万历六年(1578年)，黄河决堤，曾经有过两次治河经验的潘季驯被推举出来，总理河漕兼提督事务。其间，他不顾个人安危，与役夫一起劳作，率领民众堵口、筑堤、修堤，成功避免了灾情扩大。
为了避免黄河再次决堤，潘季驯实地勘查后，结合之前的经验提出了“以河治河，以水攻沙”的治河策略，也就是在淮河筑堤束水，再利用淮水冲击黄河的大量积沙，达到疏浚、治理黄河的目的。然而，淮水弱于黄河，想要“束水攻沙”，就必须加高加长位于洪泽湖西畔的高家堰。潘季驯将自己的治河策略上报后，以为肯定能得到批准，但是饱受河患问题困扰的万历此时竟犹豫不决了。
原来，在高家堰附近坐落着明代第一陵——明祖陵，这是朱元璋为其祖辈修建的陵寝，是保佑大明江山永固的风水宝地。大筑高家堰、抬高洪泽湖水位必然会淹没明祖陵。
一边是因河患问题饱受涂炭之苦的百姓，一边是关系到大明江山存亡的祖陵，到底该如何抉择?最终，万历下令，高家堰大堤只许整固，不可加高。
于是，黄河两岸的堤防工程相继筑起，但具有决定作用的高家堰大堤只能被加固修复。潘季驯望着无法加高的高家堰大堤，心里不禁隐隐生起忧虑。
新建的堤防体系发挥了作用，此后十年，黄河都没有出现太大的水患。直到万历十六年，黄河再次决堤，治河难题又摆在了万历面前。潘季驯上疏陈述黄河利害，恳请皇帝以民为重，批准自己加高加长高家堰，以杜绝黄河水患。然而，万历又拒绝了他。潘季驯无奈，只得整修加固一些堤防、闸坝，以期为治水防汛提供最后一道防线。万历二十年，潘季驯以年老多病为由辞官，结束了自己漫长且艰辛的治河生涯。
不给力的堤防抵御不了连绵不断的水患。明朝末年，黄河水祸不断，所经之地粮食绝产，饿殍遍野。水灾又带来瘟疫，百姓为了生存，纷纷揭竿而起。
内部农民起义风起云涌，外部又有女真不断扰边，内忧外患下，大明这座帝国大厦最终轰然倒塌，而万历一心想要保住的明祖陵最后也由于黄河夺淮而沉入水底。
这座本为保佑社稷永固的祖辈陵寝却间接导致了江山的覆灭，这恐怕是万历不曾料到的。但是，在万历弃百姓安危于不顾、以祖陵为重的那一刻，早就注定了这样的结局。
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