在亲鸾上人往生后，亲鸾四女觉信继为二代法主，建构成以血缘搭出脉络的世袭体制，这使法主由上至下对门徒发出的法旨渐渐生出神圣的权威性，令门徒对法主的崇信已不下于阿弥陀佛，净土真宗终成为集佛、佛法和法主三位一体的信仰，也因此被称之为一向宗。在八代法主本愿寺莲如时，一向宗日益形成一个等级制度清晰明确的宗教组织，并且在对下层民众布道之余，莲如利用自己的十三个儿子与十四个女儿以联姻的方式与各方大名及公家高宦结亲，藉此获得许多特权，或直接或间接地掌握住摄津、纪伊、越前、加贺的大片土地，许多信奉一向宗的农民甚至将捐献置于税赋之上，使得部分一向宗盛行地区的大名因为领民将钱捐给寺院无力纳税而出现税收短缺的情形。一向宗的教义与经营方式得到许多其它佛教体系及大名的排斥，加上进入乱世，农民越发不满大名的压迫，反过来利用了一向宗的组织发动起义，更打倒了加贺守护富樫氏，将加贺变成由本愿寺教团控制的门徒领国，自此之后这样高举一向宗旗帜的农民起义便被统称做一向一揆。所以在天文元年时京都日莲宗徒与南近江六角定赖联军捣毁一向宗的本据山科本愿寺，于是显如之父证如便将本据迁移至大阪石山，石山本愿寺因而升格成一向宗新的总本山。

　　天文二十三年

　　父亲证如逝世，得年三十九岁。年方十二岁的显如在祖母庆寿院的辅佐下继任法主，并于弘治二年时与长年抗争的越前朝仓家达成和议，翌年依照父亲证如生前和管领·细川晴元的约定，迎娶了细川晴元的养女、左大臣·三条公赖三女如春尼，和婚娶了三条公赖次女的武田信玄、细川晴元亲女的朝仓义景成为连襟。 永禄三年(1560)，显如开始了第一次的军事行动：发动越前、加贺一向一揆帮助连襟武田信玄与越后上杉谦信作战。两家还于永禄八年(1565)缔结三条盟约，结成了强固同盟。

　　在本愿寺的长年经营下，附属于一向宗寺院的地内町发展逐渐成熟替本愿寺带来大量的金钱收益，地内町是摄津、河内一带建立在一向宗寺院左近的城镇，是当地的农商物资流通中心，其中多数居民都是一向宗门徒，使本愿寺可以直接控制部份地内町，藉由贩卖座市出售经商权获利。同时居于地内町的门徒为了捍卫自身安全而建立的大量要塞亦变相成为护守石山本愿寺本山的关卡，再加上石山本愿寺位于京都、奈良、界通往西国地区的交通要地，占地面积与人口数量因此不断攀升，同时一直在增修守护城池的壕沟、碉堡，在显如当权时石山本愿寺已成为拥有八个街町，内有寺内之浦可用为港口贸易通商，幅员数十平方公里的惊人巨城。而显如也充分利用充足的财力分别向朝廷及幕府献上两万、一万钱，并透过岳父左大臣三条公赖等朝臣说项在永禄元年时得到权僧正的官位。永禄三年，显如应襟兄武田信玄的求助发动越中的一向宗门徒出兵牵制武田家大敌越后上杉谦信，两家更在永禄八年时正式缔结盟约，此外显如也和朝仓义景缔姻盟让长子教如娶义景之女为妻。

　　永禄十一年

　　据有尾张、美浓的织田信长拥前任将军足利义辉之弟义昭上洛，由于军费不足遂强逼畿内的寺院神社捐献，显如也在信长祭出天皇这张王牌后考虑到信长势大尚不能正面相抗而采取暂时虚与委蛇的策略勉强答应。然而意图天下布武一统全国的织田信长又怎么能够容忍在自己的势力范围中存在着足以凌驾领主地位的宗教权威，因此对本愿寺步步进逼，不但提出本愿寺势力完全撤出石山的要求，更在和泉的界、大和的奈良、近江的大津、草津等重要商镇设立代官推行乐市乐座打击本愿寺的经济收入，压制意图不言而喻。面对信长的压迫，显如仍是以逆来顺受的姿态应对，甚至还将天目茶碗进贡给信长以拖延寺地迁移的命令。

　　元龟元年

　　足利义昭不满信长将他架空的举动而暗中策动信长包围网，其中首先响应的便是朝仓义景，信长将大批兵力置于越前、近江应付朝仓、浅井同盟之时，当年被织田信长于上洛时逼回四国阿波的三好家趁势而起再度攻入近畿，一路驱进到淀川下流的野田、福岛。为此，织田信长亲率四万大军迎战迅速地在八月二十五日完成对两地的包围。但是对信长不满已久的本愿寺显如同样看准了这个时机，于同年九月五日颁下法旨督促纪伊、近江、伊势长岛的一向宗门徒对织田信长群起攻之。除了己方的正面攻势外，决定宣战前显如也向浅井长政，久政父子、朝仓义景发出邀请一同作战的信函，使在姊川会战中战败的他们大为鼓舞，联军南下攻打琵琶湖南岸的宇佐山城。

　　在得到纪伊杂贺众洋枪队的后援后，本愿寺显如在九月十四日下令由僧官下间赖廉、下间赖龙、丹后赖宗等率五千部队出阵攻击织田军，一向宗里法主-坊主-讲-郡-组，一层压一层的军事组织条理分明，让显如可以直接指挥麾下坊官作战，在顺利将织田军部将佐佐成政、前田利家的部队引诱至空旷的平原后，下间赖龙、丹后赖宗以四千步兵袭击织田军，下间赖廉则于后方统领洋枪队进行射击，令织田军死伤不少，随即附近农村的一向宗徒众也不分男女老拿起了平日务农的锄头、铁叉，配上寺方分发的弓箭、洋枪展开游击战偷袭织田军，使织田大军连连败退，最后是在前田利家的奋战下才勉强收拢军容退至川口。另一方面浅井、朝仓联军在攻下宇佐山城、城将森可成、织田信治战死后趋近阪本口，无奈下信长留下明智光秀、羽柴秀吉、佐久间信盛率两万三千兵马留下应付一向宗门徒，然后领军截击浅井、朝仓联军，将浅井、朝仓联军逼得逃入比叡山。

　　同年十月，山城的西冈发生一向一揆的暴动;十一月，伊势长岛愿证寺在坊主证意的带领下爆发大规模的一向一揆，直接威胁到信长的老家尾张，之后更大举攻入尾张小木江城，城将信长之弟织田信兴战败自刃。而信长方也在重新成功压制浅井、朝仓后在元龟二年五月出兵攻打伊势长岛的一向一揆，长岛愿证寺一带地势低湿且正逢雨季令洋枪威力受制，加上一向一揆众利用市濑川、岩手川、大泷川、木曾川、真木田川、金洲川、山口川、军是川等河流于此入海交错、不便大军移动的地势与农民身份大打游击式的夜袭战，使织田军蒙受不小的损失，连家中猛将柴田胜家亦告负伤，连最后织田军撤退时也有氏家卜全、林通政等将领战死牺牲。

　　同年七月近江一向一揆的据点金森城也被织田军的佐久间信盛夺去，然而信长的反攻并不仅于此，当年九月织田军团团包围曾经庇护过浅井、朝仓联军的比叡山延历寺，将全山杀尽，显如也以此为由大肆宣传织田信长乃是佛敌，加强门徒的战意。对一向宗徒而言，在法主的命令下与佛敌交战而亡乃是一种升华，口念「南无阿弥陀佛」战死殉道反而是走向西天极乐世界的快捷方式，此念在心让显如亲自策动的一向一揆格外悍不畏死。要对付信长单单凭靠加强门徒战心的口号并不足够，本愿寺显如比谁都更清楚这一点，于是襟兄武田信玄成为他首要的求援对象。

　　元龟三年

　　曾与上杉谦信联合对抗武田信玄的关东北条家在当主易位由北条氏康长子北条氏政继承后，重结甲相同盟，北方的强敌上杉谦信也在显如发起越中门徒加以牵制后，武田信玄终于腾出余裕出兵西上，不料就在武田军在三方原之战大败织田、德川联军，反信长同盟气势高涨，连足利义昭亦宣告与织田信长为敌的时候，武田信玄病故阵中。东海道上武田军的退却逆转了原本对反信长同盟有利的局势。天正元年，织田信长流放将军足利义昭，浅井、朝仓两家旋踵即灭，织田军再度攻打伊势长岛，织田军再度因地形战败。

　　天正二年

　　显如为了反制信长，命令坊官下间赖照、七里赖周率领加贺一向一揆与不满织田代官桂田长俊暴政的越前一向宗门徒攻打织田方负责支配越前的朝仓降将桂田长俊、沟江长逸、土桥景镜等，将其一一诛杀，将越前同样置为门徒领国，显如也随即派遣若林长门守前往越前将当地重新组织以纳入本愿寺的体系之中。同年六月，织田信长三度出兵攻打伊势长岛愿证寺，在经历两次战败后信长改变战略，以九鬼嘉隆的水军跟织田军配合分别由水陆夹击，封杀了一向一揆最擅长的地形奇袭，两万长岛一向一揆众被逼固守长岛城应战，在三个月的笼城后一向一揆弹尽援绝意图降服，然而长期受到他们困扰的织田信长并不因此甘心，同时也预知日后一向一揆定会再次生乱，于是索性大开杀戒将两万一向一揆众全部屠杀。

　　同时在越前方面，作威作福的本愿寺坊官和开始信任手中力量的农民开始发争激烈的争执，不满本愿寺干部专横的农民与坊官、坊主产生内讧，而不属于一向宗体系的专修寺、佛光寺也和反叛的门徒携手对抗本愿寺坊官，织田信长在与高田专修寺取得联系后，命部将柴田胜家、明智光秀、羽柴秀吉等人领兵进军越前，在跟讨伐长岛一向宗一样地封锁了海路的逃亡路线后，三万织田军于八月十五日到达府中讨平当地一向一揆，下间赖照被杀。

　　虽然失去了越前、长岛的门徒，但是对仍然拥有庞大资源的本愿寺而言，织田信长只是斩去了大树的旁枝，主干依然毫发未伤，并且还在继续吸收养分茁壮。但是显如却选择了降服一途，就跟信长一样经过长达数年的征战，本愿寺同样需要时间休养生息，于是显如透过三好康长向织田信长求和，在当年十月二十一日和谈，显如更亲身上京，接受信长招待。

　　风平浪静之下所隐含的新的暗潮汹涌，谈和不过数月，在显如指挥下本愿寺开始进行笼城准备，粮食跟武器弹药源源不绝地进入库房，同时在石山周围新建了五十一座碉堡城寨，各地门徒也陆续来到，一时竟达到三万之众。同时藉由栖身毛利家的前将军足利义昭的协助与上杉谦信、毛利辉元结盟，再次兴兵对抗信长，在加贺金泽御坊的七里赖周也应显如命令讨取了织田方的加贺松任城主镝木頼信，并致力于和长年宿敌上杉谦信和解，为日后谦信南下铺路。显如的举动让织田信长不敢坐视，火速发动六万大军就守口、交野、天王寺等地对石山本愿寺展开包围。随后织田军受信长之命进军木津，但是却受到本愿寺方由纪伊来援的杂贺众猛烈反击，这波攻击的主将原田直政也被杂贺众名闻遐迩的洋枪队射杀，显如趁胜追击让下间赖廉率领门徒一鼓作气急袭天王寺，击败由明智光秀、猪子兵介率领的守军。但是在织田信长亲自坐镇若江城后，情势再度逆转，在明智光秀、松永久秀、泷川一益、羽柴秀吉的奋战之后一向宗门徒被击败撤退。

　　此后双方展开激烈的拉锯战，信长在摄津尼崎、吹田等地纷纷建构城寨对本愿寺进行包围，由宿将佐久间信盛担任军团长负责对本愿寺的包围战。由于本愿寺背后是海，城内有港可以通过海路得到制霸西国的毛利家不断补物资，使织田军的笼城战得不到显著效果，这跟大坂湾的制海权被控制在毛利家麾下濑户内海的三岛村上水军及纪伊半岛由一向宗徒组成的杂贺水军手上是脱不了关系的。所以在荒木村重、别所长治、松永久秀相继灭亡，上杉谦信辞世后，本愿寺依然屹立不摇。但是局面已经开始改变，胜利女神的天平渐渐向织田军倾斜。

　　天正六年

　　在织田信长大力支持下织田家水军将领九鬼嘉隆成功开发出铁甲船并在木津口大破毛利水军，让本愿寺真正陷入笼城无路的困境。天正八年，在城内物资完全耗尽，真正弹尽援绝后，信长奏请天皇出面斡旋欲与本愿寺和解，表示只要一向宗门徒放下武器、退出大阪、不干涉政治便可以继续传教。清楚理解城中窘境的显如于同年三月接受了天皇的斡旋，在四月初退出石山前往纪伊鹭森，不过他的儿子本愿寺教如却坚决反对投降，于是另外纠和了不愿投降的门徒出城与织田军作战，结果完全不是织田军的对手，屡战屡败，终于是年八月投降前去父亲显如所在的纪伊。在教如亦离开石山本愿寺后，石山本愿寺起火燃烧付之一炬。

　　天正十年

　　在天正十年本能寺之变后，显如与掌握畿内实权的羽柴秀吉相善，后于天正十三年在秀吉重建石山本愿寺寺内町时移居摄津天满，同年八月在当地建立阿弥陀堂，翌年八月十间四面的御影堂落成，加上丰臣秀吉赠送京都七条堀川的土地作为寺地，建成现今的京都本愿寺。

　　文禄元年十一月二十四日，本愿寺显如因中风圆寂，享年五十岁，后以三子本愿寺准如继为法主，庆长七年德川家康让在关原之战中支持东军的教如另兴东本愿寺，在常陆妙安寺建立御堂，称大谷派，与准如带领的西本愿寺一分为二，一直延续至今。

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