这个问题要分时间段，在二十岁之前，赵构肯定是生理正常的，一共生了五个女儿和一个儿子。不过在靖康之变中，五个女儿都被金兵掳掠到北方，其中三个女儿在途中夭折，另外两个女儿到了北方后都进了浣衣院供金人蹂躏。
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赵构唯一的儿子赵旉出生在1127年。后来南宋爆发了苗刘兵变，刚刚三岁的小皇子赵旉被推举当了一个月的皇帝，随后再度“让位”给他老爹赵构。但是赵旉在这次兵变中受的惊吓不浅，不久就生病了。当年七月，赵旉随赵构来到建康(南京)，一天，伺候的宫女不小心踢倒了宫里的炉子，发出巨大的响声，小孩听到后嚎哭不止，病情加重，当月就死了。
从此以后，赵构尽管也非常勤奋的在后宫耕耘，但是后宫众多佳丽再也没有为他生过孩子。正史上没有记载赵构无后的具体原因，但是民间野史就开始到处风传赵构是因为被金兵追击受到惊吓，以致患上不可言说的疾病造成无后。
流传最广的是《朝野遗记》，上面记载“外传北风极劲，而汪、黄傲然谓无事，故上每不知虞。比江都宫中方有所御宰，而张浚告变者遽至，矍然惊惕，遂病董腐。故明受殂后，后宫皆不孕。”意思是金兵来势汹汹，可是大臣们都报喜不报忧，以至于有一天，赵构正在跟嫔妃卿卿我我的时候，张浚突然跑来报告金兵杀到的消息，赵构当场吓得瘫软，从此就落下了病根。
当然野史可信度比较低，但是正史不会明说这种事，但是还是可以从正史中做个推测。
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就在赵旉死后不久，赵构就在宗室里挑了两个孩子赵伯琮和赵伯玖作为自己的养子，这在历史上是罕见的，要知道赵构在收养赵伯琮时刚刚26岁，身体正是强健的时候，这么年轻就急着过继养子，很可能是他自己已经意识到真的那个方面不行了，因此要早作打算。
另外，赵构的生理毛病很可能朝中大臣也是知道的。绍兴七年，岳飞就曾经向赵构进言，请求他立赵伯琮为太子。当然岳飞说的理由是冠冕堂皇的，他说北方的金国正准备迎立宋钦宗的太子，希望皇帝早立太子，避免引起混乱。
不仅是岳飞，宰相赵鼎、大将张浚也分别向皇帝提出过及早立储的建议。但是赵构不为所动，两个孩子只是养在宫里，并没有给予太子的名分。可能他觉得自己才三十出头，有的是时间，假如病能治好呢。
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当然赵构对自己的毛病还是采取了积极治疗的态度，《建炎以来系年要录》记载，他找了个医生叫王继先，据说这个人医术高明，赵构一度看到希望，甚至因此为他升官。他亲口说：“朕顷冒海气，继先诊视有奇效。可特书读。”有人推测，冒海气是赵构隐晦的说法，将自己的疾病说成在海上受了湿气。
但是不管赵构如何努力诊治，他最终还是没有再拥有亲生子女。1162年，56岁的赵构彻底死心，他立赵伯琮为太子，改名赵昚，并且将皇位禅让给他，自己做了太上皇。
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