顺治第一任皇后是他的表妹，博尔济吉特氏，因为两人性格不合，且这又是多尔衮为他选择的婚事，所以顺治一直对她很不满，后来终于找了个“皇后无能，故当废”的理由把她给废了。
废了皇后，自然要立新皇后，新的皇后是废后的侄女，也就是后来的孝惠章皇后，在顺治十一年五月入宫，刚开始被封为妃，才13岁的样子，六月就被立为皇后。
新皇后汲取了自己姑姑的教训，在宫中谨言慎行，从不惹事，然而顺治还是不喜欢她，尤其在顺治十三年，内大臣鄂硕女董鄂氏入宫，深受顺治喜爱，册为贤妃;十二月，晋董鄂贤妃为皇贵妃。本来皇贵妃已经是个很高的位置了，顺治却还觉得不够，想再次废了皇后，立自己喜欢的董鄂妃为皇后。无奈皇后谨慎本分，顺治一直找不到理由。不过，皇后虽有皇后的头衔，却丝毫不得皇帝宠爱，更像是个傀儡皇后。
直到在顺治十五年的时候，正想要不管不顾的废后，然而孝庄却坚决不同意，这才让顺治废后的想法作罢，所以，皇后一直很尊敬和感激太后孝庄。
顺治十七年，董鄂妃去世，顺治帝悲痛欲绝，在十八年也崩逝了。年幼的玄烨继位为康熙，皇后也因此成了皇太后。
康熙二年，康熙的生母佟佳氏去世，作为嫡母的皇太后位置，似乎更为稳固，然而，她和康熙的关系，却一直不冷不淡，维持着官方关系。直到孝庄去世的时候，才终于有了突破。
孝庄对皇太后而言，是她的亲人，也是保住她皇后位置的人，更是她这么多年来，在皇宫的依仗，所以孝庄去世的时候，皇太后哭的特别伤心。而对康熙来说，孝庄是辅佐他登基，帮着他稳定朝局的人，更是他敬爱的祖母，孝庄去世，他亦割辫哀痛以表孝思。这样一来，康熙和皇太后之间，倒有了共同的话题，一下子拉近了两人的关系，康熙开始真正由衷的尊敬这个嫡母。
二十八年，修建宁寿新宫，落成，康熙帝率诸王大臣请太后入居。
三十五年，康熙北巡，逢太后寿，奉书称祝，太后亦遣送衣裘，康熙帝虽因河未冰不能服，仍上书表示待天寒必欢喜服之，又遣送水果干并土产至宫中，令总管太监顾问行请太后尝鲜。
三十八年，帝南巡，奉太后同行。而后，太后六十寿、七十寿，康熙帝均亲制词赋并大礼以祝，然太后均以尚俭故，停宴饮。
等等，虽然不是生母，康熙却待她如生母一样，给了她足够的尊敬与尊荣。
康熙五十六年十二月，太后病重，康熙帝亦因废太子事心力交瘁，头眩足肿不能行，仍以帕裹足至宁寿宫亲奉汤药，太后昏迷之际，康熙帝跪于床下，捧太后手呼曰"母后，臣在此"，太后闻言，张目而视，不能语，执帝手视之。后来，太后崩，康熙号恸欲绝，坚行割辫之礼，竟和当初祖母孝庄死前一样。
孝惠章皇后，虽然终顺治一朝，不得顺治宠爱，且过了许多年独居的深宫生活，但她前半生有孝庄护着，后半生有康熙敬着，一生安然，倒也算是善始善终了。
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