元世祖忽必烈即位之后，历经十余年的战略筹备，终于在至元十三年攻破南宋都城临安，至元十六年彻底消灭崖山的南宋残部，结束了从唐末藩镇割据开始、长达数百年的南北分裂局面。他以“大哉乾元”的国号建立元朝，在辽阔的疆域内推行行省制度，构建起一个多民族共融的大一统王朝，让中国历史进入了一个全新的统一时代。
忽必烈的灭宋战略，从一开始就跳出了蒙古传统的劫掠式征伐逻辑。早在蒙哥汗时期，忽必烈便受命总领漠南汉地事务，在中原地区深耕多年，身边聚集了大量深通汉地治理经验的儒臣幕僚。他一改此前蒙古军队征伐南宋时，仅靠骑兵从川陕一线突入的旧思路，将战略突破口选在了长江中游的襄阳与樊城。至元五年，元军开始对襄樊二城进行长期围困，在汉江之中修建堡垒、阻断外援，用回回炮等新式攻城武器猛攻城墙，前后耗时六年，最终在至元十年攻破襄樊门户，彻底撕开了南宋依托长江构建的整条防御体系，为大军沿江东下铺平了道路。
襄樊失守之后，元军的灭宋进程进入全面加速阶段。至元十一年，忽必烈任命伯颜为征宋大军统帅，率领二十万水陆大军从汉江入长江，沿江东下势如破竹。南宋沿江的守将大多望风而降，黄州、江州、安庆等长江沿线重镇接连失守，元军几乎没有遭遇大规模的顽强抵抗，便一路推进到南宋都城临安城下。此时南宋朝堂早已陷入混乱，太皇太后谢道清带着年仅五岁的宋恭帝，在德祐二年也就是至元十三年，捧着传国玺向元军投降，伯颜率领大军进入临安，将南宋皇室、文武百官悉数押解北上，存续了一百五十余年的南宋王朝，就此宣告灭亡。
临安归降之后，南宋残余势力在南方沿海继续坚持抵抗。文天祥、张世杰、陆秀夫等人先后拥立赵昰、赵昺为幼主，在福建、广东一带辗转流亡，试图重建宋室。忽必烈并没有放任这股残部坐大，他下令元军水陆并进，从福建一路追剿到广东沿海，最终在至元十六年，由张弘范率领的元军水师，将南宋最后的残部围困在崖山的海面之上。经过激烈的海上决战，南宋全军覆没，陆秀夫背着年仅八岁的宋少帝赵昺投海自尽，十余万南宋军民随之殉国，横跨南北的大一统版图，至此彻底宣告完成。
完成全国统一之后，忽必烈没有沿用传统中原王朝的旧框架，而是构建起一套全新的大一统治理体系。他在全国推行行省制度，将辽阔的疆域划分为十个行中书省，将中央的统治力量直接延伸到此前难以管控的边疆区域，西藏正式纳入中央政府的行政管辖，云南、东北等边远地区也首次建立起与内地完全一致的行政体系。他摒弃传统“华夷之辨”的狭隘观念，将辽、宋、金三史并列为正史，践行“天下一家”的治理理念，推动各民族之间的文化交融与经济互通。他所建立的大一统王朝，疆域“北逾阴山，西极流沙，东尽辽左，南越海表”，不仅终结了数百年的南北分裂乱局，更奠定了后世中国辽阔版图的基本轮廓，让多民族统一国家的发展，进入了一个全新的历史阶段。
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