祁钰心里清楚上皇是有意庇护允贤才临时拟旨命于东洋于朝堂之上宣读，于是更加对允贤心生厌恶，将她禁足于万安宫。
南京水灾之后，发生瘟疫，疫情传入北京。京中疫情险急，祁钰在太监曹吉祥的挑唆下，想趁局势混乱借东厂之手除去为孙太后所用的五城兵马司白晋，没想到，被逼急的白晋不仅将京城大部分兵马带出了城，还将城门反锁，京中因疫症而死的尸体无法运出城门埋葬，疫情更加难以控制，城内哀鸿遍地，连内宫都能听到百姓哭丧的声音。
汪美麟提议祁钰及太后一干人等去内宫里太液池中的小岛上避难，于东洋劝祁钰身为国主此时应坐镇乾清宫，可祁钰却借故推脱。祁钰本欲去万安宫接允贤一同前往，可汪美麟催促他先走，并说她会派人去接允贤。允贤带着宫女绿香坐在汪美麟安排的前往小岛的船上，船行至水中央，船上的小太监竟欲将船凿沉，允贤虽以木板将太监打昏，但船已经进了水，摇摇欲坠，允贤和绿香也因此落水，险些溺水而亡，幸好被御药房的两名医女发现，以麻绳将她们救起。
允贤带同御药房的医女们出宫同太医院及惠民药局的人一起医治瘟疫，允贤发现这种瘟疫的症状很像瓦剌蒙医和她说过的黑死病，记起蒙医都是用大黄汤医治这种疫症，便打算采用此法治疗瘟疫，太医们起初质疑，但院判程村霞却同意并采纳了允贤的建议。允贤见一老伯喉咙被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去给老伯吸痰，就在这时，突然出现的上皇拉开允贤，用手指给老伯抠痰。原来，京城发生瘟疫之后，看守南宫的太监们都逃散了，上皇得以出了南宫，一来查看京城瘟疫，二来也希望能在医治瘟疫的医者中见到允贤。
上皇与允贤在城中为了治疗瘟疫而奔忙劳碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子们视作这次救治瘟疫的主心骨，允贤则因其妙手仁心被百姓奉为观音下凡。在太医院的男大夫和御药房的医女们的共同治疗下，京城的疫情已经得到有效控制，允贤一时兴起，提出要带领众医女与师兄掌管下的太医院进行比试，看哪边治好的病人多。
允贤突发不适，疑似染上疫症，上皇担心，用手去摸允贤的额头看她有无发热之症，祁钰得知疫情缓解出宫查看，见上皇对允贤做出亲密之举，立即将其拉开。祁钰命程村霞给允贤诊脉，程村霞诊断出允贤并未感染疫症，而有了身孕，祁钰连同百姓都十分高兴。
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