各自建立功业，都取得了较高的政治地位。天下形势的变化让诸葛亮、诸葛瑾、诸葛诞全部走上对抗司马氏的道路，而司马氏成为最后赢家，建立晋朝，统一三国。那么，司马家族会怎样对待诸葛家族呢?
按一般历史规律，司马家族和诸葛家族是水火不容的敌人，诸葛家族在晋朝不会好过。实际上，诸葛家族在晋朝混的并不差，用飞黄腾达来形容也不为过。造成这种结果的原因是，诸葛家族和司马家族打来打去不假，然而是亲戚也不假。晋武帝司马炎有一个妃子叫诸葛婉，诸葛婉是三国时期不反抗司马氏的曹魏名将诸葛绪的孙女。晋武帝的叔叔琅琊王司马伷的妃子也是诸葛家族的人，她的父亲正是反抗司马氏的曹魏名将诸葛诞，而司马伷的孙子司马睿则是东晋建立者、大名鼎鼎的晋元帝。于是乎，诸葛家族和西晋皇室、东晋皇室都沾亲带故，政治地位一点也不低。所以，诸葛家族和司马家族尽管在三国时期打个不停，但并不耽误两家政治联姻，这也是魏晋时期贵圈的潜规则。
西晋时期，最活跃的诸葛家族成员是诸葛铨、诸葛玫兄弟，两人是诸葛夫人的兄弟。诸葛玫支持清河王司马覃继承皇位，反对东海王司马越拥立晋怀帝，最后被司马越杀害。诸葛铨则在政治上支持司马越，最后在护送司马越灵柩返回封地的途中遭到石勒的袭击，被石勒的军队杀害，也不得善终。
东晋早期，最活跃的诸葛家族成员是诸葛恢， 他是诸葛诞的孙子，诸葛靓的儿子。诸葛诞兵败被杀后，诸葛靓逃亡吴国避难，吴国灭亡后，诸葛靓又躲在姐姐家里，也就是姐夫琅琊王司马伷的府中。晋武帝和诸葛靓是老朋友，长期打听诸葛靓的下落无果后，猜到诸葛靓会找自己的姐姐帮忙，藏身琅琊王府，于是亲自上门拜访，逼诸葛靓见自己，还授予官职，但诸葛靓不为所动，坚持返回家乡，不再参与政治。
诸葛靓对政治十分冷淡，诸葛恢正好相反。诸葛恢弱冠出名，才华出众，很有声望，在西晋末年避难江东，进入还是琅琊王的司马睿的圈子，和王导是无话不谈的好朋友，和名士荀闿、蔡谟一起被誉为“中兴三明”。诸葛恢历经晋元帝、晋明帝、晋成帝、晋康帝、晋穆帝五朝，他为晋元帝出谋划策稳定江东，后帮助晋明帝平定王敦之乱，又以顾命大臣的身份辅佐晋康帝，政绩卓著，为东晋立下大功，也让诸葛家族恢复了昔日的权势。
东晋晚期，最活跃的诸葛家族成员是诸葛长民。诸葛长民的世系不详，桓玄篡位时，他和刘裕等起兵平定桓玄之乱，恢复晋安帝的皇位。起初，诸葛长民和刘裕关系融洽，互相信任，以至于刘裕离京征战时，让诸葛长民留守京师。后来，诸葛长民和刘裕互生猜忌，密谋发动政变，被刘裕识破，刘裕先发制人，设计杀死了诸葛长民。
纵观诸葛家族成员在整个晋朝的活动，我们看不到司马氏对诸葛氏的压制，反而是对诸葛氏的包容。毕竟，司马家族和诸葛家族是亲戚，关系好的很呢!
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