朱标一共有过两位后妃，第一位是常遇春的长女常美荣，她是在洪武四年时，被朱元璋亲自下诏册封为朱标的太子妃，当时朱标16岁，常美荣17岁。三年后，常美容替朱标生下皇长子朱雄英和皇三子朱允熥。但可惜的是，常美容在生朱允熥时，就因为难产而去世。至于皇长子朱雄英，在洪武十五年时也因病去世。在常美容去世后，朱标又立太常寺卿吕本的女儿吕氏为太子妃，她为朱标生下建文帝朱允炆、衡王朱允熞、徐王朱允熙三个儿子。另外，朱标还有三个女儿，分别是江都郡主、宜伦郡主和宜伦郡主，只不过这三个女儿的母亲是谁，就不得而知。当时，在靖难战役爆发时，朱标共留下一个妻子、四个儿子和三个女儿。首先，我们来看看朱标妻子吕氏，她在朱棣攻下南京金川门后，被朱棣请到自己军营中，当时朱棣还特意向她讲述了自己不得不起兵的原因。当然，这不过是做做样子给明朝的臣子百姓看。
后来，吕氏在回去皇宫的路上，宫中突然起大火，建文帝朱允炆不知所终，吕氏之后就跟三儿子朱允熙一起居住在懿文陵。永乐元年，朱棣下诏废掉吕氏的太后之位，改称她为懿文太子妃，其后事迹不详，大概死于永乐十年。至于朱标的二儿子朱允炆，也就是建文帝，他在朱棣破城之日时便失去踪影，从此下落不明。有人说朱允炆在皇宫起火时，趁机从地道里出逃，然后逃到南洋;也有人说他从皇宫逃出来后来出家为僧;还有人说他已经在那场大火中去世。但不管怎么说，朱允炆的下落，已成为历史上的一大悬案。朱标的三儿子朱允熥，最初被建文帝封为吴王，但是他还没来得及就藩，靖难之役就爆发。等到朱棣攻入南京城后，就下诏将他由吴王将为降封为了广泽郡王。但仅仅不到一个月，朱棣又将自己的这位侄子召回了明王朝的都城，然后将其贬为庶人，并软禁在凤阳，十五年后暴毙身亡，享年39岁。
朱标的四儿子朱允熞，和朱允熥的经历类似，最初也是被建文帝封为衡王，结果也是没来得及就藩，后来被朱棣将为怀恩郡王，居江西建昌。再后来，也是不到一个月，就被朱棣莫名其妙的召回都城，紧接着便被为了庶子，和三哥一起被紧固在凤阳，十五年后暴毙身亡。朱标的第五个儿子朱允熙，最初他被建文帝封位徐王，后来朱棣攻入南京后，将其下降为敷惠郡王，并和母亲吕氏一起居住在朱标的陵墓，为朱标看守陵墓。两年后，朱棣又将其改封为瓯宁王，并下诏将其作为“不遣之国”世奉太子朱标祀。如果只是这样，朱允熙的日子过得也算是安详，毕竟好歹是个王，还有自己的封地。但可惜的是，天有不测风云，两年后他的府邸突然发生了一场大火，朱允熙也因这场大火而失去生命，享年16岁。另外还有一件事不得不提，那就是建文帝也有两个儿子，分别是和简太子朱文奎和润怀王朱文圭。
朱文奎在南京那场大火中和朱允炆一同不知所踪，朱文圭则在靖难之役后被囚禁在凤阳，那一年他只有两岁。等到明英宗夺门之变复辟后，他对朱文圭心生同情之心，于是下令放他出去，并为他张罗婚姻大事。此时，朱文奎已经被囚禁近50多年，放出来后什么也不懂，连牛马之类的都不懂得分辩，所以不久后就逝世。至于朱标的三个女儿，除了长女江都郡主是在永乐初年，因为丈夫被朱棣处死而忧愤病逝外，其他两位分别在永乐十五年和永乐十年去世，死因均不详。
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