7世纪后，拜占廷国际贸易因与波斯和阿拉伯的战争而受到影响，传统的经过波斯湾和叙利亚的商路中断，迫使拜占廷开辟通过红海进入印度洋的海路贸易和通过黑海、里海、咸海的陆路贸易路线。至9世纪，拜占廷的国际贸易达到最高峰。

　　610年，希拉克略(610—641年在位)顺利进军帝都，夺取王冠，将福卡斯推上断头台。同年秋，希拉克略登基称帝，建立了希拉克略王朝。

　　611年，波斯占领了卡帕多细亚，接着占领了拜占廷东部最富庶的叙利亚行省，以及帝国第三大城市安提阿，并且入侵了埃及和巴勒斯坦，将最神圣的基督教文物“真十字架”残片掳掠而去。出身阿非利加的皇帝希拉克略后来重新夺回了这些东部省份，但当时刚刚在伊斯兰教下统一起来的阿拉伯人之突然出现是希拉克略无法意料到的。

　　615年，波斯大将沙辛攻陷博斯普鲁斯海峡的卡尔西顿，直接威胁海峡对面的拜占庭首都君士坦丁堡。就在这时，斯拉夫人和阿瓦尔人开始由西北进攻拜占庭。拜占庭国内一片混乱，希拉克略处境艰难，遣使向库思老求和又被拒绝。

　　622年，拜占庭海军击退萨珊波斯军队，解除君士坦丁堡之围。

　　626年，希拉克略在可萨突厥人援助下转守为攻，由伊比里亚攻入伊朗。

　　627年，希拉克略占领波斯军事重镇甘扎克。破坏了祆教最主要拜火祠之一—阿图尔·居什那什普火祠。库思老急忙带着圣火撤退了。拜占庭军队随后在亚述古城尼尼微再败萨珊波斯，洗劫了达斯特卡尔特王宫。库思老慌忙逃到泰西封。萨珊波斯宫廷政变，库思老被投入监狱。卡瓦德二世(库思老与拜占庭公主马利亚所生)被拥立为王。

　　628年2月底，根据卡瓦德命令，库思老被杀于狱中。为了巩固王位，他又杀死了所有兄弟，据说共17人。不久，两国签订和约，萨珊波斯撤出了从埃德萨到亚历山大里亚的领土，两国交换俘虏，归还“真十字架”。至此，拜占庭帝国危机可以说暂时告一段落。

　　633年，新生的阿拉伯国家将战争矛头指向了拜占庭帝国。哈里发军队四路并进，进攻耶路撒冷、布斯拉、大马士革、霍姆斯，得到这些地区“基督一性派”的支持。

　　634年，阿拉伯方面以悍将哈立德为帅，先后在外约旦布拉斯和巴勒斯坦之艾支那丹大败拜占庭军队。

　　635年，阿拉伯攻克大马士革，巴勒斯坦、叙利亚相继陷落。希拉克略派遣王弟提奥多拉出战，一度收复大马士革等城;6月，约旦河之雅尔穆克河口一战中惨败，提奥多拉战死。此后阿拉伯人乘胜追击，到641年希拉克略去世之时，巴勒斯坦、叙利亚、约旦乃至埃及等地区已成为生机勃勃的阿拉伯帝国一部分。从此，拜占庭帝国已经成为一个领土大为收缩，在阿拉伯人打击下挣扎的国家。

　　636年，阿拉伯人在约旦附近摧毁了希拉克略军队，然后占领了叙利亚、埃及和巴勒斯坦，拜占廷帝国永远失去了这些疆土。

　　希拉克略皇帝时期，在帝国西部领土上推行军事行政州(塞马)制度，凡是被拜占廷人收复的土地，都建立新的塞马州(在希拉克略皇帝统治时期，拜占廷帝国完成了从晚期罗马帝国向希腊化中世纪国家转变的进程。他改革了军事制度和行政管理，实行军人领地制，即向农民出身的军士颁发土地，作为交换条件，这些人必须履行军人职责。这种做法巩固了拜占廷军事力量。在希腊、色雷斯、马其顿等地区，希拉克略推行军事行政州(塞马州)制度，建立一系列由军事将领统辖的行政单位，州的长官由皇帝直接指派。随着塞马州的建立，帝国巩固了对饱受斯拉夫人、匈奴人和阿瓦尔人冲击的西部领土的统治，扩大了国家的版图)。

　　希拉克略王朝末期，帝国再度出现内乱，从694年到716年22年间，皇帝更换了6次。

　　644年，阿拉伯军队灭亡了波斯帝国。

　　642年，阿拉伯穆斯林阿慕尔·本·阿斯占领埃及。

　　659年，君士坦斯二世与阿拉伯叙利亚总督穆阿维叶签订互不侵犯条约。

　　660年，君士坦斯二世因将其弟狄奥多西处死，故在君士坦丁堡失去人心。

　　663年，君士坦斯二世离开君士坦丁堡，准备迁都意大利以避阿拉伯部队的锋芒，最后驻跸于西西里岛的叙拉古。

　　668年，君士坦斯二世在叙拉古被暗杀，儿子君士坦丁四世即位，重新回到君士坦丁堡。

　　670年左右，阿拉伯人建立了一支咄咄逼人的舰队。不过拜占廷海军凭借其秘密武器仍然掌握着制海权，这个秘密武器就是后来令阿拉伯人闻风丧胆的“希腊火”。

　　678年，阿拉伯舰队直扑君士坦丁堡城下，结果近三分之二的舰只毁于希腊火。在退却中，又先后遭到暴风雨的袭击和拜占廷海军的追击，几乎全军覆没。阿拉伯军队遭到“圣战”开始以来最惨痛的失败，被迫与拜占廷帝国签订了30年和约。

　　678年，拜占廷海军使用希腊火在马尔马拉海击退了阿拉伯舰队，挫败了穆阿维叶哈里发征服东罗马的企图。

　　680年，君士坦丁四世召开第三次君士坦丁堡宗教会议， 再次确认了451年加采东宗教会议决议，宣布基督教一性论是异端，此后帝国境内大部分的一性论教徒都被驱逐，转移到了伊斯兰人控制的科普特教会区。

　　687年—689年，查士丁尼二世(685年—695年;705年—711年在位)远征色雷斯和马其顿。他使当地斯拉夫部落臣服于帝国，并将一部分斯拉夫人迁至小亚细亚居住。因此，在斯拉夫民族发展及接受基督教等方面，查士丁尼二世起到很大推动作用。

　　694年到716年22年间，东罗马皇帝更换了6次。

　　695 年，莱昂提图斯在希腊军区起兵，打出造反的大旗，民众纷纷响应，大军攻下君士坦丁堡，迫使查士丁尼二世宣布退位。菜昂提图斯下令把倒台的查士丁尼二世皇帝押到竞技场，当着千千万万民众的面，割掉了他的鼻子，流放在克尔松。

　　697年，提比略三世在迦太基被阿拉伯伊弗里基叶总督穆萨·本·努赛尔的军队击败。

　　698年，提比略三世率败军回师，攻入君士坦丁堡，发动军事政变，推翻了列昂提乌斯。即位後他放弃了拜占庭北非领土，自贝利撒留533年收复北非后，罗马帝国终于永久性地失去了北非领地。

　　8世纪早期，拜占廷帝国情况已经濒于无政府状态，帝国疆域也缩小到君士坦丁堡城及其周围地区、东色雷斯、希腊的几个港口、南部意大利和西西里。在后两个地方，聚集了成千上万来自巴尔干和希腊的难民，以及从叙利亚、埃及、迦太基逃出来的几十万基督教难民。像一百年前的情况一样，海权是在8世纪初使拜占廷帝国免于灭亡、起死回生的因素。海权维持了昔日帝国政治统一时留下来的东西，它保持了地中海上的商业活动不受威胁。

　　8世纪初，拜占庭帝国经常受到阿拉伯人倭马亚王朝的威胁。

　　海权是在8世纪初使拜占廷帝国免于灭亡、起死回生的因素。海权维持了昔日帝国政治统一时留下来的东西，它保持了地中海上的商业活动不受威胁。

　　705 年秋天，保加尔汗特维尔亲率一支大军护送查士丁尼二世回国，攻占君士坦丁堡，提比略三世被抓获后处决，查士丁尼搜罗旧日党羽，重新登基称帝。

　　711年，克尔松起义军人选出亚美尼亚人瓦尔达内·菲利皮科斯为新皇帝，一支庞大的舰队浩浩荡荡地驶抵君士坦丁堡。城内居民自动打开城门，迎接起义军进城。混乱之中，查士丁尼二世被他的一名随从官杀死。从此结束了延续百年之久的伊拉克略王朝的统治。

　　713年，阿纳斯塔西乌斯二世继位。

　　715年，狄奥多西乌斯三世继位。

　　716年，阿拉伯人进犯小亚细亚，围攻阿摩鲁姆，西进至柏加曼地区，被拜占庭小亚细亚督军利奥所击败。

　　717年夏，阿拉伯军队在莫斯雷马萨统帅下出动了2560艘船只攻打君士坦丁堡，在拜占廷海军打击下，回到叙利亚和亚历山大港的军舰只剩下5艘。

　　717年，末代皇帝狄奥多西乌斯三世，被叙利亚军事指挥官利奥三世废黜。

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