书省就是个明显的例子。但是，最让老朱皇帝忌讳的，也是最不放心的就是权力集中到别人的手里。
因此，在建国之初，在元王朝的基础上对全国行政区域简单重新划分之后，将地方行政事务一分为三，由三个平行的部门机构分别管理，俗称为“三司”，即承宣布政使司(下文简称布政使)，提刑按察使司(下文简称按察使)和都指挥使司。
其中，布政使负责地方民事，按察使负责地方法律诉讼以及对地方官员有纪检权，都指挥使就掌管地方军事了。当然，这样的“三权分立”并非老朱皇帝的发明，早在秦王朝时期，秦始皇就已经施行，朱元璋继而用之而已。而这“三司”又以布政使官品阶最高，为理论上地方行政最高长官。
如此进行权力分割之后，确实是对地方政务集权起到了“无与伦比”的防微杜渐的效果，但由于三司之间缺乏统一领导，在事务处理过程中，往往是本位主义，导致各司部之间，相互掣肘、推诿之例屡见不鲜。而且就算是本司部之内，最高长官又存在左、右各一人，权力的游戏迷人之处就是没有几人能看得开，换句话说，左、右长官之间政见不一是很正常，互相诋毁与拆台更是常见。
在这种情况之下，地方行政效率之低下可想而知。这还没到最坏的时候，最坏的情况发生在洪武十三年之后。
洪武十三年，发生了一件震惊朝野的大事，丞相胡惟庸因为谋反而遭到朱元璋无情地清洗，而因此无缘无故受到牵连之人，更是不计其数。在胡被清洗之后没几天，朱元璋就迫不及待地废除了中书省，也就是丞相之职，由他老人家直接统领六部，而地方行政长官也直接向六部汇报。如此一来，地方行政长官对应的顶头上司也发生了变化，布政使、按察使以及都指挥使分别向不同部门汇报工作。这让原本就“尿不到一个壶里”的地方行政官僚更加离心离德。长此以往，地方政务不说废弛，也基本上是半瘫痪。
迫于无奈，洪武二十四年，老朱皇帝派中央官员到地方整顿与管理地方事务，名曰“巡抚”。
“巡抚”隶属于中央编制，只是到地方工作。既然是中央委任，权力自然凌驾于地方官员之上。此外，朝廷对于巡抚更是委派了一个核心任务，督办地方税收。连封建王朝之根本——税收，都到了需要中央委派官员督办的程度，此时明王朝地方政务的废弛之深，可见一斑。
既然是中央外派，朝廷的初衷是整顿地方与督办税收工作结束之后就可以召回，但是实际结果是地方政务根本很难离开这个人。很多事例证明，此人前脚刚走，后脚地方行政之间的推诿与低效就显现。于是乎，巡抚率先成为中央委派地方的“钉子户”。既然有了“钉子户”巡抚，是否所有地方问题都能够迎刃而解呢?当然不是。那么还有什么难题呢?
关于巡抚本人素质问题，我们暂且抛开不说。就巡抚职权本身是有局限的，他只能督办与管理本省事务，一旦遇到跨省问题，巡抚之间又开始“顶牛”，尤其是在战争时期，需要多省协作之时，这种弊端立马显露无疑。
英宗与代宗时期，应该是朱家王朝最为危险的一段时间。北元蒙古后裔南下入侵，英宗皇帝的英勇无畏，御驾亲征，没成想成了蒙古人的俘虏，史称“土木堡之变”。在王朝统治岌岌可危之时，英宗之弟郕王继位，即代宗。为了有效地调动全国军事力量，阻止蒙古人南下，中央再次委派官员下地方督办区域军政事务，“总督”由此而生。
总督职权跨省，而且掌管军政两界，因此地位自然就在巡抚之上。但是总督这个职务并没有很快在明王朝如同巡抚那般成为地方“钉子户”，而是如同流水，必要时委任，事毕则委派之人返回中央，总督职务自然撤销。但是随着明王朝统治的日益腐朽，各方反动势力崛起，帝国战事不断，总督因此也成为常任职务，换句话说，也“钉”在地方了。
既然巡抚与总督都已经“钉”在地方，为什么明王朝不将这两个职务划为地方官呢?
总结原因有三：
一、祖制不可违，政务繁忙没时间与精力研究这个事情。在笔者看来就是帝王懒惰不作为。
二、朝廷委派官员不断累加，在总督之后又来了经略、督师，这些都是中央临时委任职务，与总督之间职责重叠严重，至于谁的官更大，其实也很难说得清楚。基本原则就是朝廷让谁说了算，谁的官就大。
三、中央各方势力争权夺利，犬牙交错，哪一方占上风，就有了控制地方的资本，因此不能太清楚明确。
关于第三点有必要简单说明一下。在地方除了朝廷委派官员监督督办之外，别忘了还有明王朝政坛的“另类”主角——太监。在成祖得了太监一臂之力相助成功篡位之后，成祖视太监为可靠之家奴，太监的地位迅速崛起。前文所述，地方军务本隶属于都指挥使司管辖，但是篡位者不放心啊，于是乎就委派可靠家奴监视之，名曰监军。这也就是后来明王朝各类战争，总指挥旁边总有个太监指手画脚，叽叽歪歪的由来。
这些人因为是皇帝亲信，因此极其嚣张跋扈，所监视范围自然不能够局限于军事，地方政务也得插上一杠子。尤其是在明末东西厂权势熏天之时，这些人更是只手遮天，多少地方政务，大事最后都坏在了这群狗仗人势的废物手里。
因为太复杂，所以总督个巡抚这样的主管地方官职，在明王朝一直都是“临时工”。这不得不令人唏嘘。
清王朝在逐步取得中原统治权力之后，在沿用明王朝地方官职体系的同时，更是认真总结了明王朝官僚体系的重大弊端。清王朝在进一步将明王朝省级地方行政区——承宣布政使司(非官职)——拆分为行省之同时，更是将巡抚与总督以地方官职常态化。
其中以巡抚为本省行政长官，而总督通常为跨省(也有只管理一省)督办军政两界事务为主要职责，是名义上的地方官最高职务。尽管清王朝为了制衡这两个官职之权力，也有意将两个职位上下级关系模糊化，这也确实给地方行政管理带来了诸多不便，但是没办法，这是封建集权统治制度的严重弊端，制度上不改变，这种内耗不可能凭空消失。
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