1831年12月是贝格尔号第二起航,菲茨·罗伊舰长要为测量大地岛的南岸去作一次旅行,然后要访问南海中的许多岛屿,再经印度群岛返航。历时五年,从英格兰出发,穿越北大西洋到达南美洲,沿着南美洲的西岸航行,绕过南美洲的合恩岛后后进入南太平洋,再沿着南美洲的南岸航行,然后驶向加拉帕戈斯岛,之后再向南半球出发,到达澳洲的悉尼,沿着澳洲的南岸行驶到达霍巴特(澳大利亚塔斯马尼亚岛东南岸港市),绕过澳洲后进入印度洋,绕道非洲的好望角进入北大西洋回英国。伟大的生物学家,进化论的创始人达尔文乘此船进行科学考察。
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贝格尔号上有两个尉官:季·韦克姆和布·谢利万,一名医生,十名军官,一名水手长,四十二名水兵 和八名少年见习水手。此外,舰上还应有一名博物学家(查理·达尔文),其次还有一个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人,一名美术家和一名绘图员埃尔德,一名曾去过火地岛的传教士和三名火地岛人。
这次探险的任务之一是研究和详细勘察南美洲的东西两岸。但是政治和经济任务则是这次航行的基本原因。当时的英 国,力求夺取南美洲的市场,力求促使英国的资本渗透到这个洲的各个国家的经济中去。因此,这次探险的所谓科学目的,只是英国用来掩盖自己在南美洲进行扩张的一个最方便的借口而已。
贝格尔号于1831年12月27日扬帆起航,绕地球一圈,于1836年10月2日回到英国。达尔文沿途考察地质、植物和动物,采集了无数标本运回英国,还未回国就已在科学界出了名。这5年的见识,让达尔文从一名正统的基督徒变成了无神论者,不可能再去当牧师了,成了职业博物学家。更重要的是,他开始思考生物的起源问题,最终创建了进化论,极大地改变了世界。种种巧合促成的贝格尔之航是达尔文人生的转折点,也是人类历史的转折点。
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该舰舰长菲茨.罗伊是“标准的”军官,更是虔诚的教徒,爱真理更爱上帝。所以达尔文的《物种起源》出版后,他愤怒地宣称达尔文背叛了自己。在著名的牛津论战中,他手捧《圣经》,高喊“圣书啊!圣书啊!”离开会场。最后因精神错乱而自杀。
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