顺治帝是豪格和多尔衮两大势力妥协的产物，而且顺治帝坐上皇位之后不过是傀儡而已，一切都要听多尔衮这个摄政王的。
多尔衮惧怕后宫干政，因为相比于自己这个摄政王，孝庄太后似乎具备干政的天然法统，所以他人为隔绝了孝庄和顺治帝，让他们无法经常见面，这在一定程度上造成了母子情感上的疏离。
但顺治帝也是一个不甘心被摆布的少年天子，孝庄太后为了保住儿子的位置，也只能两头妥协，尽力维持二者之间的关系，甚至有种说法说孝庄太后下嫁多尔衮。由此我们可以猜测，即便孝庄太后没有下嫁多尔衮，但为了保住顺治帝的位置，她也一定做过一些貌似暧昧的事情。而这种态度自然会让正处在叛逆期的顺治帝十分不满。
而且，孝庄太后和顺治帝之间还有三观层面的冲突。孝庄太后倾慕满蒙文化，对于习学汉文化的宗室子弟，她都本能地讨厌。而顺治帝又恰好是一个对汉文化十分倾慕的满洲皇帝，所以两人之间会经常爆发激烈冲突。
也正因为如此，加之孝庄太后本人也是蒙古人，所以她似乎更希望顺治帝能够效仿太祖太宗，通过联姻去巩固满蒙联盟。于是，孝庄太后做主，连续两次将蒙古科尔沁部博尔济吉特氏的女人塞给顺治帝做皇后。
而顺治帝似乎与孝庄太后介绍的女人总是过不到一起去，第一任皇后被他废黜并打入冷宫，第二任皇后入宫后不久，顺治帝就开始独宠董鄂妃，甚至差点再次废掉皇后。
从亲子关系的角度看来，顺治帝小时候对孝庄太后缺少依恋，支撑亲密关系的依恋感未能形成。而在顺治帝成年后，孝庄对顺治帝的干涉又太多，这当然会迫使顺治帝利用一些事情反抗来自母亲的干涉。
而孝庄太后最开始对康熙帝其实并不是特别看重。我们都知道康熙帝小时候得过天花。《康熙王朝》为了演绎这段祖孙情，虚构了孝庄不惧传染，日夜陪伴小康熙帝的情节。但实际上根本不是这样，孝庄根本没有陪伴，而是下令把他扔到一个寺庙里去避痘，说是避痘，其实就是变相等死。陪伴着康熙帝的，只有孝庄的婢女苏麻喇姑。
但后来在机缘巧合下，康熙帝在传教士汤若望的极力推荐下，登上了皇位，孝庄才逐渐对康熙帝产生了感情。 而孝庄对康熙帝的教育，更侧重于引导和从旁帮助，而非直接干涉，所以祖孙之间的感情也随着时间的推移更加深厚。
更重要的是，孝庄太后对康熙帝是绝对有再造之功的。首先，康熙帝能登上皇位，没有孝庄拍板，是很难想象的;其次，孝庄帮助康熙帝度过了少年时期的种种艰难。擒鳌拜、平三藩，这些事情看起来都是康熙帝的雄才大略，但背后若没有孝庄在扶持和帮助，康熙帝是很难度过这些艰难的。
可以说，没有孝庄的大力扶持，就没有日后大权独揽的千古一帝康熙。康熙帝很清楚这一点，所以他对孝庄的感情不仅仅是祖孙情这么简单，更兼有感激的情绪在里面。
孝庄去世时，康熙帝悲痛欲绝。他饱含深情地说：
忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成。
但孝庄从对待儿子的强烈干涉，到对待孙子的甘心扶持，她的转变到底到底从何而来呢?有时候，隔辈亲这话其实还真是有一定道理。我们总会看到一些父母和子女之间的关系，就像火药桶，一点就着，甚至冷若冰霜，从不交流。可一旦这些父母当了爷爷奶奶姥姥姥爷以后呢，那对孙子孙女又是那么地宠溺和宽容，简直是判若两人。
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