明朝初年，当时全国的人口数量曾经有过一个非常大的增长。但奇怪的是，之后的一段时期，其人口总数却陷于停滞，直到永乐年间才又有了大幅增长，之后又开始减少，“至天顺间为最衰”。这一现象长期以来一直使人们感到困惑。
在历史上，洪武初年全国究竟有多少户口数，从来没有一个确切的说法。其原因在于明王朝草创之际，当时北方和西南地区的统一战争正在进行，因此朱元璋没有办法对全国的土地和户口进行统计，所以直到洪武十四年，《洪武实录》中才第一次出现了全国有一千零六十五万户的统计数字，而历来史家对此数字都持审慎的态度。
不过，在后人留下的史籍中，还是有一些关于当时户口的记载。如《农田余话》一书记载，洪武初全国户口为一百六十一万余，与宋朝熙宁年间相比，只及它的十分之一。如果这一史料是真实可靠的，那么，明初户口也只有元代的12%，从洪武初年到十四年，人口净增长了九百零四万户，上升率达到了661%，这样的增长率显然不是人口自然增长所能产生的。
对此，有学者指出，《农田余话》的资料只是一条孤证。而从现存的一些统计数字看，当时明王朝控制的户口数，已经远远超过了这一数字，如洪武四年，浙江行省的户数便已经达到了一百六十一万户。事实上，《农田余话》作者认为的天下户口数，很可能只是朱元璋政权建立初期以应天府为中心的江淮一带的户口数，而朱元璋正是以这一地区为根据地扩展到全国的，这一数字并不能代表洪武初年全国的户口数。
不过，无论如何，从洪武初年到十四年，全国人口确实有了很大的增长。关于户口增长的原出，一般人都认为是当时的明朝政府施行与民休息的政策，积极鼓励人民恢复和发展生产，解放劳动力的结果。但是也有人更加强调国家对户口的控制。他们认为封建国家的户口是直接与赋役剥削联系在一起的，因此统治者总是力图控制更多的人口，以榨取更多的财富，明王朝当然也是如此。因此，早在洪武初年，朱元璋就命令地方官府努力将那些脱籍的农民重新控制起来以增加户口。当时有很多原先因为农民逃亡一空而废置的县被重新设置起来，有些地方本来户口很少，可是通过招抚流亡，使得当地户口、赋税大增。所以，从明初到洪武十四年增长的人口中有很大一部分都是属于重新被控制的农民。
从洪武十四年到二十六年全国人口的变化情况也引起了人们的注意。有人认为，这一时期，明朝的户口基本上没有什么上升，有时或户或口反而出现了下降。而《明史》也有类似的记载：“太祖当兵燹(音xian)之后，户口顾极盛。其后承平日久，反不及焉。”这又是什么原因造成的呢?有人认为，这是因为在洪武时期发生了大量的农民起义，而参加农民起义的往往就是那些流民和逃亡者，明朝政府采取了种种措施对之进行镇压，其中包括屠杀、强迫迁徙和强迫从军等等，而那些幸存者又不得不到处流亡，这就必然使得当地户口减少。
还有人认为，这固然是一方面的原因，但更重要的原因应该是统计的疏漏。他们指出，明朝初年全国人口的调查大致可以分为三个阶段，第一阶段是洪武初年到十四年前;第二阶段是洪武十四年到二十六年;第三阶段是洪武二十六年到永乐元年。其中，洪武十四年的统计由于已经酝酿十多年的时间，那次统计整整进行了一年的时间，可以说统计得较为准确，反映了当时的实际情况。但是，洪武二十四和二十六年的户口数字则是第二次统计时得出的，当时事实上并没有进行认真的统计，只是在洪武十四年的基础上修修补补，因此其统计数字并不精确。
在明初人口史上，还有一个问题也存在争论，那就是明初户口存在南降北升的现象。根据相关的统计，从洪武十四年到洪武二十四年，当时南方除四川外，人口数量的下降幅度达到了12.83%，而北方人口却有了明显的增加，上升幅率达到了9.87%。类似这样的情况在以前王朝的历史上是很少出现的。那么到底是什么原因导致了这一现象的发生呢?有人认为，由于明朝初年，政府在江南地区奉行重税政策，所谓“江南赋役半天下”，在残酷的剥削下，南方的阶级矛盾相对尖锐，因此农民起义要比北方多得多，洪武年间总计在一百次左右，这就必然使其户口数量不断减少。而北方由于是元末农民战争的主战场，当地的地主阶级受到了沉重的打击，因此农民比较容易获得土地，流亡人口也相对少得多，其处境要比南方农民好些，所以反抗斗争的数量和规模都比南方少，表现在户口上也就是人口数量的不断上升。
也有人认为，当时户口的南降北升不可一概而论。事实上，在洪武年间，江南的许多地区如苏州府、常州府、松江府和杭州府等都出现了人口增加，官方户口统计中之所以出现南减北增的现象是由于南北经济发展的不平衡导致的。北方地广人稀，商品经济相对不发达，人口和土地关系比较密切，小农轻易不会离开自己的土地，因此国家容易对人口进行控制和统计，人口统计制度能够长期保持稳定。而南方则商品经济发达，土地兼并剧烈，使得大量的农民放弃土地，另谋他业，国家对户籍就相对难以控制，这就必然造成户口数量的减少。
关于明初户口问题的种种疑问，今天看来，确实是由多种原因造成的，我们至今还不能有一个确切的回答。
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