1645年，宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。1645年四月二十五日，由于史可法毫无作为，而使得扬州轻松被八旗兵攻克，导致了扬州老百姓白白被屠戮而不是像江阴老百姓那样在阎应元的带领下抵抗而死，死得其所也有价值。
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消息传到南京，弘光帝方寸大乱，顾不上通知其他人，就与马士英和少数宦官仓皇出逃，一路辗转来到芜湖。芜湖守将正是拥立有功的江北四镇之一——黄得功，他尚对京城变故一无所知。当知道天子是张惶失措，弃都而来时。内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位朱由菘效忠到底。
五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降。五月二十八日，在尾随而来的清兵重兵压迫下，黄得功部将田雄，马得功策谋降清。在猝不及防的情况下黄得功被暗箭射中，随即自刎而死。弘光帝则被田雄活捉，献给清军邀功，解至北京，弘光政权覆灭。据郑达《野史无文》记载：当时田雄背着朱由崧，马得功在后面紧紧抱着朱由崧的双脚，生怕这个活宝贝飞掉，朱由崧痛哭流涕的哀求两人，却毫无效果，于是恨得咬住田雄的脖子，血流满衣。当时朱由崧的痛悔愤恨之情，可见一斑。
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但亡国之君，总是难逃一死。次年五月，这位南明天子，就在北京被加以谋为不轨的罪名凌迟处死，年仅四十岁。对比当年北京城被李自成俘虏崇祯的皇子们后，没有杀之而是带在身边。可见满清贵胄自己鼓吹的是来替明皇复仇的借口是多么无耻，其心胸是多么狭隘，至少比起李自成来差远了，而像朱由菘这样的三国演义里面的阿斗，能掀起什么风浪呢?
如满清有那么一点点其御用文人吹嘘的那么仁慈，只需要将朱由菘软禁在北京即可。可见满清是多么残暴、心胸是多么狭隘和不自信——因为其心虚所以害怕朱由菘活着会有所谓的“反清的精神作用”，包括后来都所谓康熙盛世时期处死隐居已经几十年、已经是古稀之年的朱三太子。可见，对比之下，李自成要仁慈的多，虽然明廷逼得李自成起来造反。
清廷在杀死朱由崧后还对朱由崧进行了抹黑，把他说成一个荒淫无道的废物皇帝。朱由崧当皇帝到底为人怎么样，我们不大清楚。因为南明已经是国力微弱，灭亡是肯定的。
朱由崧是个历史人物，作为一个人物，他至少是个脾气不错的人。朱由崧被迎到南京后，第一件事就是拜谒孝陵，然后追谥朱标、朱允炆及靖难之役中的死难者，伸张正义。朱标即朱元璋长子懿文太子，朱允即朱标次子建文帝。
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朱由崧对自己直系祖宗朱棣的政敌如此，对自己的反对者也很宽容。登上帝位，朱由崧靠的是四镇及马士英之力。当初反对自己而力主立潞王的，是姜曰广、吕大器、张慎言、钱谦益、史可法等一批东林党人，这几个人中现在找几个杀杀，那也是早有前朝旧例的。但朱由崧对他们不仅未加谴责，反而提拔重用。他们能当弘光朝大官，自己的机灵是假的，领导的厚道才是真的。
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