茅元仪一生著述宏富，有《武备志》、《督师纪略》、《复辽砭语》、《石民四十集》、《石民未出集》、《暇老斋杂记》、《野航史话》，《石民赏心集》、《谕水集》、《江村集》、《横塘集》等六十多种，数百万言。但因屡遭禁毁，散佚较多，对后世影响最为深远者，当首推《武备志》。
《武备志》由兵诀评、战略考、阵练制、军资乘、占度载五部分组成。
1.兵诀评 18卷
收录了《武经七书》，并选录《太白阴经》、《虎钤经》的部分内容，加以评点。认为“先秦之言兵者六家，前孙子者，孙子不遗，后孙子者，不能遗孙子”(《武备志》天启元年本，下同)，学兵诀不可不读《孙子》。
2.战略考 33卷
以时间为序，从战略的高度选录了从春秋到元各代有参考价值的六百余个战例。所选注重奇略，“足益人意志”。如，吴越争霸，勾践的卧薪尝胆、乘虚捣隙;马陵之战，孙膑的减灶示弱，诱敌入伏;赤壁之战，孙刘的联合破曹，巧用火攻;淝水之战，苻坚的分兵冒进，谢玄的以战为守;虎牢之战，李世民的据险扼要，疲敌制胜;蔡州之战，李愬的乘虚奇袭等等战法。又如诸葛亮的据荆益、和诸戎、结孙权、向宛洛、出秦川的隆中决策;岳飞的行营田、连河朔、捣中原、以复故土的计划;成吉思汗的避潼关、假宋道、下唐邓、捣大梁的谋略，等等。其所录战例大都是以奇谋伟略取胜的，在紧要之处均有所评点。
3.阵练制 41卷
分阵和练两部分。
阵，载西周至明代各种阵法，配以319幅阵图，所收较《续武经总要》为多，以诸葛亮的八阵、李靖的六花阵、戚继光的鸳鸯阵为详。阵有说记，有辩证。“记”载“圣王贤将”所立之阵，予以广扬;“辩”言唐宋伪托附会之阵，予以廓清。对古阵图，“举而合之”又“陈异同之说”，其中“有最卑浅而无当者,然废之适足以惑世”，此亦“鲜所删铲，陈所掊击，以广学者之目”。
练，详记选士练卒之法，包括选士、编伍、悬令赏罚、教旗、教艺五方面内容,选自唐、宋、明有关兵书中的律令，尤以《纪效新书》、《练兵实纪》为重。如编伍，推戚氏编步、编骑、编车、编水之法;悬令赏罚，采自《行军需知》、《练兵实纪》中的作战、训练条约。认为“士不选,则不可练”，“士不练，则不可以阵，不可以攻，不可以守，不可以营，不可以战”，所以“练为最要”。
茅元仪认为，古代阵法失传，后人便胡编乱造。他把这些图绘制下来，目的就是要正本清源，以正视听。“练”又分选士、编伍、悬令教旗，教艺五个部分，详细地记载了士卒的选练方法，其中包括士卒的选拔淘汰，车、步、骑、北兵的编伍，赏罚赏律例，教兵方法，兵器训练等。内容多采自《太白阴经》、《虎钤经》、《行军需知》、《纪效新书》、《练兵实纪》等兵书。
4.军资乘 55卷
分营、战、攻、守、水、火、饷、马八类，下设65项细目，内容十分广泛，涉及到行军设营、作战布阵、旌旗号令、审时料敌、攻守城池、配制火药、造用火器、河海运输、战船军马、屯田开矿、粮饷供应、人马医护等事项，颇为详备。如收录的攻守器具、战车舰、船、各种兵器就达600种。其中火器180多种，有陆战用、有水战用、有飞行器式，也有地雷式，在中国古代的兵书中是最多的。
5.占度载 93卷
分占和度两部分。
占即占天，主要记载天文气象。子目有占天、占日、占月、占星、占云、占风雨、占风、占蒙雾、占红霓、占霞、占雨雹、占雷电、占霜露、占冰雪、占五行等。这部分内容是把自然与人事联一起，认为某种天象往往就是某种人事即将发生的征兆。如“天色惨白，风声凄切，大兵起”。
度即度地，记载兵要地志，分方舆、镇戍、海防、江防、四夷、航海六类，图文并举地叙述了地理形势、关塞险要、海陆敌情、卫所部署、督抚监司、将领兵额、兵源财赋等等内容。指出，兵家谈地理或无方舆之概、户口兵马之数，或缺关塞险要，“非所以言武备也，故我志武备，经之以度”。记载了明代山川形势、关隘要塞、道里远近，州府及卫所设置，兵马驻防督抚监司、镇守将领、钱粮兵额等。
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