清初内阁不能和明朝，尤其是晚明内阁相提并论，它始终受到皇帝和保守满洲贵族的严密监督和控制，下面两个现象尤其值得重视：
一是内阁票拟权力受到严格限制。票拟是内阁权力之所在，票拟范围的大小反映了内阁在朝廷地位的高低。清初内阁从一开始，其票拟权就颇为有限。先是言官本章“是与不是必须封进听旨定夺”，阁臣不得过问。不久，多尔衮又以“陈奏本章，照顾明例，殊觉迟误”，为借口，规定：“今后部院一切疏章，可即速奏候旨遵行”，所谓“速奏”，就是“径诣宫门陈奏”，而不是先送到内三院票拟，这就剥夺了内院对大批部本的预知权，部分恢复了关外奏议不经票拟的传统。顺治十年(1653年)，又规定：“今后凡系机密及参劾本章，俱著实封进呈”，内院由此丧失了对机密奏疏首先了解的权力。顺治十三年(1656年)规定科道以及在京各官奏折不必先送内院，而是“径诣宫门”，顺治十七年(1660年)又定：“其通政司所封各项本章，向来选送内阁发译，今后著该衙门自行封进，联览过后发译。如系密本，亦著该衙门不拘时封进。”这样就剥夺了内阁参与重要机务的权力，将它变成了处理日常政务的官僚衙门，而不是像冯铨和洪承畴所设想的中枢辅政机构。
二是大学士的票拟直接听命于皇帝。清初的票拟和明朝不同，不是阁臣根据自己对问题的理解提出处理意见供皇帝采纳，而是揣摩皇帝的旨意起草谕旨，不可丝毫专擅。当时，大量题本由皇帝首先阅看，然后，再由内阁根据皇帝旨意拟旨，最后获皇帝认可后下达执行。顺治十七年(1660年)五月，顺治帝令：“今后各衙门及科道各官本章，俱著于每日午时进奏，候联披览，次日发下拟旨，以便详阅批发。”更重要的是，和明朝“天子与阁臣不常见，有所谕，则令内监先写事目付阁撰文”的情形不同，“世祖章皇帝亲政之初，即日至票本房，大学士在御前票拟” 。《顺治实录》曾有这样的记裁：(顺治十年(1653年)十月)在“太和门内择一便室，令大学士、学士等分班入直，本章或亲批，或于上前面批，若有更改之事，即面奏更改。”大学士在御前票拟，当然只能老老实实做皇帝的秘书，而不享有任何政务裁决权，故说：清初“内阁大学士沿明制主票拟，然一一皆秉上裁，大学士无权也。”连顺治皇帝也不得不承认：“尔等(大学士)职司票拟，一应章奏有成规者，尔等不过照例拟旨，凡有改正者，皆联亲裁，未能俾尔等各出所见佐联不隶，是皆联不能委任大臣之咎，以致尔等俱未获尽展才猷。”这种状况在一定程度上倒符合了明清时期设立内阁的本意，即阁臣之职，“专一视草代言，故其官谓之制诰。
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