1807年政变而使穆斯塔法四世上台，也导致了改革终止。马哈茂德二世登基后重新开始改革，他的统治前十年是苏丹娜太后娜克希迪尔执政。1817年后他才开始自己统治。马哈茂德二世颁布一条法令，废除征收法庭，并移除帕夏许多权力。那些被判流放及死刑的犯人，他们的财产会被充公。第二条法令废除了土耳其统治者以他们的意愿决定他人生死的权力，“他们假定没有判罚的权力，没有判处他人死刑的权力，除非得到法官判决的授权和法官的允许”。马哈茂德二世又创立了上诉机制，如果犯人坚持上诉，苏丹会作出终审。
马哈茂德二世在改革的同时，他自身也开始出席底万及议会，不再隐退后宫不问国事。自底万在苏莱曼一世建立以来，苏丹不参与底万的行为被视为帝国衰落的原因之一。
马哈茂德二世亦要应付有关瓦克夫(Waqf，宗教财产)的滥用问题，规管这些收入，但马哈茂德二世不敢冒险去动用这些资源在行政上。
马哈茂德二世在位时，帝国的财政陷入危机。某些社会阶级受到高税额的压迫。为了解决这些问题，马哈茂德二世于1834年2月22日发布一条法令，宣布禁止官员向穿州过省的民众收取费用，除了法定的征税，其他的收款都属于滥收。马哈茂德二世说道：“没有人会不知道，我有责任去杜绝这些令人愤怒的行为以回馈臣民的支持，竭力去减轻他们的负担，以确保和平稳定。这些压迫的行为违抗了神的旨意，也违抗了帝国的旨意。”
虽然人头税可透过服军役减免，但这是政府官员长期压迫敛财的途径。1834年的法令同时废除了这种征税模式，税项只能够由卡迪(法官)、穆斯林政府官员及地区首长组成的委员会收集。除此之外，政府也被简化及强化，一些闲置的部门被废，并重新组织皇室，禠夺这些没有工作的贵族称号及没有功能的政府官员。
马哈茂德二世有效地整顿军事采邑。这些军事采邑是为了供养旧制下的军事力量，到马哈茂德二世时，这些军事采邑已失去作用。马哈茂德二世将军事采邑与公众捐献连在一起，强化了国家资源，消除了腐败。他坚决地压制一些地区的世袭领袖(他们有指定继承者的权力)，这些世袭领袖是奥斯曼封建制度里的一大弊病。
马哈茂德二世顺利地削减这些地方封臣，并没有遇到太大的阻力及发生叛乱，最终仅在塞浦路斯一地仍保有这些世袭领袖。
1826年，马哈茂德二世废除了土耳其新军耶尼塞里，并建设现代化的军队，命名为新秩序(Nizam-? Cedid)。1827年，奥斯曼帝国在纳瓦里诺海战败予英法俄联合舰队，并失去了希腊。马哈茂德二世下令要优先重建奥斯曼海军。奥斯曼帝国海军在1828年建成第一艘蒸汽船。1829年，马赫姆迪叶号于伊斯坦布尔金角湾落成，这曾经是世上最大的战船。这艘62x17x7米的战列舰在三个甲板上配备128门大炮。
他亦重视传统，致力振兴箭术运动。他又让箭术学徒穆斯塔法·简尼记载土耳其弓的历史、构造及用法，土耳其制弓匠因此而来。
在他的统治时期，昔日地跨欧亚非三洲的封建神权大帝国——奥斯曼帝国开始走向分裂和解体，在马哈茂德二世统治早期，北非地区的埃及总督穆罕默德·阿里在第一沙特王国(First Saudi State)手上重新征服奥斯曼帝国属下的阿拉伯半岛地区——圣城麦地那及麦加。巴尔干半岛上的希腊则在1821年发生资产阶级革命，1827年，英国、法国及俄国的联合海军于纳瓦里诺海战(Battle of Navarino)击败奥斯曼帝国和埃及、乃至突尼斯的海军。在此后的1832年7月，奥斯曼帝国签订君士坦丁堡条约，承认希腊的独立地位。这一事件与1830年法国占领名义上属于奥斯曼帝国、但是业已独立的的阿尔及利亚一起被视为奥斯曼帝国分崩离析的开端。奥斯曼帝国境内的非土耳其裔人聚居的地区，尤其是欧洲巴尔干半岛，都各自展开独立运动。
1831年，由于没有兑现当初要埃及派兵镇压希腊起义时的承诺，埃及总督穆罕默德·阿里派他的儿子易卜拉欣帕夏出兵叙利亚，他两度出兵镇压，但陆军司令战死，海军司令投敌，到他死的那个月，帝国处于完全无防务阶段。要不是英国外长帕麦斯顿强硬逼迫埃及退兵，奥斯曼帝国完全可能立即崩溃。
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