1873年日本使者副岛种臣和柳原前光来到中国，他们本是来换取3年前与清政府签订的《天津修好条约》和《通商章程》文件的。但到达北京后，副岛种臣前往礼部商讨觐见同治皇帝的礼节，而副使柳原前光则前往总理衙门，拜见了办事大臣毛昶熙和董恂。他分别与两位大臣谈起了不久前发生的台湾土著杀死琉球人的事件。毛、董二人在谈话中无意流露出“杀人者皆属‘生番’，系化外之民”的意思，结果被日本人抓住了话柄，强词夺理地说这些“化外之民”不归中国政府治理，进而表示否认台湾是中国的领土，为“代表”琉球出兵台湾找借口。
就在清政府对日本的侵略意图疏于防范的时候，日本人的侵略行动已经开始了。日本先派海军将领桦山资纪和水野遵到台湾秘密考察，后以陆军中将西乡从道、大藏卿大隈重信为侵台军政长官，出兵台湾。此时的日本毕竟还是羽翼未丰，因此向美国寻求帮助。而刚刚从南北战争的硝烟中走出来的美国也正伺机向外发展。与日本一拍即合的美国，派遣驻厦门兼台湾领事李仙得等人为顾问，租借美国邮船“纽约号”，随同日军出兵台湾。
不料，英国驻华公使威妥玛得知了此事。他担心美国卷入中日冲突会打破力量平衡，破坏英国在远东的利益，因此向美日两国政府提出了抗议。迫于英国的压力，美国只得宣告中立。但日本政府仍派兵3000人，伙同美国顾问于1874年四五月间在台湾琅峤登陆。
此时，清政府从威妥玛口中得知了日本侵略台湾的消息，但仍未对台湾局势引起足够的重视，而是将注意力放在了“以夷制夷”上，寄希望于外国干涉。由于清政府的消极防御政策，日军在琅峤登陆得逞，15天后进攻了牡丹社，杀死台湾同胞30余人，并将社内房屋全部焚毁。李鸿章在相继得到英、德、美等国的报告后，才确信日本已出乎他的意料进犯台湾，遂大骂日本人背信弃义。但由于此时西北有浩罕国(今属乌兹别克斯坦)军官阿古柏侵略新疆，沙俄又乘机出兵占领伊犁，清政府无法集中精力处理日军侵台之事。因此，李鸿章决定使用和平手段处理台湾事件。不过，与以往历次与西方列强屈膝妥协的屈辱外交不同，这次使用了以武力为后盾的实力外交手腕。
《北京专条》给琉球亡国埋下祸根
1874年5月，清廷命船政大臣沈葆桢以巡阅为名，率兵到达台湾，企图在悄无声息间解决问题。随后，清政府又派福建布政使潘协同沈葆桢处理台湾事务。沈、潘二人到达台湾后，在军事上展开了部署。此时，在台清军共有一万余人，但由于李鸿章一味力图不战而屈人之兵，不但使清军丧失了战略主动，而且使得日军得寸进尺，攻破了18个番社。早已到达上海的日本驻华公使柳原前光为了等待前方消息，以日本政府的台湾问题全权大臣是在台湾的西乡从道为理由，拒绝与清政府谈判。
其实，在台驻军良久的日军，因水土不服，经常遭受高山族同胞的突袭，伤亡已达全军的1/3。但西乡从道仍不示弱，一再宣称还要派大部队来；而李鸿章也丝毫没有退缩，宣布打算增兵两万，迫使日本不得不转向与清政府进行谈判。
9月1日，日本内务卿大久保利通来到中国。大久保利通向英国驻华公使威妥玛和美国驻华公使忻敏求助。在他们的调停下，清政府答应给日本抚恤银10万两，在台建筑费40万两，先付10万，其余40万在12月20日日本退兵后支付。10月31日，中日双方签订了《北京专条》3条，在英国的支持下，日本敲诈清廷的阴谋得逞。但李鸿章为清政府与日本签订的《北京专条》却埋下了一个隐患，那就是，承认了日本为被杀的琉球人出兵的合理性，这就等于隐约承认了琉球是属于日本的，将琉球这个一直依仗中国扶持的小国推到了日本的魔爪之下!另一个害处则是使得西方列强更加蔑视中国，将洋务运动在列强心目中建立的自强形象损失殆尽。最大的受害者则是琉球。
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