努尔哈赤统一了女真各部，将松散的部落团结成为一个整体政权，在这个过程中一定会有触及他人利益之处，因此流血事件也是必然会发生的。
努尔哈赤要求建州内部权力高度集中在自己手中，这就与建州女真原始氏族社会军事民主的传统发生了矛盾。努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐，儿子褚英、代善……一个一个走上前台，充当了一场又一场家庭悲剧和政治阴谋的主角。
努尔哈赤的非凡，在于他淡化了亲人，表现出了“非人”。
胞弟囚死
努尔哈赤的第一个对手，是他的同母弟舒尔哈齐。
舒尔哈齐比努尔哈赤小四岁。两兄弟相依为命，共同，或者说是努尔哈赤拉着舒尔哈齐的小手，度过了苦难的童年。努尔哈赤起兵后，二十岁的舒尔哈齐始终是他得力的助手和冲锋陷阵的勇将。史载他“自幼随征，无处不到”。
舒尔哈齐身高体胖，白白净净，四方大脸，给人一种自然的亲和感。努尔哈赤则体态魁伟，无一丝赘肉，长脸铁面，不怒而威，使人常生敬畏之情。
两兄弟外貌、气质多有不同，但却同样勇敢，善战，坚韧不拔，特别是有着相同的雄心大志。
这一点，朝鲜使臣看出了端倪。他们在费阿拉城见到舒尔哈齐家大门上贴的残联，上联剩“远迹青山”，下联剩“身居绿林”。
舒尔哈齐在其兄努尔哈赤治下要“身居绿林”，这意味着什么呢?
事实上，舒尔哈齐的权势和地位已极为显赫。
努尔哈赤统一建州后，在费阿拉城“暗自称王”，舒尔哈齐作为努尔哈赤的佐贰，称“船将”。
对外，他与努尔哈赤并为建州女真“头目”。明朝官书称“都督努尔哈赤”、“都督舒尔哈齐”。朝鲜人称“老乙可赤(努尔哈赤)”、“小乙可赤(舒尔哈齐)”，或“奴酋”、“小酋”。
舒尔哈齐与努尔哈赤居室的规模陈设几乎相同，服色饰物一如其兄——都是貂皮帽、貂皮巾、金腰带、貂皮缘饰的五彩龙纹衣，接见、宴赏外人的礼仪也完全相同，唯一的区别是“老乙可赤(努尔哈赤)屠牛设宴”，“小乙可赤(舒尔哈齐)屠猪设宴”。
史载，聪睿恭敬汗之弟舒尔哈齐系唯一同母弟，故凡国人、贤良僚友、敕书、奴仆，以及诸物皆同享之。
万历二十三年，舒尔哈齐第一次代表建州女真赴京朝贡。其时他麾下有精兵五千、能臣宿将四十，他本人因战功卓著、颇得众心，势力已经可与努尔哈赤相抗衡。
舒尔哈齐的锋芒外露，发展到为努尔哈赤不能容忍的程度，藉端冷落、有意贬低舒尔哈齐的事情开始发生，舒尔哈齐家“凡百器不及其兄远矣”。
努尔哈赤的猜忌和无端削夺，刺伤了舒尔哈齐对兄长的亲情，也助长了他日益膨胀的权力欲。万历二十四年元旦，努尔哈赤设宴招待朝鲜使臣，舒尔哈齐当即提出他 “亦当接待”。如此，才有了“两都督府”的分别宴请。宴后，舒尔哈齐对朝鲜使臣正言道：
“日后你国遣使送礼，却不可高下我兄弟。”
万历二十七年，努尔哈赤讨伐哈达贝勒孟格布禄。舒尔哈齐率先锋二千先抵哈达城下，见哈达城上城下军容整肃，不免为城中有备、是否出击心生踌躇。
正在此时，努尔哈赤率大军赶到，见舒尔哈齐陈兵城下，一矢未发，顿时勃然大怒。从未对弟弟疾言厉色过的他，竟当众质问舒尔哈齐：“汝此来，难道是因为城中无备吗?!”并呵斥道：“汝兵向后，给我闪开!”
而后，亲自挥军攻城。六昼夜血战，哈达城被攻破。
努尔哈赤付出了惨重的代价。不仅是上千建州勇士，还有，还有永远失去的胞弟的心。
对弟弟舒尔哈齐的羞辱、贬斥，并非无端，也并非没有借题发挥之嫌。舒尔哈齐的感受最为真切。
后来，又发生了一件件雪上加霜的事。
万历三十三年(1605年)二月，舒尔哈齐之妻病故。由于明朝总兵李成梁的儿子李如柏纳舒尔哈齐之女为妾，李成梁与舒尔哈齐是儿女亲家，李成梁命守备佟某置办二十桌酒席，外带牲畜前往吊祭。
舒尔哈齐与李成梁的交往，本是努尔哈赤对明两面政策的组成部分，然而，在兄弟二人嫌隙日深的情况下，却成为对努尔哈赤潜在的威胁。况且努尔哈赤深知李成梁惯用“以夷制夷”的手段，他对舒尔哈齐的眷顾，是否说明他的离间术已经成功、舒尔哈齐之心已向明倾斜了呢?
万历三十四年十二月，舒尔哈齐第三次代表建州女真进京朝贡，明廷以“建州等卫夷人都督都指挥”的名义向他如例颁赏。或许正是那个时候，一个借明自立、分裂自立的危险念头开始在舒尔哈齐的脑海中出现。
万历三十五年，在接应东海女真瓦尔喀部蜚优城部众归附一役中，舒尔哈齐充任统兵主帅，同行将帅还有努尔哈赤长子褚英、次子代善，及大臣费英东等。
行军途中，舒尔哈齐突然借口大纛(军旗)发光，不是吉兆，提议班师回军，经努尔哈赤之子褚英、代善力争，队伍才得以继续前进。
到达乌竭岩，舒尔哈齐领五百人滞留山下，他的两名心腹骁将常书、纳齐布率百人逗留不前，只有褚英、代善率领不足乌拉四分之一的兵力，拼死奋战。
乌竭岩大战是努尔哈赤统一大业的关键性战役。
骁勇无敌的舒尔哈齐怎么了?
如果不是因为他与乌拉三次联姻——在一向以婚姻为政治手段的女真人首领(包括努尔哈赤本人在内)那里，以此构成退缩不战的原因基本没有可能，那么，他便是有意对抗!
努尔哈赤心如明镜。他一面以绝大讽刺赐给舒尔哈齐“达尔汉巴吐鲁”的勇号;一面以不为力战之罪，宣布将常书、纳齐布正法。
舒尔哈齐气急败坏，宣称：“诛二臣与杀我同!”
努尔哈赤眼中闪过不易觉察的轻蔑，改罚常书金百两、夺纳齐布所属部众人口，并以“临阵退缩，时有怨言”为由，自此“不遣舒尔哈齐将兵”。
这才是努尔哈赤要达到的真正目的：先将事情推到极致——要对方的命，而后在对方为保命不惜接受一切条件时，达到真正的目的。
军权被削，舒尔哈齐满腹牢骚怨气无从宣泄，从军国大政到人财小事，继续不断与努尔哈赤口角相争，甚至努尔哈赤命各部出役筑城，他却命属下不赴工，要自筑一城。
努尔哈赤不予理睬，仅冷冷抛给舒尔哈齐一句话：“弟所得家业及属人僚友，非我等之父所遗留之属人僚友，乃为兄所赐耳。”
一方喋喋不休，近乎无理取闹;一方不予理睬，尽管道理在手。
众人心中好恶的天平，日渐倾向努尔哈赤。
舒尔哈齐愈益憋闷哀怨，浩叹道：“此生有何可恋?不如一死!”
左不过是一死!借明势力以分裂自立的想法又涌上舒尔哈齐心头。他对三个儿子阿尔通阿、阿敏、札萨克图说明原委，道：“吾岂能为衣食所得而受制于人!”
长子阿尔通阿、三子札萨克图立即回应。他们在明朝军事重镇、铁岭东南八十里远的黑扯木伐木造房，拟为将来据点。因为黑扯木地近明朝边关，东接乌拉，北邻叶赫，不仅可得到明朝就近庇护，还可借助努尔哈赤之敌乌拉叶赫的声势，更可得到三次联姻的乌拉的援助。
兄弟束甲相争的可怕端倪。
正当舒尔哈齐秘密筹划分裂自立的关键时刻，努尔哈赤突然命他以建州首领的身份入京朝贡。
也许出于直觉，也许纯属偶然，努尔哈赤这一决定，无疑是调虎离山
舒尔哈齐尽管心中一百个不愿意，但无法推托，遂率领一百四十人的朝贡队伍，第四次进京。
这一次，明朝以他为建州右卫的代表。
建州右卫首领的头衔已经久违，此次再现，是明朝欲扶植舒尔哈齐、削弱努尔哈赤势力的明白暗示。这恰与舒尔哈齐欲在黑扯木自立的想法不谋而合。
万历三十七年初，舒尔哈齐回到建州。他有恃无恐，与三子密谋投靠明朝、叶赫，随即移居黑扯木。
二月，努尔哈赤得知消息，怒责舒尔哈齐，劝其归来。
舒尔哈齐不听。
三月十三日，努尔哈赤断然剥夺了舒尔哈齐全部家产，杀死舒尔哈齐两个儿子阿尔通阿和札萨克图，将与此事有关的舒尔哈齐部将武尔坤，吊在树上活活烧死。而后，仍余怒未息，欲加刃于舒尔哈齐二子、四大贝勒之一的阿敏。代善、皇太极等诸兄弟极力谏止，阿敏方免于一死，但也受到被剥夺所属人口之半的惩戒。
建州女真血溅萧墙，明朝边军置若罔闻。
或许是惮惧努尔哈赤的精兵，或许是静观龙虎之斗、欲得鹬蚌相争之利，总之，明朝边军没有像舒尔哈齐所希望的那样出手干涉。
舒尔哈齐只有归来，请安谢罪道：“兄汗优养恩深，弟却妄想赴别处居住，实乃大谬大错了。”
努尔哈赤并不多言，大度赐还没收的舒尔哈齐全部家产。
在他人眼中，努尔哈赤是顾念手足之情。
在舒尔哈齐看来，努尔哈赤是故作姿态。
他不感恩。他认为自己没有理由感恩，反而应该牢记哥哥对待亲弟弟的刻薄寡恩!
努尔哈赤何尝感觉不到这些?
舒尔哈齐完了。他永远不再是弟弟，而是敌人，一个无用、有害，又再无必要与之周旋的敌人。
努尔哈赤佯称新宅落成，邀舒尔哈齐赴宴，将其幽禁。又以舒尔哈齐之命召来他的两名心腹骁将常书、纳齐布，在二人步入房门之时，使潜伏甲士拦腰斩杀之。
舒尔哈齐铁索锒铛，被囚禁在暗无天日的禁所，囚室门窗皆被砖石密封，仅留“通饮食、出便溺”两个洞口，生不如死。两年后，亦即万历三十九年(1611年)八月十九日，舒尔哈齐忧愤而亡，时年四十八岁。
努尔哈赤大权在握，于明万历四十四年元旦，顺利登上了后金天命汗的宝座。
五十八岁的努尔哈赤，以吞吐天地的雄才大略，横扫千军的赫赫战功，统一女真的光辉业绩，赢得了此时的殊荣。而他光辉灿烂的宝座，染有其胞弟——舒尔哈齐的血。
舒尔哈齐死于女真上层权力与汗位的争夺。关于他的死，有各种不同猜测。除一些猜测认为他是被努尔哈赤囚禁、“忧愤而死”外，更多的猜测则认为他是被努尔哈赤杀死的。
清朝官书隐去了努尔哈赤囚禁舒尔哈齐的情节，含糊记载道：
弟贝勒自责曰：“多蒙兄汗赡养，曾欲别往以居，洵属狂妄，实乃我之过也。” 于是翻然归来。聪睿恭敬汗遂以籍没之国人、僚友于当年悉数归还弟贝勒。后弟贝勒仍不满其兄聪睿恭敬汗之待遇，不屑天赐之安乐生活，遂于辛亥年八月十九日卒。
舒尔哈齐之死，是后金国初四大疑案的第一个疑案。同许多宫廷疑案一样，舒尔哈齐的死，成了永久的谜。
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