有一段模糊不清的身世，他的母亲赵姬最初是吕不韦的小妾，后又嫁给异人生下秦始皇，因此秦始皇的身世一直是个谜，有人说他确实是异人的血脉，也有人说是吕不韦故意送了孕妻。这个尴尬的身世，让秦始皇的童年没少吃苦。
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秦始皇从小跟随母亲赵姬颠沛流离，后来其父异人成为秦庄襄王，秦始皇才得以和母亲一同进宫。但他母亲赵姬的谁都清楚，大家会怀疑秦始皇的身世。因此秦始皇在皇宫的这些年没少受气。
秦始皇的幼年几乎由不得自己做主，尤其是当时的华阳太后并不喜欢秦始皇。秦始皇登基之后，华阳太后以及一些人员仍处处牵制他。由于自己本身有污点，秦始皇一直忍气吞声，暗自培养自己的势力。
再说吕不韦，吕不韦着实是个聪明人，他深知做生意不如当官的道理。一次机缘巧合认识了被送来当质子的异人，不仅好好的招待，甚至送了自己最喜欢的姬妾给他。
据说一日醉酒后，异人请求吕不韦将府上的赵姬送给自己，吕不韦考虑到赵姬嫁给他可以为自己以后的官场铺路，就同意了，并且隐瞒了赵姬怀孕的事实。不久后赵姬生下嬴政，异人将她立为夫人。
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这是流传最广的说法，连秦始皇都深信不疑。秦始皇认为，只有自己的生父是不会背叛自己的。秦始皇登基后，吕不韦如愿官拜丞相。
秦始皇掌权之后的第一件事就是解决自己的身世问题，他找来了当时的随行医官，得知其母亲嫁给异人之前并没有怀孕，自己确实是亲生。异人和吕不韦都是精明人，否则异人不可能成为质子后还能顺利回国登基，而吕不韦更不会做出这种欺君得不偿失的事情。
如果赵姬提前怀孕，那么产期就会提前，这么明显的问题异人不会不知道。而且异人虽然是质子，但生活起居还是有人照顾的，如果赵姬有孕，随行医官立刻就会查出。而据记载，赵姬嫁给异人12个月后生下嬴政，可见确实是他的亲生子。
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既然自己的身世没有污点，秦始皇自然开始肆无忌惮，吕不韦自知大难将至，赶紧辞职回家，总算保住小命。
但秦始皇因为这个谣言，30年来所吃的苦全部白受了。但也因为这些年的隐忍负重，才把他锻炼成了一个精明能干有谋略的千古一帝。
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