朱载垕总体来说是个好皇帝，继位后致力于革除弊政，还是做了不少贡献的。
朱载垕从小性情贞静、仁义，很少张狂。嘉靖三十二年(1553年)，刚满16岁的朱载垕就出居裕王邸，开始了独立生活。在裕王邸13年的生活，使他能够较多地接触到社会生活的方方面面，了解到明王朝的各种矛盾和危机，特别是严嵩专政、朝纲颓废、官吏腐败、“南倭北虏”之患、民不聊生之苦。这些内忧外患使他更加关心朝局，对他登基后处理政务有着较大的影响。嘉靖四十五年(1566年)朱厚熜去世后，朱载垕登基继承皇位。即位后，朱载垕倚靠高拱、陈以勤、张居正等大臣的鼎力相助，一改朱厚熜时期的做法，实行革弊施新的政策，使朝政为之一振。
革弊，即平反冤狱，宣布自正德十六年(1521年)以后至嘉靖四十五年(1566年)十二月以前，因谏言而获罪的诸臣“存者召用，没者恤录”。冒死上书的海瑞，这时始获释出狱，恢复官职。同时严惩方士，并罢除一切斋醮，撤西苑内大高玄殿、国明等阁、玉熙等宫及诸亭台斋醮所立匾额，停止因斋醮而开征的加派及部分织造、采买。
施新，即“正士习、纠官邪、安民生、足国用”。所谓“正士习、纠官邪”，就是整治吏治，加强对官吏的考察，即使一般不予考察的王府官员也在考察之列。对于廉政官员给予奖赏和提拔，对于贪官罢免官职，对于“赃多迹著者部院列其罪状，奏闻处治”。与此同时，又蠲免救济，减少了百姓灾后的痛苦，抑制土地兼并，一方面限田地，制定了勋戚宗室依世次递减制度，另一方面清田地，清查诡寄、花分钱粮和皇室勋戚田庄。
革弊施新取得了比较大的实效，使得朱载垕时期乃至其后十年成了明王朝回光反照的时期。这一时期社会比较稳定，经济也有了重大的改观。可以说，朱载垕在使明王朝向最后一个繁荣时期发展的过程中，起了重要的过渡作用。当然，这一切并不完全都是他的功劳，更多的是大臣们努力的结果。当时的明王朝可以说是人才济济，文有徐阶、张居正、高拱，武有谭纶、戚继光、李成梁，而朱载垕也颇有齐桓公的风范，对大臣礼遇谦让，用人不疑，放手让他的臣子去发挥才能，给了他们发展的空间。
稳定边防从历史的发展来看，朱载垕统治期间也并非太平无事，因为他的父亲明世宗朱厚熜留给他的是一个不安的边疆和海域，但他能够采取多种形式，不断加强和巩固边事海防，创造了一个相对说来比较和平安定的环境，这是前朝所没有的，也成为他当政时期比较突出的一点。
明人绘《胡人出猎图》明人绘《友松图卷》北部边防：朱载垕在位期间发生了“庚戌之变”，这是蒙古的又一次较大规模的入侵。蒙古骑兵从山西方向，土蛮部队从卢龙、滦河方向进逼北京，朱载垕急调边兵放弃防地，入卫京师。不过蒙古人并没有进攻北京，只是大肆掳掠了一番而归。此次事件着实吓了朱载垕一跳，从此使他更加关心北部边境防务，注意加强军队的训练，巩固边防。
后来，朱载垕采纳了内阁大学士高拱、张居正的建议，与蒙古俺答汗议和，封他为顺义王。他又调戚继光、王崇古、谭纶加强长城沿线防御，同时开展互市贸易，互通有无，缓解与北方蒙古族的矛盾，使北方汉、蒙人民有了安定的生活环境，从而加强了汉蒙两族人民的团结。北部边境出现了历史上少有的和平安宁景象，自此以后再也没有爆发蒙古族大规模入侵的事件。另外，朱载垕又升任李成梁为辽东总兵，大修战备，积极防御东北边患。此时张居正在朝，戚继光在边，为巩固明朝的边防做了很多努力取得了显著的防卫效果。
东南海防：由于明世宗朱厚熜时期一直厉行海禁政策，导致当时东南沿海地区的倭寇活动越来越猖獗。尽管有俞大猷、戚继光等人进行过很多次的抗倭斗争，但是倭寇问题并没有真正从根本上解决。朱载垕即位后，大开关禁，采取恤商与开关政策，减轻商人的负担，打破了明朝历史上禁止百姓私自下海的命令，使明朝对外政策发生重大变化，海外贸易也出现了新局面，也使倭寇活动逐渐趋于消亡。
好色的明穆宗朱载垕即位后，首先宣告天下，将废除朱厚熜时期的所有弊政，一时间朝廷内外都希望新君能有所作为。但是，革弊施新取得实效没多久，他便宠信太监膝祥等人，开始挥霍无度，纵情声色，荒废朝政。
在勤政方面，朱载垕的确是比较懒散的，即位后不久，很快就将权力交给了以高拱为首的内阁，以后只召见过两次阁臣，而他自己有了空闲就在后宫享乐，广修宫苑，犬马歌舞。这不能不说是他人生的一大污点。
据说，朱载垕特别的好色，整天在后宫里忙来忙去，被人比做后宫中辛勤的小蜜蜂。他曾服用大量的春药，每天要数名美女陪伴。他在宫中的用品，小到茶杯，大到龙床，全部都有男欢女爱的雕刻和彩绘。对此，朱载垕的很多大臣都曾上书进谏，竭力劝阻，但他总是很温和地说，国事有先生我就放心了，家事就不劳先生费心了。
明穆宗谥册朱载垕贪于女色，最后也是死于女色。由于纵欲过度，加上长期服食春药，他的身体没几年就每况日下，难以支撑了。隆庆六年(1572年)闰三月，宫中传出了朱载垕病危的消息。在休养了两个月之后，他又上朝视事，却又突然头晕目眩，支持不住而回宫。他自知病情不轻，急召高拱、张居正及高仪三人接受顾命，吩咐由太子继位，后病逝于乾清宫。就这样，被女色掏空了身体的朱载垕，匆匆走完了六年的帝王生涯，把大明江山留给了年仅九岁的皇四子朱翊钧，终年只有三十六岁，后被谥为庄宗，庙号穆宗，葬于北京昌平昭陵。
朱载垕死后，后人给予了比较高的评价。《明史》中说，朱载垕“宽恕有余，而刚明不足”。也有人把朱载垕视为明朝“除太祖、成祖、宣宗、孝宗外，仅有的可圈可点的皇帝”，并认为，如果他不纵情声色，多活二十年，明朝一定可以恢复到仁宣之治的旧观，当然这只能是一种假设了。
总评
他的一生，基本上没有什么值得大书特书的事情。他唯一的爱好就是女人，他最大的优点就是他的无能。万历二年(1574)，张居正主持修纂《穆宗实录》，对刚刚过世的穆宗有极高的评价：“上(穆宗)即位，承之以宽厚，躬修玄默，不降阶序而运天下，务在属任大臣，引大体，不烦苛，无为自化，好静自正，故六年之间，海内翕然，称太平天子云。”相比较而言，穆宗的性格确实是正德以后历代皇帝中最谦和的。在他之前，是终日沉迷于道教而略有些变态的嘉靖皇帝;在他之后，是一个在偏激、厌世及对官僚政治的轻蔑中度过30年岁月的万历皇帝。所以，只有明静、宽仁的隆庆帝，才让大臣们有足够的空间来施展抱负。隆庆一朝，只有六年。但是，其间人才辈出，徐阶、张居正、高拱，都是人中豪杰。在他们的主持下，隆庆一朝倒真是一个太平盛世。《明史》对穆宗的评价也不错，说他“端拱寡营，躬行俭约”，每年光吃的一项省下来就达到几万两银子。不过，穆宗是一个“宽恕有余而刚明不足”的人，所以，在他统治期间，内阁之间的权力斗争加剧。其中，徐阶与高拱的斗争从隆庆元年(1567)就已经开始。
明穆宗昭陵
史书评价
《明穆宗实录》
“上即位，承之以宽厚，躬修玄默，不降阶序而运天下，务在属任大臣，引大体，不烦苛，无为自化，好静自正，故六年之间，海内翕然，称太平天子云。”
《明史》
“穆宗在位六载，端拱寡营，躬行俭约，尚食岁省巨万。许俺答封贡，减赋息民，边陲宁谧。继体守文，可称令主矣。第柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃乾纲，矫除积习，盖亦宽恕有余，而刚明不足者欤!”
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