哈尔滨市社会科学院731问题国际研究中心对外公布了一份档案，这份抗战期间日本参谋本部的命令文件，记载了当时日本天皇批准陆军军医学校职员在731部队兼职的情况，揭示出原日本陆军军医学校与侵华日军731部队有着极为密切的关系。
档案显示，1936年9月的日本参谋本部的文件《关于制定允许陆军军医学校职员兼职为关东军防疫部职员之事》中，记载了日本参谋总长载仁亲王给陆军大臣寺内寿一的命令，以及日本天皇的军令案——《军令陆乙第四十一号》，文中显示：“朕命令制定并实行陆军军医学校职员兼职为关东军防疫部职员之事的方案”，而“关东军防疫部”即为731部队。
据公开资料，关东军医务处处长梶塚隆二中将和731部队总务部长川岛清少将在俄罗斯伯力审判时的供述：“天皇曾下达敕令组建731部队和100部队”，但战后731部队成员和日本社会各界竭力否认他们在伯力审判时的供述，进而否认天皇知道并扶持731部队的事实。
哈尔滨市社会科学院731问题国际研究中心负责人杨彦君说，此次发现的日本参谋本部文件《关于制定允许陆军军医学校职员兼职为关东军防疫部职员之事》，能够充分证明天皇知道731部队的存在并扶持了731部队的扩张，更进一步印证梶塚隆二和川岛清供述是真实可信的，也足以证明731部队是日本自上而下的集团犯罪、国家犯罪。
之前公布的档案还显示，原日本陆军军医学校和731部队之间经常有大范围的人员交流和调动，这些档案包括731部队人员调转、家属迁移等四类文件。特别是关东军向陆军省申请的石井部队家属迁移的人员名单、经费预算及使用明细，涉及了731部队早期成员，是此前没有公开过的资料。
据了解，在731部队首任部队长石井四郎的建议下，1932年日本陆军军医学校创立细菌研究室，对外称“防疫研究室”，731部队就是在陆军军医学校防疫研究室的基础上建立的。1933年8月，日本在哈尔滨市南岗区秘密设立了石井部队;1938年6月，石井部队迁住哈尔滨平房区;1941年该部队正式改称“满洲第731部队”。
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