乾隆帝每次南巡都于正月十五前后从京师出发，经直隶、山东到江苏渡黄河，乘船沿运河南下，经扬州、镇江、丹阳、常州、苏州进入浙江境内，再由嘉兴、石门抵达杭州。回銮时，绕道江宁，祭奠明太祖陵，于四月下旬或五月初返回京师。
乾隆帝南巡走水路时，御舟前有两对船走两边引路，船旁有一人骑马在河边行走，以备差遣。另有四只大船名安福舻、翔凤艇、湖船、扑拉船，跟在其后，其余船只装载各种用品及随从官兵。船行时，河两岸及桥头村口各安排士兵守卫，禁止私船出入，纤道每里安设兵丁三名，令村镇民妇跪伏瞻仰，御舟经过需回避时，令男子退出，不禁妇女。
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每次到扬州，乾隆帝都会驻跸多日。扬州的御道用文砖或石板铺成，要求平整笔直，不能随意弯曲，为此，许多民宅被拆，坟墓被挖，良田被毁。此外，所经之路要用黄土铺垫，泼水清尘。道旁或搭彩棚，或陈水嬉，还要有老百姓沿路迎接。乾隆三十年(1765)游上方寺时，由于“万民随马足趋瞻”，出现了“或有践踏麦苗者”的景象，乾隆帝作诗云：“马足纷随定何碍，蹂躏惟惜麦苗芒。”
乾隆南巡的主要财政支柱是两淮的盐商，两淮盐运使司公署就设在扬州城内，八大商总也住在扬州城内。“扬州盐商豪侈甲天下，百万以下者谓之小商。”这些商人尽管经济上富逾王侯，但在政治上却无权无势，对官府存在着严重的依附关系。因此，每次南巡时，当地官员都从他们手中勒索资金，巴结皇帝，还令他们筹办行宫、园林等南巡工程。而这些富商也正想借南巡讨好官府，特别是皇帝，为自己赢得荣誉和权势。
盐商对乾隆南巡的资助首先是捐银。如二十六年、四十五年、四十九年，两淮盐商每次都捐银100万两，这些钱相当一部分被充作南巡时扬州官府办差及乾隆帝赏赐之用。他们还进献诗、赋、字画和文集等礼物，有的也进呈和时事有关的论文。乾隆帝对此都赏赐从优。此外，盐商还直接办理接驾等事，负责供应皇帝南巡的日常所需。因巡幸队伍十分庞大，这笔开支为数很大。如地方官命商人沿塘遍置盆盂，数量成千上万，以备纤夫便溺，而御舟一过，盆盂即被役夫破坏，等御舟再经过时，又要置备新的。
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乾隆南巡所建扬州行宫的出资人多为盐商。中国第一历史档案馆所藏《扬州行宫名胜全图》上标明，集资修建当地行宫的商人一共修建了楼廊5154间，亭台196座。扬州有4处行宫，其中天宁寺行宫是专为乾隆南巡而修建的。该寺居扬州八大寺之首，乾隆二十一年由商人出资在寺旁建起行宫。行宫内的布置和陈设非常奢华，书籍、字画、瓷器、挂屏等不计其数。这些玩好器物大多是地方督抚向通省大小官员临时借用或重金购买，乾隆帝对此心知肚明，担心由此造成种种情弊，在二十六年下令：“除高旻寺行宫原系商人自行置办，应仍听其预备，但须交收清楚外，其余各处行宫，概无得陈列玩器。”
盐商们还广建园林，“如汪氏之净香园，黄氏之趣园，洪氏之倚虹园，汪氏之九峰园等。”“当时各大商所造园林，甲于天下。”乾隆帝六次南巡，扬州盐商一次又一次建造园林，园林加上行宫，从扬州城里到平山堂，处处亭园楼台，号称“一路楼台直到山”。为迎接南巡，盐商们还不惜花费巨资，蓄养花、雅两部戏曲班子，在数十里长的河两岸，搭起戏台，奏乐演戏。由此也带动了扬州戏剧的发展。乾隆四十二年，巡盐御史伊龄阿奉旨在扬州设局修改曲剧，历时四年完成，留下了宝贵的戏曲文化遗产。
南巡中，乾隆帝的特殊褒奖种类繁多，题字最为常见。在扬州驻跸时，他曾书写许多福字分赐官商缙绅。当时扬州盛行修建私家园林，得到御书福字的人纷纷盖起福字厅，以相炫耀。天宁寺就曾得到乾隆帝赐给的匾额七个、盈联八副，另有御制七言律诗四首，刻石供奉于碑亭中。有时乾隆帝也给商人一些实际好处，如四十五年，免除两淮盐商未交税银一百二十万两，缓征银二十七万两;四十七年，免除淮南商人未完银二百万两。此外，还允许盐商在规定领取的盐引之外，每引加耗二十斤。由此，乾隆帝博得了“圣恩浩荡”的美名，但事实上，这些减免和加耗数量上有限，而商人们在巡幸期间的巨额开支及损失，是无法用数字统计的。
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乾隆帝还授予商人大量的空头官衔。如十六年南巡，乾隆帝发布上谕说，两淮商人“踊跃急公，捐输报效”，令将其职衔加顶戴一级;二十二年，又以两淮众商承办差务积极，令将官秩在三品以上者，赏给奉宸苑卿衔(内务府掌皇室苑囿园林的官署名)，未到三品者，各加顶戴一级。二十七年又下谕旨，给16位商人或赏衔，或加级。这些空头官衔没有什么实际意义，但可以荣耀身份，而这正是商人们朝思暮盼的。四十九年南巡时，乾隆帝将一部《四库全书》藏于扬州大观堂的文汇阁，并允许士子借阅。这对当地教育、文化的发展有推动作用。
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