王政君闻汉哀帝死讯后，迅速移驾未央宫，部署王氏子弟控制中枢。汉哀帝临终前，将玉玺交给他的男宠大司马董贤，王政君听取王闳建议，派王闳威胁董贤交出玉玺，再交给王政君。
王政君召见董贤，问他国丧该如何调度，董贤不能对，脱下帽子谢罪，王政君说：“新都侯王莽曾以大司马身份参与过成帝葬礼，知道该怎么办，我让王莽来帮帮你吧!”于是，立即召王莽入宫，从董贤手中夺取兵权。随后，董贤自杀，王政君所深恶痛绝的赵飞燕和哀帝傅皇后也被逼死，已故傅昭仪和丁姬的陵墓也被扒开，哀帝所拔擢的傅、丁两家迅速被王氏铲除。王政君依然被尊为太皇太后，并以中山王刘衎为帝，是为汉平帝。
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王莽相当懂得讨好王政君，先是上言、尊王政君姊妹王君侠为广恩君、王君力为广惠君、王君弟为广施君，并且都领汤沐邑，姊妹们日夜赞誉王莽的美德。王莽又知道，王政君虽是妇人，却也讨厌待在深宫中，便举办许多可以让王政君外出的活动。就连王政君的侍女之子生病，王莽也前去亲自侍候。
元始五年(公元6年)，汉平帝死后，孺子婴继位，众人请求王莽效法周公辅佐周成王故事。王政君认为不可，但无力阻止。王莽遂辅佐孺子婴，自称是摄皇帝，厌恶他的人很多。
王政君听闻后说：“众人所见者略同，我虽是一妇人，也知道王莽这样做必定会给自己招来灾祸，这种行为万万不可。”但王莽又更以各种祥瑞之兆做为天命，自立为帝，并将这些符瑞告诉王政君，王政君大惊。
始建国元年(公元9年)，王莽篡汉建立新朝，便让安阳侯王舜去向太后索取玉玺。王政君怒骂：“你们父子一家承蒙汉家之力，才能世世代代都得到富贵，既没有报答他们，又在他人托孤之时，趁机夺取国家，完全不顾恩义之道。为人如此，真是猪狗不如，天子怎么会有你们这种兄弟!而且如果你们自以为得到天命而成为新皇帝，想要改变正朔服制，就应该自己做新的玉玺，流传万世，为何想要得到这个亡国的不祥玉玺?我不过是个汉家的老寡妇，随时都可能会死去，所以，想要拿这颗玉玺陪葬，你们终究是得不到的!”王政君随即痛哭流涕起来，旁人也跟着垂泣。
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王舜虽感悲哀，但过了许久还是说：“臣等已经无话可说了，但王莽仍然一定要拿到传国玉玺，太皇太后您死都不拿出来吗?”王政君知道王莽是要威胁她，便将传国玉玺取出、砸到地上给王舜，并说：“我已经老死了，有你们这样的兄弟，我们王家今天是要灭族了!” 为此，传国玉玺还崩碎了一角。王莽得到玉玺后，非常高兴，在未央宫为王政君置酒设宴，大肆庆祝。
后来又改王政君称号为“新室文母太皇太后”，并说既然汉朝已灭，太皇太后不得再侍奉元帝，遂毁元帝庙，改为“文母篹食堂”。因为王政君还在世，不便称庙，便称为长寿宫。
王莽置酒请王政君到长寿宫。王政君见元帝庙已被废弃，大惊。她哭着说：“这是汉家的宗庙，皆有神灵存在，是犯了什么罪让你毁掉!假设鬼神无知，修庙有什么用?如果有知，我原本是人家妃妾，怎能辱没先帝之庙来做为我用食的地方?!”她又私下向左右侍从说：“此人侮慢神灵，怎能长久得到上天保祐!”于是，酒会不欢而散。
王莽篡位后，知道王政君怨恨自己，常常刻意讨好王政君，但王政君却越来越不高兴。
王莽将汉朝制度都改去，而汉朝本来穿黑貂衣，王莽就改为穿黄貂，又将汉正朔伏腊日也改去。但是王政君却命令自己的官属穿黑貂衣，并且在汉朝的正腊日时独自与左右一起相对酒食。
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王政君万万没想到，她一手栽培的侄儿—王莽，竟篡夺她儿孙的皇位。王政君思念汉朝，最后在悲愤、忧郁之中度过她的晚年。王政君生于汉宣帝时，一生经历七朝，历尽沧桑，她一人虽没有什么政治野心，但愚庸无能，软弱寡断，终于断送了汉朝刘姓的江山。
新朝始建国五年(公元13年)二月，太皇太后王政君忧愤而死。享年八十四岁，她是中国历史上最长寿的皇后之一。太皇太后的遗体被运往渭陵，与汉元帝合葬。
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