薛氏父子，即薛举和薛仁果，号称西秦。关于薛仁果的名字，新旧唐书是写作“仁杲”的，而陕西礼泉的昭陵石刻等处则写为仁果。这支父子兵和李氏父子的目标一样，也是要进兵长安。结果，他们晚了一步，只好加紧围攻扶风。有一句话叫“卧榻之侧岂容他人酣睡”，关中一地不容二虎，所以薛氏父子是李氏父子最大的威胁，反过来，李氏父子也是薛氏父子最大的进攻目标。
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既然两家都互相视为仇敌，那自然是打仗没商量了。唐与西秦之间的战争是三部曲，有点像“三局两胜”，前两场各有胜负，第三场则是一战而定成败。第一场是薛仁果大战李世民，结果被打得大败。这场仗把薛举打得有点怕了，甚至问起部下“有没有投降的天子”。不过马上他们时来运转，第二次大仗就赢回来了。
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这一次薛举亲自出马，唐朝方面仍是李世民为主帅。这次打仗出了点儿事，就是李世民忽然病了，结果刘文静和殷开山两人——按书中的说法便是擅自出兵，然后搞得大败而归。这个不听号令的说法，可能还有待商榷，但两个事实是可以肯定的，一是李世民的确病倒了，二是唐军的确大败，而且败得非常惨：死者十之有六，大将慕容罗睺、李安远、刘弘基都被俘虏。于是郝瑗劝薛举说：“今唐兵新破，关中骚动，宜乘胜直取长安。”然而薛举却在此时病死了，被迫出局。如果他能够坚持打到长安的话，那么也许李渊就得亲自出马了。薛举死后，薛仁果继承了王位，于是第三次大战又开始了。这一次唐朝主帅仍为李世民，而这一次他采取的方法是后来他常用的坚壁不出，后发制人。消耗了六十天，终于把薛仁果的粮食耗尽了，因此李世民命人在浅水原引诱薛仁果，然后兵分两路进攻。西秦将领宗罗睺大败，只好逃跑。最后在折墌城，薛仁果看到大势已去，便开城投降了。
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战后，李世民按例做了一番分析，然后便是处理降兵降将之类的事了。李渊的意思是，因为薛仁果的人当初杀了很多唐朝将士，因此要把他们全部杀掉。这时站出来劝阻的人是李密，他认为正因为薛仁果杀了这么多人所以才会灭亡，“怀服之民，不可不抚”。可见李密其实还是很想在唐朝好好做事的，奈何李渊之城府非李密所能料——由此可见，李密也真是有点没头脑，李渊会对那些敌将起杀心，也同样会对他起杀心。不过李渊这次倒真听了他的意见，放过了其他人，但谋首，也就是薛仁果仍然被斩首。
薛氏父子就这样被灭了。
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