在举朝一片反对声中，慈禧没有一意孤行，她采纳了亲王、大臣的意见，出面断然终止了重修圆明园的工程，使得清政府本已艰难万分的财政免于陷入这一庞大工程的泥沼，从而雪上加霜。毫无疑问，终止重修圆明园对于王朝发展而言，是一件幸事。伴随着慈禧暂停哨音的吹响，同治帝亲政一年中最大的一项形象工程轰然倒塌。同治帝没能圆他做园林设计师的梦想，当他准备在修“三海”(即北海、中海和南海)的工程中继续他的园林抱负时，不满二十岁的他却病倒了。
同治帝究竟得了什么病?他会一病不起吗?
同治十三年十月二十一日(1874年11月28日)，同治帝驾幸西苑时受凉，身体有些不适。然而，十天后，也就是十月三十日(12月8日)下午，同治帝病情突然加重，他开始发烧，并伴有四肢无力、浑身酸软等症状。太医向慈禧描述了同治帝的症状：发热头眩，胸满烦闷，身乏腿软，皮肤上出现没有凸起的疹形红点。慈禧大惊失色，她担心同治帝染上了天花!
天花，古称“虏疮”，中医学则称之为“痘疮”，民间一般也称为“出疹”或“出痘”。这是一种因病毒引起的接触性传染病(今已绝迹)。发病后皮肤或粘膜上出现痘疹、水疮和脓疮，伴随着高烧、惊悸、烦躁、嗜睡等症，全身或头面迅速出现疱疮，病重者常因脓毒引起败血症而在数日内死亡;轻者痘疹溃破后结痂脱落，愈后往往留有疤痕而形成麻脸。
其实中国人很早就已经了解天花了。早在清朝建立前一千三百年的两晋时期关于天花的医学记载就已经出现在文献中了。当时著名思想家葛洪著有《肘后备急方》。“肘后”是指该书篇幅很小，可以挂在胳膊上随身携带，相当于现代所说的“袖珍本”。“备急”就是应急的意思，用现代话说，就是一本“急症手册”。他在《肘后备急方》中写道：有一年发生了一种奇怪的流行病，病人浑身长出一个个的病疮，起初是小红点，不久就变成白色的脓疮，不断溃烂，一碰就破，伴以发高烧，说胡话，十个有九个治不好。侥幸治好的，皮肤上也会留下一个个小斑痕，起初发黑，一年后才逐渐消失。这病就是天花，记载十分准确和详细，比西方医学界认为最早记载天花的阿拉伯医学家雷撤斯要早五百多年。此后随着传统医学的进步，到宋朝和元朝，不少医生已经能专门诊治天花，并缓解其发病的症状。正因如此，尽管民间百姓及宫廷贵族虽不免仍有患病甚至致死者，但就其危害本身，已不足以影响社会的稳定。因此，在野史及正史中，我们很少发现对天花的描述和因此而引起恐惧的记载。
可是，我们在明末清初这一时期的文献中却发现满族对天花十分恐惧。谈迁《北游录》载：
“满人不出疹，自入长安，多出疹而殆，始谓汉人染之也。于是民间以疹闻，立逐出都城二十里。而都城外俱满洲赐庄，彼窭人子安所适乎?多茹泪弃婴道侧。或恋一室，不能单外，至毙其子女。见闻交痛。”
此外，清初的文献中常常有关于清王朝大举“驱痘”的记载。
清廷如此兴师动众防范天花是因为入关前后天花对满族民众生命安全的威胁远远超过了它对中原地区民众生命的威胁，在天花高发期，人口的大量死亡直接威胁政治稳定和军事安全。
为什么天花的感染率和死亡率在满族人群中有如此高的比例?
首先，东北寒冷，病毒不易流行。
满族是东北地区的原住民，他们世世代代生活在白山黑水之间，这里气候寒冷，人口稀少，病毒不易流行传染。而天花的泛滥以中原地区为主，因而，入关前天花对于满族的威胁不大，因此满族民众也就缺少抵抗天花的免疫力。
其次，清初满族民众不适应中原气候。
伴随着满族入关，部众南移后，中原湿热的气候使他们难以适应，在最初满族移居和适应这种气候的时期里，他们对于各种流行病的抵抗能力大大降低。因此，满族感染天花，并由感染不治而亡的人数十分巨大，在满族人的心里，天花就是吞噬人们生命的恶魔!
慈禧知道，在大清皇室家谱《玉牒》里面，记载了大量皇室成员的死亡数字，观之怵目惊心：顺治皇帝生有八个阿哥，其中四个早亡，另外六个格格竟死得只剩一个;康熙皇帝共有三十五个皇子，其中十五个早亡，二十五个公主则死掉十三个，其他皇室成员的子女，死的就更多了。死的原因主要是疾病，而天花是最主要的致命杀手。天花不仅危及未成年人的生命，对于成年人，依然有很高的感染率。
顺治初年，正是天花高发时期。努尔哈赤的第十五子，也就是多尔衮的弟弟多铎，骁勇善战，威震中原，可健壮的他依然没有躲过天花的劫难，在顺治六年，三十六岁的多铎因感染天花不治身亡。
顺治帝一生都在躲避天花，在他统治时期，他曾规定皇室成员“避痘”，也就是在天花流行的时期尽量回避与可能感染天花的人的接触。顺治八年，京城天花泛滥，在十月至十二月期间，顺治帝以狩猎为名，携带着太后、皇后躲避于遵化的深山里。皇子出生以后，按照朝中规定是即刻抱出宫外，由保姆等人照顾，以“避痘”。如康熙帝出生以后就被保姆抱出皇宫，直到他两岁以后出过天花方才回到宫里。顺治帝一生都在躲避天花，可命运却偏偏和他开了一个玩笑。顺治十七年，正在京城张灯结彩、准备春节的喜庆时间里，宫中却传出了消息：顺治帝感染了天花。虽然找来了最好的御医诊治，五天以后，二十四岁的顺治帝依然离开了人世。
因此，人们想尽办法防治天花。到康熙时期，民间已经有了预防天花的措施——鼻苗法。
具体方法是：在还没有出过水痘的人鼻子里放置痘苗，就是把症状较轻的天花患者的疱浆植入还没有出过水痘人的鼻腔，或者将结痂碾碎后吹入鼻腔，所以又叫“吹苗法”，预防效果很好。公元1681年，康熙帝将江西种痘的民间医师朱纯嘏招至宫中，专门给皇室子孙和宫廷官员子孙种痘。这是中国历史上最高统治者推广种痘的开始。康熙皇帝为此很是得意，在其《庭训格言》中明示：
“国初人多畏出痘，至朕得种痘方，诸子女、尔等子女，皆以种痘得无恙，今边外四十九旗，及喀尔喀诸蕃，俱命种痘，凡所种皆得善愈。尝记，初种痘时，年老人尚以为怪，朕坚意为之，遂全此千万人之生者，岂偶然耶。”
既然如此，慈禧为什么还如此惊慌?
因为宫中水痘得以控制以后，人们就渐渐地忽视了天花的威胁。嘉庆以后，阿哥种痘制度已形同虚设，同时传统的种痘方法并不能百分之百地有效。咸丰帝就曾出过天花，虽然生命无忧，可在脸上却留下了无法抹平的麻点，成了人们通常所说的“麻子”或“麻脸”。当慈禧听说儿子生病，尤其听人禀报：儿子皮肤上出现没有凸现的疹形红点时，慈禧失魂散魄，因为天花的感染并没有高贵与低贱之分，死神的光顾不分皇帝与平民。如果儿子真的感染天花，那是非死即伤。慈禧为儿子担心。
同治帝是否真的感染了天花?如果不是天花会是什么病?
当慈禧在十月三十日下午得知同治帝生病，且患病症状是发烧出疹，慈禧忧心如焚。经过一夜的观察，次日，同治帝开始明显地表现出出疹症状：“疹形透出，挟杂瘟痘”，“颗粒透出”，由此御医判断，同治帝感染了天花。
慈禧不敢怠慢，一面吩咐御医全力诊治，一面依照祖上传下的规矩，谨慎照做，惟恐出现疏忽和纰漏，对儿子闯过天花这一关不利。
首先，供送痘神。
慈禧命令将同治帝发病以来就供奉的痘神娘娘迎供到养心殿来，宫内到处铺上红地毯、红对联，营造出一片喜气，期望痘神娘娘早点将撒下的天花收回。供奉三天以后，又举行了隆重的仪式，恭送痘神娘娘于大清门外，用纸扎的龙船、金银玉帛举火焚烧，使痘神娘娘在飞腾的烈焰中升天而去，希望由此带走同治帝满身的水痘，平安度过劫难。
其次，祈求祖先神灵。
慈禧和慈安一起到供奉祖先的景山寿皇殿——这里从乾隆时期规定作为奉祀“神御”的殿堂，祈求祖先神灵赐福，保佑儿子平安无事。
此后，同治帝不断出现痘粒，并开始收浆结痂脱落，似乎一切正朝着慈禧期盼的方向发展。
然而，十一月二十日以后，同治帝病情突然恶化，他开始出现毒疮，而且毒疮在腰部溃烂如洞，流脓不断，疼痛不止，面颊肿硬，口喷臭气。“湿毒流聚腰间，红肿溃破流脓水。……痘后余毒湿盛”。之后，虽然“痘痂俱落，而腰间溃孔，左右臀部溃孔……”
至十二月初五日酉刻，同治帝“六脉已绝”，病逝于养心殿东暖阁。
少年皇帝还没有来得及过他二十岁的生日就死去了，虽然朝廷对外宣称是死于天花，但依然引起了朝野上下种种议论与猜测。
从一般常识上说，在当时的情况下，虽然尚未找到医治天花的有效办法和药物，但就是普通百姓，患天花一般也还不至于死亡，所以民间把天花称作“天花之喜”，何况是堂堂天朝皇帝，身边有的是高明的御医，怎么就那么容易死了呢?就是在宫廷里曾经贴身服侍过慈禧太后的女官德龄，也对同治死于天花的说法有所怀疑，她认为：“同治的身体一向十分健壮的，论到天花这一种病症也绝非就是绝症，只要医治合法，调护适宜，要治好也是很有可能的，至多不过使同治那样一个美少年变为麻脸而已。”
另外，从十月三十日发痘到十一月二十日，痘情已经基本得到控制，痘结痂脱落。为什么此后又突然流毒继发，而且部位集中腰臀，溃烂流脓，继发失眠多梦、遗精尿血等并发症状，又并非是一般出水痘的症状。于是，同治帝的死因引人联想。
人们怀疑同治帝不是死于天花，而是死于梅毒!
梅毒是一种慢性接触性性病。起源于美洲，十五世纪哥伦布发现新大陆后，梅毒通过海员和士兵在欧亚两洲迅速传播，十六世纪以后传入我国广东岭南一带，后逐渐传入内地，大多流行于社会底层，尤其是花街柳巷。因为患者皮肤上毒疮红肿溃烂，状似杨梅，民间就名之为“杨梅疮”，简称为梅毒。
人们怀疑同治帝死于梅毒并非毫无根据。
第一，人们认为他有感染梅毒的可能。
根据是同治帝在选皇后的时候，与慈禧发生了意见分歧。婚后，慈禧千方百计地离间帝后二人的关系，派太监阻止皇帝和皇后相见，又强迫同治帝亲近慧妃。同治帝虽有一妻四妾(慧妃之外还有瑜妃、瑨妃和珣妃)，却左右不是，不能自主，因此索性谁也不亲近，终年独宿乾清宫。又有传言说，不止一人在市井中亲眼见过同治帝的行踪。后来，宫中就传出同治帝出痘病重之事。据此，人们有理由怀疑，皇帝微行时染上了梅毒。
第二，人们认为他临死的症状像梅毒。
根据是同治帝从十一月二十日以后，开始出现毒疮，而且毒疮在腰部溃烂如洞，流脓不断，疼痛不止，面颊肿硬，口喷臭气。后身体溃疡，并蔓延连接在一起，最后“走马牙疳”而死。这一症状与梅毒患者临终十分相像，因此人们认为他是梅毒而死。
同治帝真的死于梅毒吗?
我们不能完全排除同治得病以前已经患有梅毒的可能。因为同治帝的微服私访不仅仅是时人笔记、稗史中的描写，事实上在《翁同龢日记》中也有记载，因为朝野早已议论纷纷，哄传皇帝在宠臣和太监的带领下冶游、私访，只是碍于君臣名分不敢直说。问题是，可能感染梅毒的同治帝，是否就一定死于梅毒?
据现代医学知识，梅毒感染发病十分缓慢，须经过三个发展期，如果达到全身溃烂，不治而死，须得五年以上乃至更长的时间。依据史料判断，同治帝即使死前真的感染梅毒，病史也不应该很长。如果没有其他材料的印证，就确认同治帝死于梅毒，这样的结论还有待商榷。
同治帝死于梅毒缺少确凿的证据，那么，朝廷对外宣称是死于天花就可信吗?难道就不会出现慈禧为掩盖同治帝感染梅毒而篡改事实的情况吗?人们对此十分怀疑!
于是，在同治帝死后，人们为他的死因是天花还是梅毒争论不休，各执一词。他的死因也与“太后下嫁”、“顺治出家”、“雍正夺位”并称为清宫四大奇案。
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