南京民间现在还流传着“十三个城门同时出棺材” 的传说，说朱元璋发引那一天，大开十三个城门，同样的仪仗，同样的棺材，同时抬出城外，谁也不知这十三口棺材最后抬到哪儿，也不知道朱元璋到底在哪一个棺材里面，从哪个城门抬出去的，这样故布疑阵就是为了让人们搞不清朱元璋到底葬在何处。有人说这是朱元璋的意思，因为他自知杀戮太重，生怕仇人报复，破坏他的陵寝，所以想出这个办法。
中国历史上帝王陵墓被人掘开或盗发的例子并不鲜见。先秦时宋国还没有灭亡，宋文公的坟墓便被人掘开了，齐庄公的陵墓也遭人盗窃了。汉人高诱说宋文公、齐庄公都是厚葬，所以陵墓才会被盗，所以后世帝王往往在遗诏中嘱咐要薄葬，朱元璋遗诏中也嘱托“丧祭仪物，毋用金玉”。战国时伍子胥为报复楚王杀害自己父兄，率吴军攻破楚国后居然掘开楚平王的坟墓，鞭打楚平王的尸骨。西汉11位皇帝加上吕后共有12座陵墓，其中10座在渭河北岸，唯有霸陵、杜陵在渭河南岸。结果赤眉军攻入关中抵达渭河之北后，把那里的西汉帝陵盗掘一空，霸陵、杜陵因为隔着渭河才幸免于难。
三国时，曹操为了补充军饷居然设立“发邱中郎将”、“摸金校尉”专职盗墓，前代陵墓扫荡殆尽。后来传说生性多疑的曹操为防止自己坟墓被人发掘，便在河北临漳县西原依山为陵，不建陵寝，不设园邑，不设神道。还有传说曹操布下72座疑冢，以免仇家掘坟，故宋人俞符有诗云：“生前欺天绝汉统，死后欺人设疑冢。人生用智死即休，何用余机倒立垄。人言疑冢我不疑，我有一法君未知。直须掘尽疑冢七十二，必有一冢葬君尸。”
不光是帝王，有些官吏也制造“疑冢”，以防人报复。据《新唐书·张琇传》载，张琇的父亲受人诬 陷被官府处死后，张琇和哥哥张瑝被流放到了岭南。
他们后来逃回家乡杀掉了陷害父亲的仇人，被朝廷判了死刑。行刑之前，他们吩咐家人在大道旁竖一篆书诔文的标牌，葬埋则在北邙山中，山中坟冢也造作疑冢，使人不知真坟所在。
从朱元璋的性格分析，他为妨报复而在下葬时故弄玄虚是有可能的。再看明末天下大乱，周围的百姓争相盗伐明孝陵树木，打到南京的清军甚至砍掉了孝陵殿的金丝楠木巨柱，郑成功的军队又接踵而来，明孝陵岌岌可危。后来太平天国时期，明十大功臣庙全部被摧毁，若非洪秀全等人认为明孝陵在政治上还有利用价值，明孝陵的命运不难想象。也有人认为十三个城门同时出殡并非是朱元璋的本意，而是朱允炆冒称朱元璋之意而行。
因为大举治丧必定迁延时日，而朱允炆还要早日登基，于是借口朱元璋遗旨搞个十三个城门同时出殡的仪式，场面隆重而又省去了繁缛的礼节耗费的时间。
但是否十三个城门同时出殡后就将灵柩葬在一个秘密的地点呢，有人认为那只不过是做个样子，朱元璋真正的灵柩则秘密地葬进了明孝陵。
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