日本国土地面积狭小，镰仓〔含〕以前的战争中很少有过长途远征的事例，因此并不重视军队补给，大军所到之处，往往纵兵抢掠，自筹粮饷。没有稳固根基而能杀入京都的部队，往往因为兵力庞大但粮草不继而迅速弱化，遭遇攻击便全线溃散——前此的木曾义仲是如此，现在的足利尊氏也是如此。
且说尊氏进入京仅仅三天，正因楠木正成的坚壁清野策略而头疼不已的时候，突然发现琵琶湖中出现了大批战船，船上树立着的，竟然是陆奥守北畠家的旗印!
原来，北畠亲房、显家父子在接到讨伐诏书后便积极行动了起来，当尊氏的主力部队一离开镰仓，在箱根之战后一路西进，跟楠木正成和新田义贞的部队决战时，北畠军即开始向西运动，还不到二十岁的年轻将领北畠显家的率领下，风驰电掣般突破了镰仓的重重防御，紧紧跟在尊氏后面。此刻，当北畠氏的旗印出现在京都城外时，尊氏知道，大势已去了。
正月十六日，正成、义贞、显家的部队开始对细川定禅驻扎的三井寺发动突击。在官军优势兵力的攻击下，三井寺的细川军全面溃退。从二十七日到三十日，官军对京城中粮尽气衰的尊氏叛军发动了长达四天的总攻，到三十日傍晚，京都收复，尊氏及残兵数万人遁入曾经是他发家之地的丹波篠村。二月三日，尊氏继续西逃到了摄津的兵库。十日，足利直义的殿军被义贞、显家军击败。十一日，在以阻截义贞、显家军为目的的丰岛河原之战中，尊氏军再度被击败——这回尊氏败得好惨，当他乘船逃到备后时，部属只剩下了两千人。
眼看尊氏败局已定，建武君臣欢天喜地开宴庆功，只等朝敌首级一到便可论功行赏。楠木正成趁机进谏后醍醐天皇，警告说“新政失却民心，遂使武士倒向尊氏”、“此时当用怀柔政策，赦免尊氏一切罪责，主动诏其还朝”、“如持明院统再起，则国家危矣”。
因为正成非常清楚，各国武士对建武新政的失望，不会因为尊氏一人或者足利一族的灭亡而就此烟消云散的，如果后醍醐天皇不改变重用贵族、轻视武士的态度，那么新田义贞也可能变成足利尊氏，名和长年也可能变成足利尊氏，甚至连自己都可能会有失望蜕变的一天。大势如此，是不以人们的主观意识为转移的。当然，后醍醐天皇对此完全听不进去。
后醍醐天皇一心要恢复天皇往日的荣光，权柄在手，不受公卿、武士的制约，然而皇族并非仅他一人，高高在上的他当然可以这么想，被压在底层的持明院统诸人可是别有心思。且说被迫远离根据地关东，避于备前一隅的尊氏，此刻突然接到了被废的持明院统旧帝光严院的院宣。院宣命令尊氏聚集兵马，讨伐伪帝后醍醐和匪将新田义贞，重扶光严院复位。势穷时衰的尊氏一党喜不自胜，立即竖起光严院的御旗，宣布讨伐逆贼新田义贞，并手持院宣在各国征兵。十五日，应九州豪族的敦请，飘扬着光严院御旗的尊氏军堂堂正正地西进了。
二十五日，当尊氏到达筑前的芦屋浦时，九州豪族少贰贞经首先派遣五百骑人马前来迎接。然而，肥后的菊池党首领菊池武重时在新田军中，其弟菊池武敏当然不肯卖尊氏的帐，一听说尊氏到了九州，二话不说，上来就把亲尊氏的少贰贞经杀了个人仰马翻。
三月二日，菊池党同尊氏军在多多良滨打了场狠仗。菊池党虽然兵数占优，却多是乌合之众，一开始还占有部分优势，后来却节节败退，等到同盟的松浦党阵前倒戈，终于全线溃败——尊氏的好运气来了。
须知因为抗元战争的洗礼和磨炼，九州、四国豪族们的势力普遍庞大，虽然庞大，却极艰苦。这是因为元军到来之时，九州、四国的豪族们首当其冲，被迫征兵拉夫，殊死抵抗，然而战后却很少能得到幕府的奖励，一族郎党不可散去归农，人人心怀怨愤。好不容易盼到幕府倒台，然而所谓的“建武新政”也无法给他们以实利和补偿，皆恨朝廷入骨，莫不希望再建一个能对自己有利的武士政权。尊氏的到来，使他们终于看到了一线曙光。
于是趁着官军因胜而骄，追赶不力的契机，足利尊氏在九州晃荡了不过一个月，就拉起了一支庞大的部队，号称五十万，于延元元年〔1336年〕四月三日启程，分水陆两路浩浩荡荡地踏上了东征之途。
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