明代文字狱主要集中在洪武年间和永乐之后几年。而且除了方孝孺之惨烈外，其他文字狱规模并不大。持续时间也不算太久。对明朝整体实力影响不是很大。而清朝文字狱则是对中国文化伤筋动骨的摧残了。明史案，南山集案，吕留良案，加上清初的科场案，哭庙案，奏销案，前后持续了约一个半世纪。受刑文人遍及全国精英，若论明清皆有文字狱而视之如一，那可就是忽略了质变与量变的根本差别了。一个人判十年徒刑，出来仍能自立，生活，若判个五十年一百年，可就要绝后了。如果十年动乱不是七十年代中期及时结束，随后及时恢复高考，再运动个几十年的话，老一辈学者相继谢世后，中国传统学术可就要真绝了。
清以前，晚明的思想运动，王学左派、顾炎武、黄宗羲对明朝皇权提出的严厉的批评，并且有许多政策、学术上的建议和探索。在清朝士人眼中，这些人都成了无父无君之人。所以清朝这一个半世纪文字狱的杀戮，彻底扭转了晚明以来的思想解放运动，而重新回到了极端皇权的时代。杨珍的《清朝皇位继承制度》对清朝皇权的集中，有相当精彩的阐述，明朝虽然朱元璋废相，而一度集大权于一身，皇权达到顶峰，其后皇权却是不断削弱的过程，内阁逐渐有相权之实。而清朝则从建国到乾隆，一直在不断的强化皇权，直到在外国势力的打击下丧失部分主权后，皇权才逐渐削弱，而这个削弱也首先是因为主权的丧失。这是非常值得思考的问题。绝对不是一句“清承明制不详说”所能解释的。清朝末年的思想解放与反思，是在外国思潮的影响下兴起的，与明朝完全自发的思想解放与反思，价值完全不同。晚明的思想反思，说明中国传统思想，在明朝制度下是可以自我修补的。而清朝的反思则直到外力冲击才显露出来，才说明了清朝政治高压下，对思想的强有力控制。
本来清儒对明儒的反思后，走朴学的扎实之路，讲求实证，学风非常正派大气，顾炎武，黄宗羲为清初学者起了个好头。但是连续一个半世纪的文字狱，杀的士人缄口不敢谈时事，讲求实证的治学思想，无法在现实中实现，便埋头故纸堆，虽然清儒有考据的巨大功劳，对中国学术全面的整理，但因为无法在现实中有所发挥，而成了死学问。阎若璩的《古文尚书疏证》将晋以下视为真理的《古文尚书》，一举证明乃是晋人伪作。这绝对是巨大的成就，可以同意大利历史学家瓦拉发现罗马教皇拥有至高无上权力依据《君士坦丁献土》文件为伪造的成就比美。但在清代竟然对思想界没有产生革命性的影响，而只引起考据学上的轰动。清儒学问成就虽高，却于经世无一用。“万马齐喑究可哀”就是在乾嘉学派尚称昌盛的时代发出，正是清朝连续的文化高压下的结果。
明儒空疏而不读书，清儒专注考据而不联系实际，恐怕才是明清儒家学者两代最大的弊端。明儒空疏实在不能讲是他们读四书五经读的。而确实是八股文应该改革了。而清朝学者不联系实际的弊端，则确实是清朝文字狱的效果了。
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