罗斯福上台后，对美国情报机构的现状非常不满意，还得不停地协调各情报机构之间的纷争。
1939年，罗斯福总统发布秘密指示，将全部谍报工作、反谍报工作和对敌破坏工作交给联邦调查局和陆、海军情报部。同时，他还授权联邦调查局在拉丁美洲针对轴心国间谍开展反情报和安全工作。
1941年6月22日，德国对苏联开战。形势的严峻程度已经大大超出之前的预料，罗斯福迅速做出决定，成立美国情报协调局，由威廉·约瑟夫·多诺万任局长。1941年7月，多诺万从预算局要来45万美元的拨款，在白宫附近几间破旧的大楼里开始工作。正式工作是破坏、谍报、反间谍和部署、实施秘密行动，这些工作成为后来美国中央情报局的基本行动范围。
多诺万逐渐加大情报协调局的活动范围和力度。他甚至一度从老朋友斯蒂芬森手中接过英国间谍原来干的一项活儿，即定期到西班牙驻华盛顿大使馆进行秘密搜查，偷拍亲轴心国的佛朗哥政府的密码本和重要文件，以协助英国攻克德国“迷”字机密密码。但是这一秘密举动令联邦调查局局长胡佛大为光火，因为这该是他管的事。胡佛一气之下，在情报协调局的密探再潜入使馆时，联邦调查局出动车辆，打开明亮的信号灯，并且高放警报信号，最后把惊慌失措的密探给逮回去了。
多诺万气得浑身发抖，他和胡佛一直吵到罗斯福面前，但是总统出于自己的考虑，并没有训斥胡佛，反而是下令把这项任务转交给联邦调查局。
成立
为改善混乱的情报局面，1942年初，罗斯福一度想解散情报协调局，将其各个机构分配到其他情报部门中去。多诺万为使这一想法不被实施，费尽心思，后来他找到盟友美国最高军事机构参谋长联席会议。后者坚信美国必须有一个机构专门从事对敌秘密工作，多诺万则使他们相信情报协调局就是最好的执行者。
1942年6月13日，在参谋长联席会议和多诺万的联合建议下，罗斯福下令将情报协调局与军方情报力量结合，成立美国战略情报局，多诺万任局长。这是美国第一个统一的中央情报机构，也是美国中央情报局的前身。
第二次世界大战结束后，杜鲁门总统解散了战略情报局。 但是杜鲁门总统很快发现自己无法应付来自政府各部门的情报报告。于是，成立国家情报局及其行动机构，即中央情报组，以协调并核对这些报告。
1947年杜鲁门总统批准了《1947年国家安全法案》。根据“国家安全法”的规定，美国中央情报局必须符合“没有警察、传票或执法力量或国内安全职责”的规定。这一结构导致了美国中央情报局和国防部其他情报机构之间以及美国中央情报局和联邦调查局之间的关系紧张。
1947年9月18日，世界上最公开的情报组织，美国中央情报局就在这种微妙的政治环境中诞生了。
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