珍妃年轻热情，性格活泼，博得光绪帝的宠爱。而正宫隆裕皇后叶赫那拉氏，却引不起皇帝的情趣，甚而产生厌烦。皇后与珍妃，宫闱之内，渐起情波。隆裕皇后因失宠而生妒忌，又因妒忌而生怨恨。她利用自己统摄六宫的地位与慈禧姑侄的身份，“频频短之于慈禧”，向姑母、慈禧太后告珍妃的状。珍妃的入宫，她对光绪的同情和体贴，激起了光绪对生活的热情。大婚后的数年间，光绪与珍妃共度了一段愉悦的时光。而这正是慈禧和皇后所不愿意看到的。皇后叶赫那拉氏经过长时间观察、了解，终于抓到珍妃的把柄。据《西太后遗事》记载：裕宽谋求福州将军一职，先请托于太监李莲英，因李莲英索银多，又以与珍妃娘家亲近关系，“乃辇金献之珍妃，俾伺便言之上前”。这件事被李莲英的耳目探得，于是引起一场风波。
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光绪二十年(1894年)十月二十八日清晨，光绪皇帝如同往常一样到长春宫东暖阁向慈禧皇太后下跪请安。慈禧坐在御榻上，对光绪闭目不视，也不答话。光绪跪在地上，不敢抬头，也不敢多言。皇太后同光绪帝僵持了约有一个时辰，慈禧太后才放话：“下去吧!瑾妃、珍妃的事，你不管，我可要管。不能让她们可着性子，不遵家法，干预朝政，胡作非为!”光绪莫名其妙，唯唯称是，以礼告退，回养心殿。光绪正在纳闷时，有太监跪奏：清晨，皇太后下令总管太监李莲英，对瑾妃、珍妃杖责处罚。珍妃位下太监高万枝，被慈禧太后懿旨正法。珍妃的胞兄志锐被革职，发遣乌里雅苏台。至于慈禧皇太后对珍妃的严惩，有书说是“褫衣廷杖”——这对皇妃来说，是宫史前所未闻的，也是对珍妃最大的羞辱。
慈禧皇太后杖责珍妃，正史没有记载，宫廷御医档案，留下一些资料：十月二十八日，太医张仲元请得珍妃脉息，六脉沉伏，抽搐气闭，牙关紧闭，周身筋脉颤动。十一月初一日，亥刻(21～23时)，太医张仲元请得珍贵人脉息，左寸关沉伏，右寸关滑数，抽搐渐止，仍觉筋惕肉颤，神识已清，惟气血未调，痰热尚连下行，以致胸膈烦闷，两肋串痛。有时恶寒发烧，周身筋脉疼痛。同日子刻(23～1时)，张仲元请得珍贵人脉息，左关沉伏，右寸沉滑，抽搐又作，牙关紧闭，人事不醒，周身筋脉颤动。同一日深夜，将御医请进内宫急诊，可见珍妃病情之急重。根据上述医案，珍妃确受重杖。
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慈禧皇太后之所以重惩珍妃，其原因主要有五：
一、对光绪：甲午兵败，慈禧太后将责任推到光绪身上，觉得光绪亲政8年，胆子愈来愈大，甚至有些事情不把圣母皇太后放在眼里。慈禧太后想“杀鸡给猴看”，藉廷杖珍妃，告诫光绪：要是不听话，就给眼色看。
二、对皇后：慈禧太后觉得，皇帝结婚5年，对懿定的皇后，既不亲爱，也不敬重。皇帝一心喜欢那个珍妃，太使自己伤心。慈禧太后便借此机会，严厉惩治珍妃，给侄女出口气。
三、对珍妃：珍妃自恃长得娇俏，能说会道，深受皇帝喜爱，太后心里气不过。特别是慈禧年轻守寡，产生心理变态。见到别人甜蜜爱情，心理总是嫉妒怨恨，借个机会，惩罚诊妃。
四、对宫女：内宫应是一片“纯净乐土”，竟然有人串通外朝，卖官鬻爵。珍妃也好，太监也好，卖官之事，确被抓住。于是，慈禧皇太后惩罚珍妃，名正言顺，诫训宫女。
五、对自己：慈禧太后藉此，廷杖珍妃，舒解积愤。
慈禧皇太后“廷杖珍妃”之举，收到一石五鸟之效。
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光绪二十六年(1900年)七月二十一日，八国联军入侵北京，慈禧带着光绪皇帝仓惶出逃。相传她临行前命令太监崔玉贵把珍妃推到宁寿宫外的井中害死。这件事情正史没有记载，但珍妃确实是那时死的。因为从那以后清宫档案就没有出现关于珍妃的记载。后来有个太监回忆录提到珍妃被慈禧害死的情况。珍妃之死给光绪造成极大的精神刺激，形成极大的悲苦。光绪帝过着“囚帝”的生活，心情抑郁，病情益重，死于西苑。
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