乾隆十四年(1749年)八月，两淮盐政吉庆上奏，表示乾隆举行木兰秋A典礼，又西巡五台山礼佛、东巡曲阜祭孔，但是江南丰饶之地却未亲自巡幸，以江南民众十分盼望为由，恳请南巡。乾隆未给出明确回应只朱批“览”，表示已看过此奏折了。市档案局的贾丽琴介绍，当年九月，两江总督黄廷桂、河道总督高斌、漕运总督瑚宝、副总河张师载、安徽巡抚卫哲治、江苏巡抚雅尔哈善、两淮盐政吉庆联名上奏，恳请乾隆巡幸江南。他们表示，经过乾隆的励精图治，现今已盛世显现，社会稳定，人口稠密，具备南巡的条件。此前，康熙就曾六次南巡，乾隆其实对其祖父的南巡之举是十分渴慕的。此折上奏后，乾隆朱批：“大学士九卿议奏”。当年十月，南巡之事最终敲定。
据史料记载，乾隆十六年(1751年)正月十三日，乾隆奉皇太后离京，开始第一次南巡江浙。经过直隶、山东到达江苏，在徐州府宿迁县叶家庄暂停小住。二月初八日，渡过黄河，巡查了天妃闸、高家堰，经过淮安、高邮到江都县香阜寺;然后自瓜洲渡过长江，巡幸镇江、无锡、苏州。三月初一日，到达杭州，遍游西湖名胜，同时至绍兴祭大禹庙。回京时，从南京绕道祭明太祖陵，之后又在扬州游玩，在高F寺短暂停留。随即沿运河北上，从陆路到泰安。五月初四日，历经四个多月，回到京城。
乾隆南巡声势浩大，花费颇多，不可能所有银两都由国库支出。乾隆南巡的主要财政支柱是两淮的盐商，两淮盐运使司公署就设在扬州城内，八大商总也住在扬州城内。乾隆十四年十一月，两淮盐政吉庆上奏《奏为圣驾南巡两淮商人程可正等公捐百万银两事》，奏折中提到“江省幸蒙恩允南巡，万姓欢腾，淮商倍切所需费用久愿公捐，其踊跃难形情状”，由此就可见当时为迎接乾隆首次南巡，盐商积极踊跃、抛金撒银的巨大手笔。
贾丽琴说，乾隆南巡，扬州是“驻跸之地”，为迎接圣驾，必然要对道路、桥梁、码头、行宫名胜甚至是附近上山道路进行修整。《清宫扬州御档》中，江苏巡抚雅尔哈善就有一道题为《奏为江都县瓜洲渡江马船大修所需工料请动支给办事》的奏折。南巡路线中，乾隆从扬州游览结束后，必然要从瓜洲过江至镇江。而瓜洲渡江大马船自乾隆九年小修，至此已经过了5年，船身已经腐朽，雅尔哈善这道奏折正是请旨希望从司库存公银内支取大修所需工料造价。
对于南巡事宜的开支报销，乾隆做出了动用官项和淮商捐资分别报销的谕旨。根据乾隆的指示，两江总督黄廷桂、两淮盐政吉庆也拟定了相关规定，要求专款专用，如道路、桥梁、码头、营尖、茶棚等类动用藩库银两，行宫、名胜及附近上山道路、铺垫、陈设等类动支两淮盐运银库的商捐银两，各项支出分别登记造册。乾隆南巡涉及地方较多，对于各地及官项、商捐项花费的平衡，考虑到地方官员需要办理的事项较多，又从商捐项下拨银十五万两，交与藩库帮助地方官员办理事务。具体为，拨银五万两给江宁藩库，十万两给苏州藩库，由他们根据各自实际情况酌情动用。专门拨给河库两万两，办理相关事务。
从2004年起，市档案馆就将中国第一历史档案馆所藏的扬州府区划图、城防图、寺庙园林图、清代扬州行宫图等15幅精美图志征集回扬，为宣传扬州古代文化、维修复建历史建筑和景点发挥了不可替代的作用。先后又有一批扬州图志包括《江苏淮阳高宝七邑水利图》、《淮阳沟洫圩围图》、《江苏淮阳兴修水利图》、《京城至扬州沿河地区图》等9幅图征集进馆。扬州水利专家徐炳顺解读发现，清代扬州大兴水利，规模很大，许多清代水利设施至今还在发挥着作用或沿用着原来的名称，清代扬州河流的走向、水系与现在基本一致。令人啧啧称奇的是，当年并没有什么先进的测绘手段，宫廷画师却能画出相当精确的河流、水系分布。而这与乾隆南巡是分不开的。
乾隆元年(1736年)旨令淮扬在京任职官员，据实陈奏治水意见，以备采择。当时年已七十高龄的扬州府高邮州人孙C孙，上奏“淮扬水患”之事。他提出了事先预防要有“筹划万全”的意见。乾隆朱批：“总理事务王大臣速议具奏”。可见乾隆一开始就注重河工。“下河十岁九被涝”，“河臣束手无策”，乾隆效仿康熙皇帝治水的做法进行六次南巡，并说南巡之事“莫大于河工”。乾隆在南巡中，一面体察民情，一面思考治水方略。第一次(1751年)经过高邮时，他看到“堤岸高于屋，民居疑地窨”。感叹到“嗟我水乡民，生计惟罟霖”。经过车逻坝时，见到车逻坝泄水尤盛，想到淮水归江，要增加东西湾入江口门，开挖太平河。
第二次南巡时他谋划抽薪之计，就是要预先降低洪泽湖的水位。“百室求宁”是他的愿望，乾隆二十三年(1758年)定淮水入江为急办工程，先后连续多年，使淮水入江工程达到盛期，所做的工程有加开董家沟、东西湾三合土滚水坝、开挖太平河、建壁虎二桥、建金湾新坝、降低各坝闸、加宽河道等等，终于使归江口门达到107丈(342米)，比康熙时翻了将近一倍，使归江河道具备了排泄淮水的价值，奠定了淮水由里下河归海转向归江的局势，无疑对减轻里下河水患起了重要作用。
乾隆二十七年(1762年)第三次南巡时，乾隆实施了他的所谓“抽薪之计”，就是修订水情调度水则，减少淮水排向扬州的泄量，令河臣恪守此法，终于使里下河赢来20年左右的时间不被水淹。后来乾隆听说淮扬运河，好久没有挑浚，河床逐渐淤高，不仅有碍漕运船只航行，水大之年还致泛滥，遂传喻两江总督高晋、总河萨载，逐段查看测量，要他们一面组织开挖，一面上报，“不可有惜费之见，致有贻误”。
乾隆南巡目的何在?徐炳顺说，归纳起来主要有二：一治理长江水患和利用黄河水利，实地勘查，出主意，以利农田灌溉，同时他沿运河南下，查明漕运;二为了解农田谷物情况并察看民情。
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