朱允炆如果不跑，就在皇宫里面等朱棣到来，最后的结果只能是朱允炆被朱棣羞辱一番，然后再被杀。
朱允炆不死，朱棣便不能名正言顺的做皇帝，随之和朱棣一起谋反的臣子便不能获得晋升。要知道朱棣起兵反叛时，打起的旗号可是靖难。这一旗号便说明朱棣是以清君侧的名义而起的兵。朱允炆被俘后，朱棣不会马上杀了他，而是会先行除掉朱允炆麾下所谓的奸臣，随后朱棣会将朱允炆贬为昏庸侯或是平民。等到大局稳定时，朱允炆才会突然“暴毙而亡”。
朱棣杀死朱允炆既能让自己的继位，变得合理合法，又能稳定大局，何乐而不为呢?从朱棣派出多路人马，苦苦搜寻朱允炆的下落便可知，不除掉朱允炆朱棣是寝食难安的。身在其中的朱允炆也深知这一点，自己落到朱棣的手上不会有好结果，所以他才会借一场大火逃离南京城，从此过上隐姓埋名的生活。
至于朱棣非杀朱允炆不可，是基于以下几点原因。
一、朱允炆在位期间，虽然曾暴力削除藩王，但推崇儒家治国的他，却对民间广施仁政。随之追随朱允炆的文官有很多，民间百姓也觉得朱允炆是心目中理想的仁君。百官和百姓都拥戴朱允炆，这对继位后准备一展抱负的朱棣可不是什么好事。一旦放过朱允炆，朱允炆很可能会利用皇帝的名望复辟，到时朱棣能怎么办?到时朱棣还是要杀掉朱允炆。既然朱棣早晚都要背负骂名，何不尽早除去朱允炆呢?
二、朱元璋所立的圣旨，指定了朱允炆为大明江山的继承人。这就是说朱允炆是皇位正统的继承人，朱棣即使有再多借口，他也是个篡位者。朱棣可以更改史书，但人们口中的篡位者，朱棣是无法抹灭的。朱棣只有用朱允炆的死，才能换来自己继位的正统性。所以说朱允炆不逃，必然会被朱棣杀掉。
三、大明天下不能有两个皇帝，哪怕是一个被废除了皇位的皇帝也不行。即使朱允炆被贬为昏庸侯或是平民，朱棣也不可能让他长时间活着。这是因为天下初定，如果元蒙残部得到朱允炆，并利用朱允炆曾经的身份进攻中原，那就将给大明江山带来大乱。这也是朱棣为何先后派出郑和、胡濙等人寻找朱允炆下落的原因。朱允炆必须死在朱棣手上。没死在朱棣手上也要活见人死见尸。
朱棣多次率军讨伐元蒙的原因，很可能也是为了防备朱允炆逃去蒙古。因为朱棣要为自己和子孙留下一个没有隐患的江山。
公元1423年，已经64岁的朱棣，将走了到生命的尽头。就在朱棣率兵征伐蒙古的某晚，侍卫叫醒了熟睡中的朱棣。正准备对侍卫发火的朱棣，得到了侍卫的禀报：胡濙求见。本来准备大发雷霆的朱棣，在听到胡濙的名字后霍然起身，随即朱棣便命胡濙赶快入帐进见。
《明史》对朱棣接见胡濙的记载为：当时的朱棣已经就寝，在听闻胡濙求见自己的消息时，朱棣立即起身召见。当时营中刚刚敲过四更鼓。胡濙入帐后向朱棣汇报：传言朱允炆已经远赴海外。得到这一消息的朱棣，立即派出数名内侍(包括郑和)远赴海外搜寻朱允炆的下落。后来朱棣派出的一路人马，向他汇报了一个消息，朱棣这才打消了疑虑，释然而终。
一、朱允炆已死，胡濙找到了他的尸骨，并确定了朱允炆的死讯。
二、某路人马找到了朱允炆，将其灭口，帮助朱棣永绝后患。
三、朱允炆(做起了和尚)没有死，而是通过交谈，向胡濙表明自己已经放弃了皇位。
胡濙的汇报正是告诉朱棣，朱允炆已经不再是你的隐患了。随即年老的朱棣，这才释怀，目前大多数史学家比较认同第三种观点。综上所述可以看出，刚夺取皇位时的朱棣，并不想就此放过朱允炆，他对朱允炆充满了杀意。为了尽早除去朱允炆，朱棣不惜派出大量人马，耗费大量钱财。朱允炆不逃，在皇宫中等着朱棣到来，到时朱棣不杀他会得到什么样的结果呢?朱棣死后，被文官和百姓所拥戴的朱允炆，很可能会推翻朱高炽，朱瞻基的统治。为了不给子孙留下隐患，这样的朱允炆也一定是留不得的。朱棣不会对朱允炆念及亲情，他会尽早除去自己的侄子。
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