慈禧下葬后不久，在民国年间就发生了一起盗墓案件，慈禧墓穴中的贵重物品被悉数盗走，甚至慈禧的尸身也曝尸在外，十分凄惨。
慈禧死后20年，即1928年7月4日至10日，军阀孙殿英盗掘了乾隆帝的裕陵和慈禧陵。而关于慈禧的地宫的故事和慈禧被被盗也一直在坊间流传，鬼气森森……
当时，军阀孙殿英以军事演习为名封锁了马兰峪，并令工兵营用火药炸开清慈禧太后之墓，将其中珍宝洗劫一空，毁棺抛尸。慈禧遗体被抛出棺外，嘴里的宝珠被抠走，上衣也被扒光了，下体仅剩一条内裤。
据流传，刚炸开墓室时，士兵们发现叶赫那拉氏的尸体栩栩如生，遂惧之，一个曾经的仵工(以收拾尸体为营生的人)愤而曰：“我，活人也，奈何惧一死妇”，当众淫那拉氏之尸。
这个荒诞不经的传说，甚至在一些相对严肃的书籍上也有记载。比如民国时期的《时事白话》中说：“尸体和绣袍见风就化，顿时慈禧的面孔萎缩成骷髅状态，那个意欲玩弄尸体的士兵就意兴阑珊，停止行动了。”
其实最可靠的，还是孙殿英旧部的供词，其中并未提到玩弄尸体的事，只是说当时为了将慈禧口中所含的夜明珠拿出来，便用刺刀将其颈部切开。为获取垫棺材底的珍宝，匪兵把慈禧遗体抬出棺外，放在椁盖上。尸体就这样晾了将近五十天，据后来收尸者说，重新入殓时，慈禧尸体已经腐烂，脸上和全身长了一寸多长的白毛。
盗案发生后，溥仪派载泽、耆龄、宝熙等人到东陵进行了重新安葬。
载泽等人见内棺尚完好，可以继续使用，于是命旗妇用一块黄绸子将慈禧遗体盖上，将一件黄缎褥铺在遗体一侧，然后慢慢翻转尸身，正好将遗体仰卧到黄缎褥上。只见慈禧面色灰白，两眼深陷无珠，颧骨高隆，嘴唇有伤痕。
众人帮扶着，用如意板将慈禧遗体抬入棺内。如意板未撤出。遗体上盖上一件黄缎被，把从地宫里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黄绸子包好，放在被上。载泽又将当年得到的慈禧遗物——一件黄缎袍、一件坎肩盖在被上，盖上棺盖，用漆封上棺口，重殓完毕。
1979年2月17日，清东陵文物保管所对慈禧地宫进行了清理。因为要赶在五一节开放慈禧地宫和慈安陵地面建筑，保管所领导决定将慈禧内棺留到旅游淡季再清理。
1983年12月初，旅游已进入淡季。保管所领导决定清理慈禧内棺。12月6日，包清理小组打开棺盖后，看到一件黄缎大被把棺内盖得严严实实，被上盖着两件衣服。
载泽等人重殓时的原状，55年来一直没人动过。保管所领导当即决定立即盖上棺盖，封闭地宫，迅速向上级汇报。1984年1月4日，国家文物局派来了几名专家，与清东陵文物保管所组成了一个清理慈禧内棺10人小组，负责清理慈禧遗体和棺内遗物。
第二天，清理小组依次揭取了被上的两件衣服，发现了包着慈禧指甲和牙齿的小黄包。当将黄缎被卷走后，慈禧的遗骸呈现在眼前，脸部及上身用黄绸包裹着，下身穿着裤子，裤子上绣满了“寿”字，一只脚上穿着袜子。
遗体仰身直卧着，头微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂于身体左侧，两眼深陷成洞，腰间扎着一条丝带。
遗体是完整一体，全长153厘米。清理小组用她身底下的如意板将遗体从棺中抬出，放在地宫的地面上。在棺内喷洒了防腐消毒药液后，又将慈禧的遗体抬入棺内。这是她死后第三次被抬入这口棺中。
然后将被、小黄包及两件衣服完全按原次序、原位置放回。一切都恢复了原状后，又往棺内喷洒了一遍药液，盖上棺盖，封好棺盖口，木工们将残破的外椁修好后，套在了棺外。
如今，慈禧的遗体仍完整地躺在棺内，保留着1928年重殓时的状态。
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