天启七年(1627年)思宗朱由检登位以后，嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪状：一并帝;二蔑后;三弄兵;四无二祖列宗;五克削藩封;六无圣;七滥爵;八掩边功;九伤民财;十通关节。
思宗下令清查“阉党逆案”。
一共清查出首逆同谋六人，交结近侍十九人，交结近侍次等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，交结近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，再加上漏网之鱼五十七人，共计三百一十五人。
死前被公布罪状、发配凤阳，死后被碎尸万段、悬首示众，崇祯上台后对魏忠贤的这一系列处置，在给当时的黑暗政坛带来些许新鲜空气的同时，也让他赢得了圣明之君的欢呼颂扬。
然而，17年后，在李自成攻破北京城前夕，崇祯却下密旨收葬魏忠贤的遗骸，墓址就选在了魏忠贤生前早已看好的香山碧云寺。
惊讶的是，崇祯在李自成大兵压境的危急时刻，不把全部心思放在调兵遣将上，居然还有闲心做一件与御敌守城毫不相干的事情;
而崇祯在国破人亡的慌乱绝望中，为什么会突然改变自己打倒和否定魏忠贤的初衷，重新审视魏忠贤的价值和功绩，并出人意料地为其收集骸骨、修坟立碑。
明熹宗临死前曾专门叮嘱崇祯说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。人之将死，其言也善。
朱由校在生命最后时刻对魏忠贤给予如此高的评价，固然掺杂着个人私情，但最主要的是他认识到了魏忠贤在处理“大事”方面的清醒和果决，尤其是在维护大局、知人善任、赏罚分明的关键问题上，在事关国家、民族生死存亡的政治立场上，所表现出来的深明大义和远见卓识。
平心而论，魏忠贤为巩固个人权势，未免有党同伐异、残忍歹毒的罪恶一面，但从他曾经力排众议、大胆起用辽阳战败后遭受谗言的熊廷弼，不徇私情、果断罢免宁锦一战中畏缩不出的袁崇焕，抛开私怨、违心推荐赵南星、孙承宗等一批能臣直臣等诸多方面，可以看出他还是心系国家、讲求原则的。
魏忠贤主政期间，国内形势良好，辽东局势平稳，这层能力、这种魄力、这份功绩，还是应该被认同和肯定的。
崇祯即位的时候，海内难民揭竿四起、关外清兵虎视眈眈，在这种内忧外患的严峻形势下，朝廷迫切需要一位魏忠贤这样富有处理军国大事经验和把握动荡时局能力的“能人”来独当一面，虽然无法扭转国势日衰、积重难返的败亡趋势，但也不至于在短时间内坍塌崩溃。
但崇祯为了整饬内政和平息民愤，更是为了报仇雪恨和独掌大权，借着朝廷文武大臣的“倒魏”怒潮，以迅雷之势彻底肃清了以魏忠贤为首的阉党集团。
能够不动声色地一举铲除魏忠贤，一直是崇祯自我标榜的人生得意之作。
然而，正是由于过分欣赏自己的才干，过度迷信自己的能力，却让他从自信变得自负，最后变得刚愎自用。
魏忠贤死后，崇祯起用了倡导儒家思想的东林党人，但在国内动荡、边关危急的存亡之际，那些擅长空谈、治国乏术的文人儒将能有什么作为杨鹤对民风剽悍的起义军实行“招安”，袁崇焕与狼子野心的皇太极私下“和谈”，无不表现出东林党人的庸俗、懦弱、酸腐和无能。
尽管崇祯志向远大、励精图治、宵衣旰食、事必亲躬，但他既无治国之谋，又无任人之术，加上他严苛、猜忌、多疑，对大臣动辄怒斥、问罪、砍头、凌迟，其残忍和冷酷与魏忠贤相比，有过之而无不及。
因为不相信文武百官，崇祯还频繁地调整官吏，17年间他竟然换了17个刑部尚书和50个内阁大学士。
这种让人噤若寒蝉、如履薄冰的高压态势，造成国家人才匮乏，有心报国的志士既不肯也不敢请缨效命。无奈之下，崇祯只好培植私人势力，重新起用大批更加腐朽无能的太监，最终导致“十万太监亡大明”的历史悲剧。
崇祯十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自杀殉国前的第五天，崇祯在大势已去、大厦将倾的绝望中，在听到太监曹化淳说的那句“忠贤若在，时事必不至此”的话之后，终于领会到天启皇帝临终前，强调魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”的深意所在。幡然醒悟的同时，无力回天的崇祯在精神上彻底崩溃了。
收葬魏忠贤遗骸，既是他对魏忠贤价值和功绩的重新肯定，也是对自己17年执政生涯的全盘否定。
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