汉武帝统治时期吏法非常的严酷，加之汉武帝生性残酷，因此在统治上也多用严刑惩罚犯错之人。严刑拷打必多冤狱，就连司马迁这样的清官也没能幸免。司马迁之所以被处以宫刑，用今天的话说就是太耿直。当时李陵因为被单于围困而导致弹尽粮绝，无奈之下只好投降匈奴，成为了战俘。汉武帝为此大怒，墙头草般的群臣也来不及继续恭维李陵，转而纷纷进言对李陵表示不耻。汉武帝问想听太史令司马迁的意见，司马迁却耿直地说，李陵向来是个勤谨奉上，宽仁待下，忠君爱国的好将士，怎么可能说投降就投降，他可能心里还想着，哪日能够回归朝廷，再为国尽忠。司马迁说的违逆了汉武帝的意思，于是汉武帝就把司马迁打入了铁牢。
后来，汉武帝派公孙敖去匈奴接李陵，公孙敖无功而返，怕汉武帝怪罪，公孙敖诬告李陵正在匈奴练兵，要奉单于之命进攻长安。汉武帝信以为真，盛怒之下下令杀死了李陵一家妻儿老小，为李陵说话的司马迁也因此受到了牵连，按律当斩。但是汉朝当时可以以宫刑代替死刑，司马迁心中还有宏伟的理想，背上还有祖辈们的遗愿，因此司马迁选择了接受宫刑，保住了性命。也正是司马迁这个选择，后世才得以看见《史记》这部经典的巨著，司马迁忍辱负重，承受了常人无法想象的痛苦，完成了这部著作，是中国人之幸。
因为司马迁的出生日期不详，所以在公元前99年，司马迁被李陵投降匈奴事件出来的时候司马迁被捕入狱，这个时候司马迁是什么年纪也不清楚。但是在这之前司马迁也是有过生育的。有两个儿子和一个女儿，司马迁的长子叫司马临，次子叫司马观，还有一个女儿，名字不可考证了。司马迁为李陵仗义执言而受到牵连，所以司马迁的两个儿子为了躲避奸人的迫害，所以出逃并且都改了姓氏。长子司马临将“司”字加上了一笔，成为“同”，称为同姓。而次子司马观则是将“马”字加上两点，变成“冯”，成为冯姓。
另外司马迁的女儿后来嫁给了丞相杨敞，杨敞和司马迁的女儿生有两个儿子，长子杨忠、次子杨恽。杨恽从自己的母亲手中得到了外祖所写的《史记》，一开始就被这本书的内容给深深吸引住了，对此爱不释手，逐字逐句地把这本书读完了。之后又看了好几遍，一读这本书杨恽就会忍不住的流泪，为外祖父的厄运惋惜感叹。到了汉宣帝的时期，杨恽被封为平通侯，当时朝政清明，杨恽就将这么著作拿了出来，献给汉宣帝，这才让《史记》多年之后重见天日。司马迁遭受宫刑并不是在没有生育之前的事情，所以在子嗣上司马迁也算是没有断了司马家的香火。但是司马家族世代都是史官，司马迁的儿子也再没有子承父业继续做史官了。司马迁是中国古代最有成就的史学家之一，也是一位非常杰出的文学家、思想家，历代都有许多文人墨客思想大家对司马迁进行评价。
汉朝的另一位史学家，著有《汉书》的班固评价司马迁说，司马迁写史是不虚美，不隐恶。这句话可以说是一语中的，司马迁的“实录”精神也成为后世许多史学家们记史写史学习的榜样。唐代的大文豪韩愈和柳宗元也都评价过司马迁，韩愈非常推崇司马迁的才华，而且司马迁的《史记》也成为了韩愈写诗创作的样本。柳宗元则评价司马迁说司马迁说写的文章浑然天成，滴水不漏，连多天一个字都不能。
宋元时期也有许多文学家对司马迁的文章和文体有诸多的称赞，南宋的史学家郑樵评级《史记》说“六书之后，惟有此书”。明清时期，金圣叹对小说和《史记》之间的联系研究的非常透彻，认为“《水浒传》方法即从《史记》出来”。梁启超也说，“史界太祖，端推司马迁”，梁启超对《史记》的凭借非常之高，他认为史记的叙事能够分清条理，而且思维缜密非常难得，并说“凡属学人，必须一读”。
到了现代也有许多文人和伟人对司马迁和《史记》都给予了非常高的赞誉，鲁迅先生评价《史记》是“史家之绝唱，无韵之离骚”。毛泽东主席也在自己的文章中引用司马迁的话，以之作为勉励，推广到人民群众中。历朝历代对司马迁的赞誉都非常的高，可见司马迁和《史记》确实是中华民族的文化瑰宝。
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